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Febrero, 2009

R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma y de cultivos (GECI) y Unidad Informática para la Investigación (RIU). Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas. Febrero, 2009. Colaboradores. GECI RIU

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Presentation Transcript

  1. R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas • Mejoramieto de germoplasma y de cultivos (GECI) y Unidad Informática para la Investigación (RIU) Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas Febrero, 2009

  2. Colaboradores • GECIRIU • E.Mihovilovich R.Simon • W.Amoros V. Hualla • M.Gastelo C.Aliaga • G.Burgos L. Rojas • M. Orrillo S. Trebejo • B. Ordoñez • Training • A. Puccini • M. Miky

  3. Plataforma Información • Avances 2008 • Sitio web • Catalog web y CD • Manejador de tareas • Migracion a nuevo hardware y upgrade de software • Revision de herramientas para manejo de datasets y analisis de datos (CIPPEX/CIPSTAT) • Planes 2009 • Arquitectura de plataforma CIPPEX/CIPSTAT revisada • Elementos

  4. FASE 1 FASE 2 • Se diagramó la web usando la • Herramienta Wiki Confluence. • Se clasificó la información según • área de interes y se colocó en la web. • Se construyó el catálogo de clonesusando PHP y MySQL (opensource) • Se recopiló información de SETs y • de CIPPEX. • Se programó el motor de búsquedaspara variables cuantitativas y cualitativas Ventajas • No se necesita de un programador para aumentar o actualizar contenido • en la web. Página Web RedLatinpapa

  5. Objetivo Primer año: • Actualización de la información de Sets y Harvest Plust en CIPPEX: Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos. • La información de 101 Clones avanzados de GECI han sido migrados al Catálogo digital de la RED. Base de Datos

  6. Productos Primer año: 101 clones avanzados en Catálogo digital http://research.cip.cgiar.org/redlatinpapa/pages/home.php

  7. JIRA: herramienta para manejo de tareas • “Features”: • Disenado para tareas cumplidas • Posibilidades de monitoreo de avances • Alertas • Reportes • Integracion con Sitio web

  8. Entrenamiento en JIRA: herramienta para manejo de tareas Hacemos click en “Create New Issue” para crear una nueva tarea

  9. Pre breeding and Citogenic • Objetivo Segundo Año: • * Actualizar la información de Virus, Tizón Tardio y Pre mejoramiento en CIPPEX : Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos. • La información de 200 Clones avanzados de GECI estarían a dispocisión de los socios a través del Catálogo digital de la RED. • Herramientas CIPPEX/CIPSTAT a disposicion de socios

  10. Migracion a nuevo hardware y software • Contribucion CIP • Nuevo servidor • Ultimas versiones de software • Finalizar: Marzo 2009 • Beneficios: • Mas rapido • Nuevas posibilidades: p.e. • Edicion de paginas web del sitio de Red desde Word

  11. Revision de herramientas CIPPEX/CIPSTAT • Principio: facilitar generacion de nueva informacion (sinergia)! • Criterios: • Balance entre centralizacion y manejo local • Compartir datos y protocolos (de ensayos y analisis) • … pero no depender ‘demasiado’ de connexion a la internet • Objetivos: • Herramientas para cada un socio • Herramientas para la red de socios • Transparencia para datos y analisis

  12. Planes 2009: vision de arquitectura “Kits” para uso local Herramientas compartidos Manejo de datos Repositorio de datasets Control de calidad dedatos Integracion de datos Reportes estandarizados de datos Analisis Capacitacion: Buenas practicas compartidas Catalogos

  13. Planes 2009: implementacion de arquitectura “Kits” para uso local Herramientas compartidos Manejo de datos Formspe.e ICG Repositorio de datasets CIPPEX 2.0:un dataset = publicacion Control de calidad dedatos Uso demetadatosyotros Integracion de datos Data marts: p.e. biomart Reportes estandarizados de datos R y ‘reportes reproducibles’(con ‘Sweave’) Analisis Programasestadist. Catalogos Kit de 2008 Capacitacion: Buenas practicas compartidas DocumentacionEventos de capacitacion

  14. Planes 2009: Repositorio CIPPEX 2.0 • Ejemplo: pagina web en el mismo ‘Confluence’ • Features: • Atribucion de origen • Facilitar citacion formal • Historial de cambios • Alertas de ‘updates’ • Control de acceso • Facilitar integridad de datos • Control de calidad

  15. Planes 2009: Integracion de datasets optimizado para consultas biomart (e otros…) Demo: video

  16. Planes 2009: Reportes reproducibles Demo: video

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