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Supporto Web al progetto HRBC

WP 5 – Attività 1. Supporto Web al progetto HRBC. Paolo Romano Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro (paolo.romano@istge.it). Obiettivi. Realizzare un portale che: dia visibilità al progetto e ai partner (parte accessibile a tutti)

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Presentation Transcript

  1. WP 5 – Attività 1 Supporto Webal progetto HRBC Paolo Romano Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro (paolo.romano@istge.it) Romano, Supporto Web, 16/11/2004

  2. Obiettivi Realizzare un portale che: • dia visibilità al progetto e ai partner (parte accessibile a tutti) • serva come strumento di lavoro e coordinamento per le unità di ricerca (parte ad accesso riservato) • ospiti servizi e strumenti di tipo bioinformatico, utili ai ricercatori coinvolti nel progetto e non, • rimanga un riferimento alla fine del progetto Romano, Supporto Web, 16/11/2004

  3. Sito principalehttp://www.hrbc-genomics.net/ Aggiornamenti area pubblica • risultati del progetto: pubblicazioni, databases • links a siti d’interesse e mirror Aggiornamenti area riservata • area software tool: SRS e MIAMExpress • meeting: relazioni • archivi: mailing list Creazione area valutazione • relazione primo anno Romano, Supporto Web, 16/11/2004

  4. Siti d’interesse (i) Mirror • GeneCards (CRISCEB) • Bioconductor (University of Ferrara) Siti bioinformatici dei partner • Bioinformatics (CINECA) • BioGate (CINECA) • Gene Expression Group (CRISCEB) • Functional Genomics Lab (University of Ferrara) Romano, Supporto Web, 16/11/2004

  5. Siti d’interesse (ii) Principali database di esperimenti • Microarray Informatics (EBI), comprendente ArrayExpress, MIAMExpress, Expression Profiler, MGED, SOFG • GEO - Gene Expression Omnibus (NCBI) • SMD - Stanford Microarray Database (Stanford) • GEDB - Gene Expression Data Portal (NCI) • GEAW - Gene Expression Analysis Workshop (NCI) • GEDA - Gene Expression Data Analysis Tool (University of Pittsburgh) Romano, Supporto Web, 16/11/2004

  6. Siti d’interesse (iii) Ulteriori risorse • VIB MicroArray Facility (Flanders Biotechnilogy Institute) • CHIP - Children's Hospital Informatics Program (CH Boston) • Tools for Analysis of DNA Microarray Data (Technical University of Denmark) • Nuclear Receptors • Nuclear Receptors Resources Georgetown University • NURSA - Nuclear Receptor Signaling Atlas • NucleaRDB home page • Nuclear Receptor (Journal) Romano, Supporto Web, 16/11/2004

  7. Sito SRShttp://srs.hrc-genomics/srs71/index.html Sito recentemente installato • http://srs.hrbc-genomics.net/srs71/index.html Databases • EMBL release 80 • CABRI libraries (>100,000 resources) • altri database, su richiesta Software d’analisi • Collegati ai database, su richiesta Romano, Supporto Web, 16/11/2004

  8. Sito MIAMExpresshttp://miamexpress.hrc-genomics.net/index.html Sito recentemente installato • http://miamexpress.hrbc-genomics/index.html • MIAMExpress v1.6 (open source) Obiettivi • Archivio locale degli esperimenti (senza dati) • Supporto all’invio ad ArrayExpress (MIAME) • Supporto all’invio all’archivio del progetto Contenuti attuali • Vuoto, inserimento progressivo di array e protocolli • Accesso protetto da password • Sviluppo form per overview dati Romano, Supporto Web, 16/11/2004

  9. Stato dei siti progetto Sito principale • http://www.hrbc-genomics.net/ • http://www.hrbc-genomics.net/internal/ (user: hrbc, password: testpwd) • http://www.hrbc-genomics.net/revision/ (user: hrbc, password: testpwd) Sito SRS • http://srs.hrbc-genomics.net/srs71/index.html Sito MIAMExpress • http://miamexpress.hrbc-genomics.net/ (user: hrbc, password: testpwd) Romano, Supporto Web, 16/11/2004

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