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生物信息学实验

生物信息学实验. 实习 1 ： 常用生物信息中心浏览及查询 一、 实习目标： 1 、了解 NCBI 、 DDBJ 、 EMBL 上网的方法自学各网站相关介绍。 2 、了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学网站。 3 、利用 NCBI 的 Entrenz 查询系统和 EBI 的 SRS 检索文献和核酸或蛋白质 序列。 1 、生物信息学网站浏览. NCBI 输入网址 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

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生物信息学实验

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Presentation Transcript

  1. 生物信息学实验

  2. 实习1：常用生物信息中心浏览及查询 一、 实习目标： 1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上网的方法自学各网站相关介绍。 2、了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学网站。 3、利用NCBI的Entrenz查询系统和EBI的SRS检索文献和核酸或蛋白质序列。 1、生物信息学网站浏览

  3. NCBI 输入网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

  4. 2）European Molecular Biology Laboratory输入网址：http://www.ebi.ac.uk/embl/

  5. 3） DDBJ (DNA Data Bank of Japan ）输入网址：http://www.ddbj.nig.ac.jp/

  6. 4）北大生物信息学中心 网页

  7. 2、查询 1)Entrez (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/)查询 (1)查询编码拟南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因的核酸序列 选择gene 输入arabidopsis phyE

  8. 点击下图1标题phytochrome E那一行

  9. arabidopsis phyE（光敏色素E）基因位于的染色体 由网页可知该基因位于拟南芥： Arabidopsis thaliana chromosome 4

  10. （2）查询编码拟南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因的核酸序列（2）查询编码拟南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因的核酸序列 选中: nucleotide 输入: arabidopsis phyE

  11. 点击右下角Arabidopsis thaliana(29)

  12. 点击3标题搜索结果

  13. 由搜索结果知： 序列编号： ACCESSION ： NM_117923 碱基 ： 3648 bp

  14. 点击FASTA， huo

  15. 编码拟南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因mRNA的Fasta格式序列编码拟南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因mRNA的Fasta格式序列

  16. 点击该处显示蛋白质的编码信息 点击该网页中的 NP-193547.4 获得其蛋白质的序列

  17. 获得蛋白质：LOCUS NP_193547 1112 aa linear PLN 28-MAY-2011可知氨基酸数目：1112aa

  18. 由记录查找过程知： 该基因位于拟南芥的第四条染色体上 由3648碱基构成；编码1112个氨基酸。 accession号是多少？ arabidopsis phyEmRNA的accession号：NM_117923

  19. （2）查询ID号为AAH05255的蛋白质序列并最终获得它的Fasta格式序列（2）查询ID号为AAH05255的蛋白质序列并最终获得它的Fasta格式序列

  20. AAH05255的蛋白质 它来源于什么物种？ Homo sapiens (human) 包含有多少个氨基酸？ 110aa 是什么蛋白？ Protein 1..110 /product=“insulin” (胰岛素)

  21. 由搜索结果知：Protein 1..110 /product=“insulin” (胰岛素)

  22. AAH05255的蛋白质的Fasta格式序列

  23. 3）查询一篇关于phyA的查考文献 选中： Pubmed 输入： Arabidopsis phyA

  24. 有关phyA的一篇文献

  25. 文献名称：Arabidopsis phytochrome a is modularly structured to integrate the multiple features that are required for a highly sensitized phytochrome. 作者名字:Oka Y, Ono Y, Toledo-Ortiz G, Kokaji K, Matsui M, Mochizuki N, Nagatani A 杂志名称: Plant Cell. 出版日期:2012 Jul;24(7):2949-62. Epub 2012 Jul 27.

  26. 实习二 BLAST和Fasta的使用 一、实习目标 1．掌握BLAST的基本功能并可熟练使用 2．了解FastA的基本功能及使用方法 1．BLAST 用NCBI中的BLAST在线工具搜索与其相匹配的序列。

  27. 点击进入NCBI的主界面，点BLAST

  28. 点击Basic BLAST下的protein blast

  29. 浏览，选中文件中名为Rho文件

  30. 搜索结果如下：

  31. BLAST结果逐条显示

  32. 由网页结构显示：accession NP_000530.1的序列相识度最高为100%

  33. 点击第一条进入NP_000530.1

  34. 点击GENE ID: 6010 RHO获得其序列信息

  35. 搜索的序列来自于Homo sapiens的rhodopsin（视紫红质）相似度到达100%

  36. 实习三 基因预测—Genscan 和ORF Finder 一 实习目标： 1、掌握ORF Finder对原核生物基因组进行基因预测。 2、能够利用genscan进行基因预测。 3、能够对预测的结果进行分析。 1. Genscan的使用 1.1、从NCBI下载基因序列核酸序列，保存其fasta格式到记事本（H.sapiens ENO3）

  37. NCBI下载H.sapiens ENO3基因序列核酸序列

  38. H.sapiens ENO3基因序列核酸序列其fasta格式

  39. 2.使用genscan进行基因预测：输入网址：http://genes.mit.edu/GENSCAN.html2.使用genscan进行基因预测：输入网址：http://genes.mit.edu/GENSCAN.html Organism选中： Vertebrate Print option选中： Predicted CDS and peptide 将搜索到的H.sapiens ENO3基因序列核酸序列输入到方框内

  40. Predict genes/exons结果输出 起始位置、终止位置 该基因起始外显子从1624碱基处开始，到1708碱基处结束；接着有7个中间外显子；终止外显子在6837碱基处结束，其后还有polyA信号 起始外显子 中间外显子 终止外显子

  41. H.sapiens ENO3所编码的蛋白质序列

  42. H.sapiens ENO3基因的CDS

  43. 2. ORF Finder 的使用 1.到ORF Finder进行基因预测 要求：通过简单的文字描述和图片记录预测过程；分析预测结果：预测出Rickettsia conorii 包含多少个长度大于300bp 的基因？列举几个它们在基因组中的起始终止位置？是正链还是负链？长度是多少？它们分别编码多少个氨基酸？有无重叠基因？（提示：列表说明）

  44. 输入网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html进入以下界面:输入网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html进入以下界面:

  45. Mycoplasma capricolum 基因组核酸序列预测结果:

  46. 点击（例子1） 无重叠序列

  47. 点击（例子2） 有重叠序列

  48. 点击（例子3） 有重叠序列

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