Initiation à Pubmed

1. Initiation à Pubmed Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé

2. Plan de l’exposé • 1. La base de données Medline • 1.1. Vue d’ensemble • 1.2. Accès • 2. Recherche dans PubMed • 2.1. Recherche simple : avantages et inconvénients • 2.2. Recherche avancée : avantages et inconvénients • 2.3. Le MeSH • 2.4. Construire une équation de recherche • 2.5. Outils PubMed (détails, limites, historique, …) • 3. Exploitation des résultats • 3.1. Les formats de visualisation • 3.2. Envoyer… • 3.3. Open access / accès aux articles • 3.4. Veille (RSS)

3. 1.La base de données Medline

4. 1. Vue d’ensemble de Medline • MEDLINE = Medical Literature Analysis and Retrieval System)  Système de recherche et d’analyse de la littérature médicale • Base de données bibliographique commencée en 1949 jusqu’à nos jours • Informatisée en 1972, catalogage rétrospectif 1949-1972 • Contient plus de 19,5 millions de fiches (màj. 08/02/2010) reprenant approximativement 5.000 périodiques • Couvre les sciences de la vie et l’information biomédicale • Compilé et hébergé par la NLM (NCBI) aux U.S.

5. 1.2. Accès à Medline • Accès via interfaces payantes • Exemples : ERL WebSpirs, EBSCO, Dialog,… • Relativement coûteux et langage de recherche pas toujours évident à maîtriser • Politique commerciale douteuse pour certains • Accès via interfaces gratuites • Exemples : PubMed, Medsum, GoPubMed, eTBLAST, Medscape, Twease • Disponible sur n’importe quel ordinateur relié à internet • Facilité de recherche • PubMed est le plus connu et le plus employé (il reprend d’autres bases de données également)

6. 2.Recherches dans PubMed

7. 2.1. Recherche simple dans PubMed • Avantages • Rapidité • Ne nécessite pas de connaissances particulières (intuitivité) • Pratique si on sait précisément ce que l’on cherche (référence exacte d’un article) • Inconvénients • Recherche limitée si on ne connaît pas précisément ce qu’on cherche (bibliographie sur un sujet, d’un auteur, etc.) • Risque d’erreur facile (mauvaise orthographe, etc.) • Peut générer du bruit documentaire oudu silence documentaire (mauvaise recherche, complexité)

8. Démonstration de recherche simple • Exemple : Je recherche l’article «  Tobacco Control and Free Speech -- An American Dilemma» de Bayer R. et Kelly M. paru dans le New England Journal of Medicinedu 13 janvier 2010. • Se rendre sur la page d’accueil de PubMed(pubmed.com ou pubmed.org sont des raccourcis) • Introduire : - soit totalité ou partie titre exact ;- soit les noms des auteurs ;- soit un mélange des deux (mots du titre et noms d’un ou plusieurs auteurs)  recherche de type « Google »

9. 2.2. Recherche avancée dans PubMed • Avantages • Permet une recherche très fine, très précise • Possibilités de recherche approfondies (bibliographie, etc.) • Champs de recherche distincts, clarté des éléments • Aide à la saisie (proposant les termes) • Passage par le thésaurus MeSH (voir ci-après) • Inconvénients • Nécessité de connaître les possibilités • Nécessité de savoir comment utiliser ces possibilités • Est moins intuitive que la recherche simple

10. Démonstration simple de recherche avancée • Recherche de tous les articles de Prignot J. parus depuis 2000 : • Cliquer sur Advanced Search • Dans le menu déroulant du SearchBuilder, choisirle champ Author • Entrer le nom de l’auteur : Prignot J (il existe une aide à la saisie) • Cliquer sur le bouton AND • Les termes s’ajoutent dans le champ supérieur. • Dans le SearchBuilder, choisirle champ Publication Date • Entrer les années 2000 à 2010 (ou seulement 2000 ; ‘present’ est mis par défaut) • Cliquer sur le bouton AND • Cliquer sur le bouton  6 résultats • Tous les champs comportent un qui facilite la recherche (« autorités ») • On peut ajouter autant de champs que nécessaire en les combinant grâce aux opérateurs booléens

