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Variabilité sérologique et moléculaire du virus de la panachure jaune du riz (RYMV) au NIGER.

Variabilité sérologique et moléculaire du virus de la panachure jaune du riz (RYMV) au NIGER. Mr ISSAKA Souley Doctorant Phytovirologue (Cocody/ INRAN), Dr D. FARGETTE, Phytovirologue (IRD), Dr. S. YACOUBA, Phytopathologiste (ADRAO), Pr. S. AKE, Phytopathologiste (Université Cocody),

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Variabilité sérologique et moléculaire du virus de la panachure jaune du riz (RYMV) au NIGER.

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Presentation Transcript

  1. Variabilité sérologique et moléculaire du virus de la panachure jaune du riz (RYMV) au NIGER. Mr ISSAKA Souley Doctorant Phytovirologue (Cocody/ INRAN), Dr D. FARGETTE, Phytovirologue (IRD), Dr. S. YACOUBA, Phytopathologiste (ADRAO), Pr. S. AKE, Phytopathologiste (Université Cocody), Mme. A. PINEL, Phytovirologue (IRD), Dr A. SIDO, Sélectionneur (INRAN Niger), Mr. A. BASSO, Phytopathologiste, (INRAN Niger) Mr. H. ABOUBACAR, Malherbologiste, (INRAN Niger)

  2. Plan de présentation • Introduction • Présentation de la panachure jaune • Objectifs de l’étude • Matériels et méthodes • Matériels • Méthodes • Résultats et discussion • Conclusion • Perspectives • Remerciements

  3. Introduction • Présentation de la panachure jaune: • maladie virale répandue, • seul continent africain, • tous les types de riziculture, • toutes les zones rizicoles du Niger (pertes de 20 à 100%), • lutte variabilité sérologique, moléculaire et pathogénique, • diversité RYMV étudiée dans plusieurs pays: 6 souches du virus identifiées en Afrique, • Niger: variabilité RYMV peu connue (travaux INRAN)

  4. Objectifs de l’étude • Étude variabilité sérologique et moléculaire du RYMV - Niger, • identification souche du virus, • détermination origine et parenté phylogéniques, • Connaissance étendue variabilité du RYMV au Niger.

  5. Matériels et méthodes • Matériels • - Matériel viral: 23 isolats du RYMV collectés en champs et indexés sur IR1529-680-3 (en 2004) • Tableau 1 : Origine des isolats étudiés (voir diapo suivante)

  6. Matériels (suite) • Matériels sérologiques: • Anticorps monoclonaux (Mabs M, G, E, D et A) spécifiques du RYMV-Niger (IRD Montpellier), • Matériels Moléculaires: • - gène PC TOU10, KAR1 et CAR35, • - séquences nucléotides PC 6 souches du virus, • - arbre phylogénétique du RYMV

  7. Méthodes • Tests sérologiques: TAS-Elisa (décrit par Fargette et al. 2002), • Méthode : • anticorps polyclonal – antigène - anticorps monoclonal (gène PC)- anticorps polyclonal (anti-Ig de souris) conjugué à la phosphatase alcaline, • lecture DO à 405nm (4 heures), • Tests moléculaires: RT-PCR (décrite par A. Pinel et al. 2000 et Traoré et al. 2005) • Méthode : • extraction ARN viral TOU10, KAR1 et CAR35, • transcription et amplification gène de leur PC, • séquençage gène de leur PC, • Analyse et comparaison séquences de nucléotides obtenues (séquences existantes).

  8. Résultatset discussionRésultats partiels Thèse d’université • Tableau 3 : Réactions caractéristiques des isolats testés (voir diapo suivante) * Test positif: DO >1

  9. Résultats sérologiques (suite) • Mabs G, E, M et A: tous les isolats testés, • Mab D: aucun isolat,   •  Tous les isolats testés: sérotype S1,  • Absence sérotypes S2 (tous Mabs sauf Mab A) et S3 (tous Mabs), • souche RYMV-Niger semble homogène, • prédominance souche S1en zone soudano sahélienne (Konaté et al., 1997; N’ guessan et al., 2000), • variabilité sérologique faible (environnement rizicole Niger), • souche RYMV-Niger: moins évoluée,

  10. Résultats moléculaires Analyse 3 séquences spécifiques gène PC: Souche S1: 3 isolats testés, Confirmation résultats sérologiques,  Comparaison entre séquences: souche S1-AC (S1-Afrique centrale), Souche nigérienne: parente souches Bénin, Tchad, Nigeria, Cameroun et Togo (Fargette et al., 2004Traoré et al., 2005),  Confirmation faible diversité sérologique RYMV- Niger.

  11. • nouveaux isolats* • Arbre enraciné • Méthodes de distance • Modèle évolutif Kimura 2 • % support de branches • Echelle: 0.005 substitutions/site Souche AfriqueOuest/Centrale Phylogéographie du RYMV au Niger * * Niger Bénin Togo * * * 90 Tchad Cameroun Nigéria

  12. Conclusion • Les propriétés sérologiques et moléculaires des isolats testés: souche RYMV-Niger homogène, • Souche parente: souches Bénin, Nigeria et Tchad (limitrophes du Niger), • souche S1-AC (Afrique centrale).

  13. Perspectives • Tests sérologiques et moléculaires complémentaires: • large gamme d’isolats RYMV, • connaissance étendue diversité RYMV-Niger, • Nécessaires études pathogéniques et épidémiologiques: complément étude diversité, • Résultats diversité du virus: intégrés programme régional lutte contre le RYMV, • Financement complémentaire

  14. Remerciements • IFS, • IRD/Montpellier, • INRAN (Niger), • Centre du riz pour l’Afrique

  15. MERCI POUR VOTREATTENTION THANK YOU AS-SALAM ALEIKOUM

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