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Aplicações da Informática na Pesquisa em Saúde

Aplicações da Informática na Pesquisa em Saúde. Prof.Dr. Renato M.E. Sabbatini Faculdade de Ciências Médicas Disciplina de Informática Médica e Bioestatística. Papel da Pesquisa no Processo Médico. Objetivos da Pesquisa Clínica.

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Aplicações da Informática na Pesquisa em Saúde

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Presentation Transcript

  1. Aplicações da Informática na Pesquisa em Saúde Prof.Dr. Renato M.E. Sabbatini Faculdade de Ciências Médicas Disciplina de Informática Médica e Bioestatística

  2. Papel da Pesquisa no Processo Médico

  3. Objetivos da Pesquisa Clínica • Adicionar e integrar novos conhecimentos à ciência médica (doenças, suas manifestações, prevalência e diagnóstico, novas formas terapêuticas, etc.) • Utilizar métodos científicos de controle e análise rigorosos e objetivos, para assegurar a validade dos resultados • Derivar resultados que tenham aplicabilidade prática na prevenção, diagnóstico e terapia de doenças • Respeitar as limitações impostas pela ética da experimentação com seres humanos

  4. Categorias de Pesquisa Clínica • Estudos prospectivosAs condições experimentais, tamanho da amostra, grupos, parâmetros, critérios, protocolos, testes, etc. são definidos antes de coletar os dados. Os pacientes são adicionados ao estudo segundo o protocolo e os critérios de exclusão e inclusão, à medida que chegam. • Estudos retrospectivosJá existem dados sobre pacientes atendidos e eles são incluídos ao estudo segundo critérios e definição de parâmetros, através da revisão e recodificação de prontuários

  5. Procedimentos da Pesquisa Clínica • Ensaio clínico aleatorizado (RCT)Um tipo de experimento prospectivo, em que os pacientes são alocados aleatoriamente a grupos alternados e tratados de acordo com um protoco de estudo • Estudos cegos e duplo-cegosNem o paciente (estudo cego) e nem o paciente e o pesquisador (estudo duplo-cego) sabem quais são os grupos a que foram alocados • ViésÉ um erro sistemático introduzido por fatores diferentes do efeito experimental. Exemplos: viés de seleção, viés de amostragem, viés experimental.

  6. O Ciclo Experimental Gerar Hipótese Formular problema Avaliar resultados e disseminar Observar Experimentar Desenvolver modelo Testar hipótese

  7. O Ciclo Experimental Gerar Hipótese Formular problema Avaliar resultados e disseminar Observar Experimentar Desenvolver modelo Testar hipótese

  8. Usos do Informática na Pesquisa • Elaboração e gerenciamento de projetos • Gerenciamento de recursos materiais, humanos e financeiros de projetos • Pesquisa bibliográfica, acesso à informação • Coleta de dados sobre os sujeitos da pesquisa • Controle de equipamentos de laboratório e aquisição de dados e imagens • Análise estatística e numérica de dados • Descoberta automática • Ferramentas de apoio à publicação, ilustração, apresentação em congressos e intercomunicação

  9. Usos da Informática na Pesquisa • Elaboração e gerenciamento de projetos • Gerenciamento de recursos materiais, humanos e financeiros de projetos • Pesquisa bibliográfica, acesso à informação • Coleta de dados sobre os sujeitos da pesquisa • Controle de equipamentos de laboratório e aquisição de dados e imagens • Análise estatística e numérica de dados • Descoberta automática • Ferramentas de apoio à publicação, ilustração, apresentação em congressos e intercomunicação

  10. Computador nas Fases da Pesquisa • Planejamento do estudo • Projeto do instrumento de coleta de dados • Coleta de dados • Verificação da qualidade dos dados • Transcrição dos dados para o computador • Verificação da consistência dos dados • Análise dos dados

