Práctica 1: Bases de datos moleculares

1. Práctica 1: Bases de datos moleculares

2. Búsqueda del gen de interés Enfermedad monogénica

3. Síndrome del x fragil • Ligado al cromosoma X • Afecta a hombres y mujeres, aunque a éstas en menor grado, ya que el 2º cromosoma X les protege • Primera causa de deficiencia mental hereditaria • Población normal: 6-54 repeticiones • 55-200 pre-mutación • Más 200 mutación completa • Hiperactividad, problemas atención, frente predominante, cara largada, bajo tono muscular, contacto visual escaso… Algunas características…

4. Síndrome del x frágil • Trastorno que ocasiona retraso mental • Primera causa hereditaria de retraso mental • Defecto en el gen FMR1 • Repetición de secuencia trinucleotídica (CGG)n • Cuanto mayor sea el número de repeticiones, más alteraciones patológicas • Más de 200 veces Se apaga el gen Enfermedad!

5. procedimiento

6. procedimiento

7. procedimiento

8. procedimiento Splicing Alternativo • Polimorfismo • Al menos 12 isoformas • Secuencias “canónica”: • Se toma como referencia para toda la información posicional

9. procedimiento >sp|Q06787|FMR1_HUMAN Fragile X mental retardation 1 protein OS=Homo sapiens GN=FMR1 PE=1 SV=1 MEELVVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVAFENNWQPDRQIPFHDVRFPPPVGYNKDINESDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIERLRSVNPNKPATKDTFHKIKLDVPEDLRQMCAKEAAHKDFKKAVGAFSVTYDPENYQLVILSINEVTSKR AHMLIDMHFRSLRTKLSLIMRNEEASKQLESSRQLASRFHEQFIVREDLMGLAIGTHGAN IQQARKVPGVTAIDLDEDTCTFHIYGEDQDAVKKARSFLEFAEDVIQVPRNLVGKVIGKN GKLIQEIVDKSGVVRVRIEAENEKNVPQEEEIMPPNSLPSNNSRVGPNAPEEKKHLDIKE NSTHFSQPNSTKVQRVLVASSVVAGESQKPELKAWQGMVPFVFVGTKDSIANATVLLDYH LNYLKEVDQLRLERLQIDEQLRQIGASSRPPPNRTDKEKSYVTDDGQGMGRGSRPYRNRGHGRRGPGYTSGTNSEASNASETESDHRDELSDWSLAPTEEERESFLRRGDGRRRGGGGRGQGGRGRGGGFKGNDDHSRTDNRPRNPREAKGRTTDGSLQIRVDCNNERSVHTKTLQNTSSEGSRLRTGKDRNQKKEKPDSVDGQQPLVNGVP