11. 2.3. Le MeSH • MeSH = Medical Subject Headings • Thésaurus • Mises à jour et corrections régulières • Structure hiérarchisée • Recherche automatisée facilitée par l’emploi des synonymes • Plus de 25.000 descripteurs • Plus de 160.000 entrées • Par ordre alphabétique / hiérarchique • Traduction en français par l’Inserm : « MeSH bilingue »( http://ist.inserm.fr/mesh/html/mesh.html )Rem. : Ne fonctionne pas au moment de rédiger ce document Ex : ‘vitamin C’ renvoie à ‘Ascorbic Acid’

12. 2.3. Le MeSH (suite) • ‘(Topical) Qualifiers’ / ‘(Topical) Subheadings’ • qualificatifs pour préciser la recherche • 83 subheadings • Liste 2010 : http://www.nlm.nih.gov/mesh/topsubscope.html • Exemple : on recherche des informations sur la mortalité de la maladie d’Alzheimer en relation avec les effets des médicaments. • Recherche dans le MeSH en langage naturel: ‘Alzheimer’ Alzheimer’s disease est le terme retenu • Ajout des subheadings ‘mortality’ et ‘drug therapy’ • 50 résultats

13. 2.4. Construire une équation de recherche • Méthode « facile » • Utiliser les boutons dans la recherche avancée, en combinant les recherches par les boutons AND, OR, NOT • Méthode « expert » • Utilisation de crochets pour les qualificatifs de champs • Utilisation de guillemets pour les expressions • Opérateurs booléens AND, OR et NOT • AND = ET (restreint la recherche) • OR = OU (élargit la recherche) • NOT = SAUF (rejette des termes) • Troncature gauche/droite : le symbole utilisé est l’astérique *

14. 2.5. Outils de PubMed • 2.5.1. Le bouton Clear • Permet d’effacer l’équation en cours pour recommencer une nouvelle recherche • 2.5.2. Le bouton Preview • Affiche un aperçu des résultats, pour vérifier la pertinence de la recherche sans perdre le temps d’affichage. • 2.5.3. Les limites • Permettent d’affiner la recherche sur les points suivants : date, type d’article, espèce (humains/animaux), langues, genre, âges, etc.

15. 2.5. Outils de PubMed (suite) • 2.5.4. L’historique • Affiche toutes les recherches déjà effectuées et leurs résultats. On peut combiner des recherches (pour ne pas devoir recommencer…) ou relancer une recherche déjà effectuée. • 2.5.5. Les détails • Affichent un détail de l’équation de recherche et les résultats que cette recherche génère. • Le bouton « URL » permet d’enregistrer le lien hypertexte et de le placer dans les favoris, cela peut servir de veille manuelle, en quelque sorte.

16. 2.5. Outils de PubMed (suite) • 2.5.6. Les ressources • Mesh Database : consultation du MeSH • Journals Database : informations sur les périodiques • Single Citation Matcher : trouver les citations d’un article • Clinical Queries : recherche avancée pour cliniciens • Topic-Specific Queries : recherches spécifiques pour cliniciens et chercheurs dans le domaine de la santé

17. 3.Exploitation des résultats

18. 3.1. Les formats de visualisation En anglais « Display Settings ». Ce sont des options d’affichage des résultats de la recherche. Il y a 3 types d’options : • Le format • Le nombre de résultats par page • Le tri

19. 3.1. Les formats de visualisation (suite) 3.1.1. Les formats Summary : le format par défaut : références de l’article en HTML avec lien vers l’abstract. Summary (text) : idem que Summary mais au format texte uniquement, sans liens html. Assez rébarbatif… Abstract : idem que Summary, avec l’abstract et des liens supplémentaires. Abstract (text) : idem que Abstract mais au format texte uniquement, sans liens html. Même remarque…Rem : Les formats texte sont parfois utiles pour l’export vers certains logiciels.

20. 3.1. Les formats de visualisation (suite) 3.1.1. Les formats (suite) MEDLINE : le format le plus complet, similaire à une fiche au format MARC, avec les codes de champs spécifiques à PubMed. XML : format balisé XML PMID List : simple liste des numéros de référence des articles , au format texte.PMID = PubMedIDentification, qui équivaut au numéro d’inventaire de chaque notice.