  11. O Banco de Dados Clínicos • Modalidade 1: Banco de dados coletado no dia a dia da instituição (prontuário eletrônico, cadastro do paciente, etc.) • De longo prazo • Geralmente inadequado para fins de pesquisa clínica, serve apenas para localizar categorias de pacientes, identificá-los e recrutá-los • Modalidade 2: Banco de dados específico para uma pesquisa • Contém campos e metodologias de coleta modeladas para uma pesquisa ou grupo de pesquisas • De prazo menos longo que o anterior

  12. Objetivos do IAIMSIntegrated Academic and Medical Information Systems • adquirir informação: • clínica e laboratorial • bibliográfica • administrativa • compartilhar informação • assistência • educação • pesquisa • usar informação (ferramentas) • passivas (análise estatística) • ativas (sistemas de apoio à decisão)

  13. IAIMS na Pesquisa Clínica • entrar dados clínicos de pacientes • triar e selecionar pacientes para estudos • recuperar dados sobre pacientes • analisar dados • comunicar dados “The goal of IAIMS is to let any user get whatever he wants, wherever he wants, whenever he wants, within the limits of security and privacy”

  14. Descrição de Eventos Clínicos • Variáveis de identificaçãoPaciente, visita, parâmetro, tempo. • Variáveis primáriasDescritoras da intervenção, dos resultados (variáveis independentes e dependentes). • Variáveis confundentesRegistro dos fatores que podem influenciar os resultados experimentais, e que podem servir para estratificar o estudo.

  15. Exemplos de Variáveis • Objetivo: investigar o efeito de uma nova droga anti-hipertensiva • Variáveis identificadorasnome, registro, visita pré-tratamento, visitas pós-tratamento, etc. • Variável primária independentedosagem e via da droga, placebo, etc. • Variável primária dependentePressão arterial sistólica e diastólica, FC, etc. • Variáveis confundentesIdade, sexo, patologia, grupo socio-econômico, etc.

  16. Pesquisas Multicêntricas • Importantes para: aumentar número de casos, englobar maior variabilidade, generalizar experiência • Protocolo definido em comum (campos, parâmetros critérios de inclusão/exclusão, etc.) • Ferramentas de captura descentralizadas • Banco de dados centralizado • Redistribuição dos resultados, publicação comum • Uso da Internet para intercomunicação • Uso do computador para gerenciamento do projeto

  17. História de Sistemas de Apoio à Pesquisa Clínica • BMD (Dixon, Univ. California) • MEDLOG System/Time Oriented Database • American Rheumatism Association Medical Information System (ARAMIS) • PROPHET (Bolt Beranek & Newman) • CLINFO+ (Rand Corporation) • SPSS • EPI-INFO (CDC/WHO)

  18. Fases da Pesquisa • Planejamento do estudo • Projeto do instrumento de coleta de dados EPED • Coleta de dados • Verificação da qualidade dos dados • Transcrição dos dados para o computador ENTER • Verificação da consistência dos dados CHECK • Análise dos dados ANALYSIS

  19. Pesquisando Informação Médica na Internet • A Internet e a Web são extremamente dinâmicas, crescem continuamente, e os recursos estão localizados de forma distribuída (milhões de servidores) • Essa biblioteca desorganizada, no entanto, pode ser totalmente indexada, graças à tecnologia, e qualquer palavra de qualquer documento podem ser localizados em poucos segundos • Verdadeira revolução na disseminação e organização do conhecimento humano

  20. Como Procurar Informação na Internet • ÍndicesContém listas de todas as palavras existentes em documentos na Web, e onde elas ocorrem (URLs). Permite a busca por combinações de palavras-chave. Operação automática. • CatálogosContém listas de sites e home-pages da Web, categorizadas por assuntos e sub-assuntos. Operação semi-automática (necessário submeter). • Bases de DadosContém listas de referências bibliográficas pesquisáveis por palavras-chave e outros campos, geralmente podem ser acessadas pela Internet

  21. Índices: Mecanismo de Busca • É um software que opera através da Web, baseado em um grande índice • O índice é construido por softwares automáticos (robôs ou spiders) que varrem continuamente a Internet, buscando páginas e recuperando todas as palavras, imagens, etc. • O usuário pode especificar palavras para realizar a busca. O software do mecanismo investiga a ocorrência das palavras-chave no índice, combina os resultados e devolve uma lista de URLs para o usuário • Imprescindíveis para achar informação na Internet.