10. procedimiento

11. procedimiento

12. procedimiento

13. procedimiento >gi|56270284:260-2020 Homo sapiens fragile X mental retardation 1, mRNA (cDNA clone MGC:87458 IMAGE:30347992), complete cds ATGGAGGAGCTGGTGGTGGAAGTGCGGGGCTCCAATGGCGCTTTCTACAAGGCATTTGTAAAGGATGTTCATGAAGATTCAATAACAGTTGCATTTGAAAACAACTGGCAGCCTGATAGGCAGATTCCATTTCATGATGTCAGATTCCCACCTCCTGTAGGTTATAATAAAGATATAAATGAAAGTGATGAAGTTGAGGTGTATTCCAGAGCAAATGAAAAAGAGCCTTGCTGTTGGTGGTTAGCTAAAGTGAGGATGATAAAGGGTGAGTTTTATGTGATAGAATATGCAGCATGTGATGCAACTTACAATGAAATTGTCACAATTGAACGTCTAAGATCTGTTAATCCCAACAAACCTGCCACAAAAGATACTTTCCATAAGATCAAGCTGGATGTGCCAGAAGACTTACGGCAAATGTGTGCCAAAGAGGCGGCACATAAGGATTTTAAAAAGGCAGTTGGTGCCTTTTCTGTAACTTATGATCCAGAAAATTATCAGCTTGTCATTTTGTCCATCAATGAAGTCACCTCAAAGCGAGCACATATGCTGATTGACATGCACTTTCGGAGTCTGCGCACTAAGTTGTCTCTGATAATGAGAAATGAAGAAGCTAGTAAGCAGCTGGAGAGTTCAAGGCAGCTTGCCTCGAGATTTCATGAACAGTTTATCGTAAGAGAAGATCTGATGGGTCTAGCTATTGGTACTCATGGTGCTAATATTCAGCAAGCTAGAAAAGTACCTGGGGTCACTGCTATTGATCTAGATGAAGATACCTGCACATTTCATATTTATGGAGAGGATCAGGATGCAGTGAAAAAAGCTAGAAGCTTTCTCGAATTTGCTGAAGATGTAATACAAGTTCCAAGGAACTTAGTAGGCAAAGTAATAGGAAAAAATGGAAAGCTGATTCAGGAGATTGTGGACAAGTCAGGAGTTGTGAGGGTGAGGATTGAGGCGAAAATGAGAAAAATGTTCCACAAGAAGAGGAAATTATGCCACCAAATTCCCTTCCTTCCAATAATTCAAGGGTTGGACCTAATGCCCCAGAAGAAAAAAAACATTTAGATATAAAGGAAAACAGCACCCATTTTTCTCAACCTAACAGTACAAAAGTCCAGAGGGGTATGGTACCATTTGTTTTTGTGGGAACAAAGGACAGCATCGCTAATGCCACTGTTCTTTTGGATTATCACCTGAACTATTTAAAGGAAGTAGACCAGTTGCGTTTGGAGAGATTACAAATTGATGAGCAGTTGCGACAGATTGGAGCTAGTTCTAGACCACCACCAAATCGTACAGATAAGGAAAAAAGCTATGTGACTGATGATGGTCAAGGAATGGGTCGAGGTAGTAGACCTTACAGAAATAGGGGGCACGGCAGACGCGGTCCTGGATATACTTCAGCTCCAACAGAGGAAGAGAGGGAGAGCTTCCTGCGCAGAGGAGACGGACGGCGGCGTGGAGGGGGAGGAAGAGGACAAGGAGGAAGAGGACGTGGAGGAGGCTTCAAAGGAAACGACGATCACTCCCGAACAGATAATCGTCCACGTAATCCAAGAGAGGCTAAAGGAAGAACAACAGATGGATCCCTTCAGATCAGAGTTGACTGCAATAATGAAAGGAGTGTCCACACTAAAACATTACAGAATACCTCCAGTGAAGGTAGTCGGCTGCGCACGGGTAAAGATCGTAACCAGAAGAAAGAGAAGCCAGACAGCGTGGATGGTCAGCAACCACTCGTGAATGGAGTACCCTAA

14. Información de la proteína ¿Proceso biológico? • Proteína de transporte del mRNA diana • Se encuentra tanto en el núcleo como en el citoplasma • Metilaciones y fosforilaciones

15. organismos Mus musculus Xenopuslaevis Homo sapiens Drosophilamelanogaster Sumatran orangutan Zebrafish

16. Secuencias proteicas >sp|P35922|FMR1_MOUSE Fragile X mental retardationprotein 1 homolog OS=Mus musculus GN=Fmr1 PE=1 SV=1 MEELVVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVAFENNWQPERQIPFHDVRFPPPVGYNKDINDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIERLRSVNPNKPATKDTHKIKLEVPEDLRQMCAKESAHKDFKKAVGAFSVTYDPENYQLVILSINEVTSKRAHMLIDMHFRSLRTKLSLILRNEEASKQLESSRQLASRFHEQFIVREDLMGLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIDLDEDTCTFHIYGEDQDAVKKARSFLEFAEDVIQVPRNLVGKVIGKNGKLIQEIVDKSGVVRVRIEAENEKSVPQEEEIMPPSSLPSNNSRVGPNSSEEKKHLDTKENTHFSQPNSTKVQRVLVVSSIVAGGPQKPEPKAWQGMVPFVFVGTKDSIANATVLLDYHLNYLKEVDQLRLERLQIDEQLRQIGASSRPPPNRTDKEKGYVTDDGQGMGRGSRPYRNRGHGRRGPGYTSGTNSEASNASETESDHRDELSDWSLAPTEEERESFLRRGDGRRRRGGGRGQGGRGRGGGFKGNDDHSRTDNRPRNPREAKGRTADGSLQSASSEGSRLRTGKDRNQKKEKPDSVDGLQPLVNGVP • P35922