21. 3.1. Les formats de visualisation (suite) 3.1.2. Le nombre de résultats par page Vous pouvez choisir le nombre de résultats à afficher par page : 5, 10, 20, 50, 100, 200 résultats. 3.1.3. Le tri Recentlyadded: tri par derniers ajouts dans PubMed Pub Date : tri par date de publication First / Last author: tri par premier / dernier auteur Journal : tri par périodique Title : tri par titre

22. 3.2. Envoyer les résultats 3.2.1. File : en tant que fichier - Summary (text) : fichier texte reprenant les références des articles - Abstract (text) : fichier texte reprenant les abstracts des articles - MEDLINE : fiches bibliogaphiques, comparables au MARC (très complet) - XML : fichier balisé en XML - PMID List : uniquement liste des numéros de référence des articles (PubMed I.D.) Un tri est possible : chronologique, par date d’ajout, par auteur, par titre, par périodique.

23. 3.2. Envoyer les résultats (suite) 3.2.2. Collections Permet de se connecter à un compte MyNCBI et de sauver sa recherche, comme une sorte de bibliothèque virtuelle des références que l’on veut conserver. L’enregistrement à MyNCBI est gratuit.MyNCBI permet aussi la veille (voir ci-après)

24. 3.2. Envoyer les résultats (suite) 3.2.3. Order Se connecte à la plate-forme LoansomeDoc, afin de commander des articles. 3.2.4. Clipboard Envoie les résultats vers le presse-papiers de PubMed. Ce Clipboard permet de contenir jusqu’à 500 items ; c’est une sorte de « panier ». Il conserve les références pendant 8 heures maximum.

25. 3.2. Envoyer les résultats (suite) 3.2.5. E-mail Permet d’envoyer les résultats par email. Idem que pour envoyer par fichier, on peut en outre choisir le nombre de références à envoyer, à partir de laquelle commencer, et ajouter un texte éventuel (pour envoyer à un collègue, par exemple).

26. 3.3. Open Access • La plupart des articles ne proposent quun abstract, et le full text est souvent payant. • Il existe néanmoins des articles « gratuits » en « open access » ou en « free full text ». • Pour ne filtrer que ceux-là : cliquer sur « Free Full Text » en haut à droite de la page de résultats. Si cette option n’apparaît pas, c’est qu’il n’y en a pas…!

27. 3.3. Open Access (suite) • Un article en open access est TOUJOURS signalé dans la page de résultats par la mention « Free article ». • Un clic sur ce lien amène à l’abstract. Ensuite dans le coin supérieur droit, à côté du « Send to », un lien vers l’article proprement dit est proposé. Un clic redirige vers le site de l’éditeur ou un site proposant l’article en entier. • Il est à noter que ce lien existe aussi pour les articles payants (ou avec abonnement au périodique).

28. 3.4. Veille Deux types de veille existent : • via inscription par MyNCBI – envoi par email automatique sur base quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle. • Pour cela, utiliser le lien « Save search » • via RSS, par un fichier XML

29. Webographie / sources • Bibliographic Service Division : Data, News and Update Information / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http://www.nlm.nih.gov/bsd/revup/revup_pub.html#med_update . - Consulté le 25 janvier 2010. • PubMed Tutorial / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/ . - Consulté le 25 janvier 2010. • A la découverte du MeSHDatabase de Pubmed / Dailland, Françoise ; Kaelblen, Laurent . - Médiathèque de l’Université Paris Descartes, octobre 2008. – URL : http://mediatheque.parisdescartes.fr/article.php3?id_article=2105. -Consulté le 25 janvier 2010. • MEDLINE / Wikipedia. –WikimediaFundation, Janvier 2010. - URL : http://en.wikipedia.org/wiki/MEDLINE. -Consulté le 25 janvier 2010. • PubMed Help / National Library of Medicine. –NLM, février 2010. – URL : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp . - Consulté le 16 février 2010 • Souvenirs personnels du cours de M. Alain Somville (HENaCMalonne)

30. Merci de votre attention !