  22. Mecanismo de Busca - Ordenação • A ordenação dos resultados de uma busca obedece a critérios de relevância: • argumento encontrado no TITLE da página • proximidade entre os argumentos no texto • número de ocorrências dos argumentos de pesquisa • argumentos em negrito ou em fonte maior • popularidade da página (número de links que apontam para ela)

  23. Tipo de Mecanismos – Índices Genéricos • AltaVista (http://www.altavista.com ) • Excite (http://www.excite.com ) • FAST (http://www.alltheweb.com ) • Google (http://www.google.com ) • HotBot (http://www.hotbot.com ) • Infoseek (http://infoseek.go.com ) • Northern Light (http://www.northernlight.com ) • Radar UOL (http://www.radaruol.com.br) • Radix (http://www.radix.com.br)

  24. Tipo de Mecanismos – Índices Especializados • Os índicesespecializados não se preocupam em indexar toda a Web (focam sua busca dentro de um assunto definido, uma área geográfica ou tipo de recurso). • Os índicesespecializados são, na maioria das vezes, mais eficientes do que os mecanismos tradicionais

  25. Mecanismos de Busca Especializados em Medicina • Medical World Searchhttp://www.mwsearch.com • MedHunthttp://www.hon.ch • MedScopio (Brasil)http://www.medscopio.com.br • Doctor Miner (Brasil)http://www.miner.uol.com.br

  26. Estratégia de Busca por Palavras-Chave • Formule uma questão e seu escopo. • Ex: “quais são os tratamentos usados para demência associada à AIDS?” • Identifique os conceitos importantes dentro da questão (palavras chave). • Ex: “AIDS”, “tratamento”, “demência” • Considere possíveis sinônimos e variações das palavras chaves. • Ex: “SIDA”, “terapia”, etc.

  27. Pesquisa Booleana • Usa as palavras AND, OR, NOT (operadores booleanos) para expandir e limitar as buscas • Usa lógica matemática desenvolvida por George Boole no século XIX • Permite combinar os termos de pesquisa. • Mais úteis em buscas complexas • Obtém resultados mais específicos

  28. Pesquisa Booleana • AND: combina palavras e/ou frases, buscando páginas apenas onde aparecem TODAS as palavras no mesmo texto • Sintaxe: AIDS AND demência • OR: combina palavras e/ou frases, buscando textos que tenham PELO MENOS uma das combinações. • Sintaxe 1: AIDS OR HIV • NOT: exclue palavras e/ou frases dos resultados da pesquisa. • Sintaxe 1: demência NOT Alzheimer

  29. Pesquisa Booleana - Proximidade • NEAR, ADJ, FOLLOWED BY - alguns sites permitem que você encontre páginas com as palavras de busca próximas uma da outra por um número x de palavras (evita-se encontrar documentos em que estas palavras aparecem sem ligação entre elas). • Ex: toxicidade NEAR renal

  30. Pesquisa Booleana: Uso de Parênteses • Os operadores lógicos AND, OR, NOT, NEAR, etc., podem ser combinados usando parênteses • A ordem de precedência é: NOT, AND/NEAR, OR • Exemplos: • (AIDS or SIDA) and (treatment or therapy) AND NOT AZT • Cognitive near (disturbance or alteration or change) • “Renato Sabbatini” AND (intelig* or cognit*)

  31. Outras Estratégias de Busca (1) • Adição “+” antes de uma palavra chave ou frase obriga que ela apareca entre os resultados relevantes. Ex: +AIDS +AZT tratamento • Subtração “-” elimina dos resultados as páginas que contêm a palavra chave ou frase. Ex: +AIDS –AZT tratamento • Frase exata (entre aspas): Ex.: “Adib Jatene” • Prefixos: “*” pesquisa todas as palavras chave com a raiz antes do asterisco. Ex.: abdom*

  32. Tipo de Mecanismos - MetaBuscadores • Não possuem índices próprios • Submetem as perguntas formuladas a vários indexadores da Web, coletam os resultados obtidos, fazem uma formatação, eliminando resultados duplicados e geram uma listagem final. • Adotam um mínimo denominador comum na forma como as pesquisas são submetidas.