17. Secuencias proteicas >sp|Q5R9B4|FMR1_PONAB Fragile X mental retardationprotein 1 homolog OS=Pongo abelii GN=FMR1 PE=2 SV=1 MEELVVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVAFENNWQPDRQIPFHDVRFPPPVGYNKDINESDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIERLRSVNPNKPATKDTFHKIKLDVPEDLRQMCAKESAHKDFKKAVGAFSVTYDPENYQLVILSINEVTSKR AHMLIDMHFRSLRTKLSLIMRNEEASKQLESSRQLASRFHEQFIVREDLMGLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIDLDEDTCTFHIYGEDQDAVKKARSFLEFAEDVIQVPRNLVGKVIGKNGKLIQEIVDKSGVVRVRIEAENEKNVPQEEEIMPPNSLPSNNSRVGPNAPEEKKHLEIKENSTHFSQPNSTKVQRGMVPFVFVGTKDSIANATVLLDYHLNYLKEVDQLRLERLQIDEQLRQIGASSRPPPNRTDKEKSYVTDDGQGMGRGSRPYRNRGHGRRGPGYTSGTNSEASNASETESDHRDELSDWSLAPTEEERESFLRRGDGRRRGGGGRGQGGRGRGGGFEGNDDHSRTDN RPRNPREAKGRTTDGSLQNTSSEGNRLRTGKDRNRKKEKPDSVDGQQPLVNGVP • Q5R9134

18. Secuencias proteicas >sp|Q2KHP9|FMR1B_XENLA Fragile X mental retardationprotein 1 homolog B OS=Xenopuslaevis GN=fmr1-b PE=2 SV=1 MEELAVEVRGSNGAFYKAFVKDVHEDSITVTFENNWQQEKQIPFHDVRFPPPSGYNKDINESDEVEVYSRANEKEPCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACDATYNEIVTIDRLRSVNPNKSATKNSFHKVKLDVPEDLRQMCAKDSAHKDFKKAVGAFSVSYDSENYQLVILSVNEVTIKR ANMLCDMHFRSLRTKLSLMLRNEEASKQLESSRQLASRFHEQFIVREDLMGLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIDLDEDTCTFHIYGEDQEAVKKARTYLEFAEDVIQVPRNLVGKVIGKNGKLIQEIVDKSGVVRVRIEAENDKNISQEEGNVPFVFVGTKDSITNATVLLDYHLNYLKE VDQLRLERLQIDEQLRQIGASSRPPSNRPDKEKGYLSEDCSGTVRGSRPYNNRGRSRRGTGYASGTNSEASNASETESDHRDELSDWSLAPAEDDRDNYHRRGDGRRRGGMRGQGMRGRGGFKGNDDQPRPDNRQRNSRETKARTSDGSLQIRIDCNNERSVHTKTLQNASVEGSRLRTGKDRIQKKEKTDGVDGPQVVVNGVP • Q2KHP9

19. Secuencias proteicas >sp|Q9NFU0|FMR1_DROME Fragile X mental retardationsyndrome-relatedprotein 1 OS=Drosophilamelanogaster GN=Fmr1 PE=1 SV=1 MEDLLVEVRLDNGAYYKGQVTAVADDGIFVDVDGVPESMKYPFVNVRLPPEETVEVAAPIFEEGMEVEVFTRTNDRETCGWWVGIIKMRKAEIYAVAYIGFETSYTEICELGRLRAKNSNPPITAKTFYQFTLPVPEELREEAQKDGIHKEFQRTIDAGVCNYSRDLDALIVISKFEHTQKRASMLKDMHFRNLSQKVMLLKRTEEAARQLETTKLMSRGNYVEEFRVRDDLMGLAIGSHGSNIQAARTVDGVTNIELEEKSCTFKISGETEESVQRARAMLEYAEEFFQVPRELVGKVIGKNGRIIQEIVDKSGVFRIKVSAIAGDDEQDQNIPRELAHVPFVFIGTVESIANAKVLLEYHLSHLKEVEQLRQEKMEIDQQLRAIQESSMGSTQSFPVTRRSERGYSSDIESVRSMRGGGGGQRGRVRGRGGGGPGGGNGLNQRYHNNRRDEDDYNSRGDHQRDQQRGYNDRGGGDNTGSYRGGGGGAGGPGNNRRGGINRRPPRNDQQNGRDYQHHNHTTEEVRETREMSSVERADSNSSYEGSSRRRRRQKNNNGPSNTNGAVANNNNKPQSAQQPQQQQPPAPGNKAALNAGDASKQNSGNANAAGGASKPKDASRNGDKQQAGTQQQQPSQVQQQQAAQQQQPKPRRNKNRSNNHTDQPSGQQQLAENVKKEGLVNGTS • Q9NFUO Proteína de unión a RNA que se asocia al ribosoma en la traducción y actúa como regulador negativo en la traducción de determinados mRNA. Regula la estructura de fotorreceptores y neurotransmisión del ojo. Es necesario para la estabilidad de la pareja central de microtúbulos en el anoxemaespermátide. • Procesos biológicos: • Silenciamiento mediado por mRNA • Transducción sensorial • Regulación traducción • Visión Sólo se encuentra en el citoplasma Sólo sufre fosforilación

