Documentation Médicale

Documentation Médicale Comment interroger la base de données Pubmed? Présentation réalisée par CARRON Ludovic, documentaliste au CIRD de Ouagadougou

Objectifs • Consulter la base de donnée Pubmed de façon autonome • Connaître les principes de base de l’utilisation d’un langage documentaire • Réutilisation de ces principes avec d’autres bases de données

Plan de la présentation • Présentation globale de Pubmed • Effectuer une recherche par sujet • Fonctions avancées de Pubmed

Présentation • Pubmed est une base de donnée bibliographique porté sur les ressources documentaires biomédicales. • Pubmed est un service de l’US National Library of Medicine.

Possibilités de Pubmed • Recherche par sujet • Recherche par auteur • Recherche par périodique • Pubmed peut aussi permettre d’accéder au texte intégral de l’article.

Visite rapide de l’interface

Effectuer une recherche par sujet • Exemple de recherche : • Je recherche des informations sur la prévention du paludisme par les vitamines ou par les antibiotiques. • Mots-clefs : prevention; paludisme; vitamine; antibiotique;

Langues et langages documentaires… • Pubmed est une base de donnée américaine. Il convient de traduire en langue anglaise les termes employés pour notre recherche. • Pour cela, ce site peut être utile : • http://terminologiecismef.chu-rouen.fr/

Première équation de recherche dans Pubmed • Malaria AND Prevention AND (Vitamins OR Anti-Bacterial Agents) • 391 résultats de recherche à l’équation.

Utilisation du Thésaurus de Pubmed, le MeSh • Le MeSh permet d’utiliser une liste organisée de termes, qui sont unifiés et organisés hiérarchiquement. • Pour trouver un terme du MeSH, il suffit de sélectionner la base de donnée MeSh et d’y entrer le terme recherché. Exemple de « vitamins »

Hierarchisation des termes dans le MeSH

Vers une nouvelle équation de recherche • Paludism => malaria • Prevention => Prevention and control (à ajouter en tant que sous sujet du terme « malaria ») • Vitamins => vitamins • Anti-Bacterial Agents

Equation de recherche • "Malaria/prevention and control"[Mesh] AND ("Vitamins"[Mesh] OR "Anti-Bacterial Agents"[Mesh]) • 54 résultats trouvés

Opérateurs • [mh] = [mesh] , descripteur meSH • [majr] , descripteur meSH qui est thème principal du document • [mh:noexp] , descripteur meSH qui ne prend pas en compte les spécifiques du descripteur • [majr:noexp] , descripteur meSH thème principal du document , ne prend pas en compte les spécifiques du descripteur

Equation de recherche • On souhaite que Malaria/prevention and control soit thème principal des articles recherchés. • "Malaria/prevention and control"[Majr] AND ("Vitamins"[Mesh] OR "Anti-Bacterial Agents"[Mesh]) • 26 documents trouvés

Lire la notice d’un document • La notice apporte plusieurs informations. • Résumé, noms des auteurs, titre de l’article, périodique de publication • Le champs descripteur apporte de l’information sur le contenu de l’article, et peut permettre de savoir très rapidement sur quoi porte l’article.

Accès aux documents • Sélectionnez l’article qui vous intéresse. • Cliquez sur l’icône qui apparaît en haut à droite de la fenêtre et qui permet d’accéder au document. • Les documents qui ne sont pas accessibles peuvent être consultés par commande via article@inist.

Exemple d’accès au document • Dans le cas de cet exemple, le document est accessible via la base de donnée Science Direct. • Le périodique concerné est consultable par les utilisateurs. • Lien : http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0306-9877(07)00483-5

Limitations à la recherche • On souhaite que les documents trouvés soient rédigés en français, ou que ceux-ci soient disponible en texte intégral. • Pour ces otions, il faut utiliser l’option « limits » de Pubmed

Equation de recherche • L’équation de recherche reste la même • Documents en français : 2 résultats • Disponible en texte intégral : 5 résultats • Documents disponible en français ET en texte intégral : 0 résultat

Exercice (Application) • Votre patient, un adolescent alcoolique, souffre de malnutrition. Vous désirez vous renseigner afin de mieux le soigner. Quelle sera votre démarche afin de trouver de l’information à ce sujet? • Effectuez cette même recherche sans utiliser les descripteurs MeSh.

Équation utilisée • Il s’agit ici d’une équation possible. Cependant, d’autres équations de recherche sont possible pour répondre à cette question. • "Malnutrition"[Majr] AND "Alcoholism"[Majr] (Limits: Adolescent: 13-18 years) • 14 résultats

Recherche d’une référence précise • Il faut utiliser l’onglet « Single citation Matcher », remplir les champs sélectionnés et lancer la recherche • Exemple : Trouvez tous les articles de M.Stefanov dans le périodique « Folia Medica »

Sauvegarde d’une recherche et veille thématique • Si un thème ou les travaux d’un chercheur qui travaille dans le même domaine que vous, vous intéresse, il est possible de connaître, via votre boîte e-mail, les nouveaux articles publiés et indexés dans Pubmed d’un auteur. • Pour cela, il faut s’inscrire sur le site de Pubmed.

Sauvegarde d’une recherche et veille thématique • Une fois cette opération effectuée, vous pouvez sauvegarder vos recherches. • Il est possible de recevoir des e-mails vous indiquant les nouveaux articles répondants à votre équation de recherche.

Conclusion • Utiliser les fonctions avancées de Pumed peut vous permettre de rechercher de l’information pertinente plus aisément. • Questions, remarques?

A consulter • REPERE : Ressources Electroniques, Pour les Etudiants, la Recherche et l’enseignement • http://issuu.com/elisaformist/docs/repere2008 • Liste (exhaustive) de bases de données en langue française en sciences médicales : • http://doccismef.chu-rouen.fr/servlets/Logique?Mot=base%20de%20donnees.tr&aff=4&tri=100&datt=2&debut=0

A consulter • Tutorial de Pubmed en langue française • http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_co/pubmed/m1001.html • Recherche d'informations médicales sur Internet • http://www.sfmg.org/Publication/aide_publication/biblio_internet/index.htm

Merci de votre attention

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