  33. Tipo de Mecanismos - MetaBuscadores • Profusion: http://www.profusion.com • MetaCrawler: http://www.metacrawler.com • Brasil : MetaMiner ( http://www.miner.com.br ) • Programas em seu computador que realizem metabuscas (gratuitos). Ex: Copernic99 - http://www.copernic.com, WebFerret (http://www.webferret.com)

  34. Catálogos ou Diretórios • Funcionam de forma diferente dos Índices. • Organizados hierarquicamente por assuntos • A busca e organização das informações é feita por seres humanos e somente a home page de um site é indexada • Possuem um mecanismo de busca interno por palavras-chave • Podem ser genéricos ou especializados

  35. Exemplos de Catálogos Genéricos • Yahoo ( http://www.yahoo.com) • Google ( http://www.google.com) • LookSmart ( http://www.looksmart.com) • Open Directory (http://www.dmoz.org) • Brasil:Cadê ( http://www.cade.com.br) • Yahoo Brasil: http://www.yahoo.com.br) • Achei! (http://www.achei.com.br) • IVOX ( http://www.ivox.com.br )

  36. Catálogos Especializados em Medicina • Medical Matrix: http://www.medmatrix.org • MedWeb Plus: http://www.medwebplus.com • Achoo! http://www.achoo.com • HealthAtoZ: http://www.healthatoz.com • CliniWeb: http://www.cliniweb.com • Medline Plus: http://www.medlineplus.gov • Catálogos de especialidades ou áreas específicas de medicina e saúde. Metacatálogo: Harding MetaIndex http://www.lib.uiowa.edu/hardin/md

  37. Usos, Vantagens e Desvantagens: Índices • São bons para pesquisas muito específicas, com várias palavras-chave e assuntos bem definidos • Geralmente retornam número grande de URLs • Muito poderosos, mas não discriminam qualidade • Critérios de relevância pouco inteligentes, facilmente enganados • Pegam todas as páginas de um site • Podem ser usados para buscar outros tipos de arquivos • São atualizados com maior rapidez

  38. Usos, Vantagens e Desvantagens:Catálogos • São bons para achar sites maiores ou mais genéricos, dentro de um contexto • Geralmente tem resultados mais restritos, mas deixam de fora muitos URLs relevantes • Critérios de relevância ausentes ou determinados por seres humanos • Pegam somente a página principal do site • Atualização menos freqüente

  39. Outros Recursos de Busca (2) • TITLE - pesquisar por título do documento • Ex: “TITLE:American Heart Association” • HOST - traz páginas indexadas de um site. • Ex: “HOST:www.pfizer.com.br” • URL - traz páginas que contém este parâmetro no texto de sua URL. • Ex: URL:microsoft • LINK - identifica todas as páginas que possuem um link definido para o parâmetro. • Ex: “LINK: http://www.unicamp.br”

  40. Outros Recursos de Busca (3) • Pesquisando dentro dos resultados (search within): os mecanismos permitem que você faça uma pesquisa mais detalhada utilizando somente os resultados obtidos na primeira pesquisa; • Páginas similares: realiza nova busca com as palavras-chave de um documento obtido em uma busca anterior • Outras páginas no mesmo site • Limitação:por data, idioma, região do mundo, domínio (COM, BR, etc.)