20. Secuencias proteicas >sp|Q90YM8|CYFP1_DANRE Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 homolog OS=Daniorerio GN=cyfip1 PE=2 SV=1 MASTVTLEDALSNVDLLEELPLPDQQPCIEPLPSSLIYQPNFNTNFEDRNAFVTGIARYIEQATVHSSMNDMLEEGQQYAVMLYTWRCCSRAIPQVKCNEQPNRVEIYEKTVEVLEPEVNKLMNFMYFQRTAIDRFCGEVRRLCHAERRKDFVSEAYLLTLGKFINMFAVLDELKNMKCSVKNDHSAYKRAAQFLRKMSEPSSIQESQNLSMFLANHNKITQSLQQQLEVINGYDELLADIVNLCVDYYENKMYLTPSERHMLLKVMGFGLYLMDGSNSNIYKLEAKKRINLTKIDKFFKQLQVVPLFGDMQIELARYIKTSAHYEENKSRWSCTSTGSSPQYNVCEQMIQIREGHMRFISELARYSNSEVVTGSGRQDAQKTDSEYRKLFDLALQGLQLLSQWSAQIMEVYSWKLVHPTDKYSNKECPDNAEEYERATRYNYTSEEKFALVEVLAMIKGLQVLMGRMESVFNHAIRHTIYSALQDFAQVTLREPLRQAIKKKKNVVQSVLQAIRKTVCDWETGREPHNDPALRGEKDPKGGFDIKVPRRAVGPSSTQLYMVRTMLESLVADKSGSKKTLRSSLEGPTILDIEKFHRESFFYTHLLNFSETLQQCCDLSQLWFREFFLELTMGRRIQFPIEMSMPWILTDHILETKEASMMEYVLYSLDLYNDSAHYALTKFKKQFLYDEIEAEVNLCFDQFVYKLADQIFAYYKVIAGSLLLDKRLRAECKNQGANISWPSSNRYETLLKQRHVQLLGRSIDLNRLITQRVSSALYKSL ELAISRFESEDLTSIMELEGLLDINRMTHKLLSKYLTLDSIDAMFREANHNVSAPYGRITLHVFWELNYDFLPNYCYNGSTNRFVRTILPFSQEFQRDKPPNAQPQYLYGSKALNLAYSSIYSLYRNFVGPPHIKAICRLLGYQGIAVVMEELLKVVKSLLQGTILQYVKTLMEVMPKICRLPRHEYGSPGILEFFHHQLKDIVEYAELKSVCFQNLREVGNALLFCLLTEQSLSQEEVCDLLHAAPFQNILPRVHVKEGERLDAKMKRLEAKYTALHLVPLIERLGTPQQIAIAREGDLLTKERLCCGLSIFEVILTRVRAYLDDPIWRGPLPSNGVMHVDECVEFHRLWSAMQFVYCIPVGAHEFTVEQCFGDGLNWAGCMIITLLGQHRRFDILDFSYHLLKVQKHDGKDEIIKSVPLKKMVDRIRKFQILNDEIFAILNKYLKSGDGENMPVEHVRCFQPPIHQSLASN • Q90YM8 • Procesosbiológicos: • Diferenciación • Neurogénesis • Forma celular Se encuentrasólo en el citoplasma Participa en la formación de volantes de la membrana y salientes. Se una a la F-actina, pero no al RNA.

21. Secuencias cds http://bioinfo-btg10-grupo02.wikispaces.com/PR%C3%81CTICA+1+B%C3%BAsqueda+de+secuencias

22. Información adicional El gen FMR1 no sólo está implicado en la enfermedad SXF, sino también en la insuficiencia ovárica prematura y el síndrome de temblor/ataxia asociado a X frágil