  41. Outros Recursos de Busca (4) • Linguagem Natural: pode-se fazer consultas utilizando frases ou perguntas em linguagem natural, ou seja, como se estivesse perguntando a outra pessoa. Altavista, AskJeeves, Google • Ex: Why women crave chocolate ? • Ex: Where can I find pathology images? • Ex: When the microscope was discovered? • Ex: What are the foods with high fiber content? • Ex: What is the best soccer team?

  42. Tipos de Fontes Bibliográficas • Fontes primáriasContém trabalhos originais com conhecimento original e publicado pela primeira vez pelos autores • Fontes secundáriasContém trabalhos não originais e que basicamente citam, revisam e interpretam trabalhos originais • Fontes terciáriasContém índices categorizados de trabalhos primários e secundários, com ou sem resumo

  43. Bases de Dados Bibliográficas • Para Acesso Individual • Em CD-ROM ou disquete • Para Redes On-Line Dedicadas • Fitas magnéticas ou CD-ROMs • Em Redes Públicas (Internet e outras) • Acesso gratuito • Acesso pago

  44. Alguns Endereços na Internet • MEDLINE PubMedhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed • BioMedNethttp://www.biomednet.com • BIREMEhttp://www.bireme.br

  45. Estratégias de Pesquisa • Usando palavras livres do texto do autor • Vantagens: facilidade e rapidez de uso • Desvantagens: perda de trabalhos devido à sinonímia, etc. • Usando palavras de vocabulário padronizado (tesauro): MeSH • Vantagens: evita sinonímia, conceitos hierarquizados • Desvantagens: mais trabalhoso e demorado, problemas com vocábulos ainda não padronizados

  46. Estratégias de Pesquisa • Uso de palavras-chave (descritores) • Uso de modificadores (categorias, como diagnóstico, terapia, prognóstico, complicações, etc.) • Uso de limitadores (data e tipo de publicação, idioma, tipo de trabalho, etc.) • Busca por autores, instituições e geografia • Busca por título de revista • Buscas avançadas (por campo, combinações variadas, etc.)

  47. Funções do Site de Pesquisa • Como selecionar e visualizar referências • Como armazenar temporariamente referências achadas • Como lembrar pesquisas já feitas • Como fazer e refinar uma pesquisa interativa • Como gravar e imprimir • Como exportar as referências para um software de fichamento • Como acessar versões on-line do texto completo • Como solicitar cópias pela Internet

  48. Etapas de uma Pesquisa Bibliográfica • Determinação de um “ponto de partida” • Levantamento e fichamento das citações relevantes • Aprofundamento e expansão da busca. Uso de publicações terciárias • Seleção das fontes a serem obtidas • Localização das fontes e obtenção • Leitura, sumarização e redação

  49. Ficha Bibliográfica • Autores • Título • Fonte (revista, livro, anais, etc.), com dados completos de referência (volume, ano, páginas, etc.) • Palavras-chave • Outros dados: tipo de publicação, idioma, autoria do resumo, UID (número de identificação na base de dados), etc. • Resumo e comentários • Identificação de localização do original (separata, biblioteca, estante, URL, etc.)

  50. Formato de um RegistroMEDLINE UI - 98107969 AU - Banks WA AU - Akerstrom V AU - Kastin AJ TI - Adsorptive endocytosis mediates the passage of HIV-1 across the blood- brain barrier: evidence for a post-internalization coreceptor. LA - Eng MH - Cytoskeleton/metabolism MH - Endocytosis/*physiology MH - HIV Envelope Protein gp120/*metabolism MH - HIV-1/*metabolism PT - JOURNAL ARTICLE CY - ENGLAND AB - HIV-1 induces the AIDS dementia complex and infects brain endothelial and glial cells. Because the endothelial cells comprising the blood- brain barrier (BBB) do not possess CD4 receptors or galactosylceramide binding sites, it is unclear how HIV-1 negotiates the BBB. […] AD - Veterans Affairs Medical Center and Tulane University School of Medicine, New Orleans, LA 70146, USA. bbbpts@mailhost.tcs.tulane.edu SO - J Cell Sci 1998 Feb;111 ( Pt 4):533-40

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