1 / 9

Termodynamika solvatace protonu v klastrech vody

Bc. Jakub Malohlava. Konvergenční testy. Termodynamika solvatace protonu v klastrech vody. Simulace. Monte Carlo výpočet souborových středních hodnot za pomocí Markovových řetězců parallel tempering simulace M replik současně při různých teplotách. Inicializační soubory. GLOBAL.INI

Télécharger la présentation

Termodynamika solvatace protonu v klastrech vody

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Bc. Jakub Malohlava Konvergenční testy Termodynamika solvatace protonu v klastrech vody

  2. Simulace • Monte Carlo • výpočet souborových středních hodnot za pomocí Markovových řetězců • parallel tempering • simulace M replik současně při různých teplotách

  3. Inicializační soubory • GLOBAL.INI • NN – Počet molekul vody v klastru • INTERACT.INI • WW_DIATOM_POTENTIAL_TYPE – 0 default, 1 TIP3P, 2 TIP4P, 3 TIP5P, 4 TIP5PA, 5 KJ • ADMIX_TYPE – Index příměsi v interakčním modelu KJ, 0 čistý klastr, 1 s příměsí • CALC_POLARIZABILITY – Výpočet polarizační energie u modelu KJ, 1 - ano • MAIN.INI • EQUILIB – Počet ekvilibrizačních kroků. • NOSS – Počet simulačních kroků. • OMIT – Počet MonteCarlo cyklů mezi vzorkováním. • RESULTS_SAVE – Četnost ukládání výsledků. • RND_SEED_VAL – 0 Začátek sekvence z náhodného čísla. • TYPE_OF_PROGRAM – 1 Během simulace je použit pouze jeden potenciál. 2 – Počátek ze souboru z přerušeného výpočtu. 3 – Výpočet multiple histogram.

  4. MC.INI • SWITCH_ON_MOVE - Zapnout posun molekul při simulaci, TRUE – bude docházet k posunu. • SWITCH_ON_ROT – Zapnout rotaci molekul při simulaci, TRUE – bude docházet k rotaci. Pokud tam bude cokoli jineho, rotace se vypne. • SET_RATIO – Poměr počtu přijatých konfigurací k počtu navržených konfigurací. • SET_RATIO_ROT – Poměr přijatých rotací k navrženým. • MULTI_HIST.INI • VARIANTA – 1 – Aritmetický průměr, 2 – Tsai-Jordan metoda průměrování hustoty stavu. • MULTIPLE_HISTOGRAM – 1 – Bude použita metoda multiple histogram. • ENERGY_LOW – Nejnižší hodnota energie histogramu[eV]. • ENERGY_UP – Nejvyšší hodnota energie histogramu[eV]. • NUM_ENERG_DEAL – Počet dílků v histogramu. • MH_DOWN_TEMPER - Dolní mez teploty, pro kterou budou počítány termodynamické veličiny. • MH_UP_TEMPER – Horní mez teploty, pro kterou budou počítány termodynamické veličiny. • NUM_MH_TEMPER – Počet teplot, pro které budou počítány Multiple Histogram veličiny.

  5. POL_ENERG.INI • STOP_IT – 1 – pevný počet iterací el. pole, 2 – iterování do dosažení určité přesnosti. • NMB_IT – Počet iterací pokud STOP_IT = 1. • ACCUR_IT – Požadovaná přesnost výpočtu při STOP_IT = 2. • WATER_PT.INI • NUMBER_OF_SYSTEMS – Počet systémů (tzn. počet teplot nebo energií, při kterých poběží dané simulace). • NUMBER_OF_CALC_SYSTEMS – Počet systémů, na kterých dochází k měření, musí být ≤ NUMBER_OF_SYSTEMS, vynechány jsou nejvyšší teploty. • DOWN_T_E – Spodní mez, tzn. nejnižší teplota nebo energie, při které poběží daná simulace. • UP_T_E – Horní mez, tzn. nejvyšší teplota nebo energie, při které poběží daná simulace. • NASOBEK – Míra exponenciálního rozvržení teplot systému, je rovna podílu z rozdílu dvou nejvyšších teplot a dvou nejnižších teplot. • ZEBRICEK – 0 – načte teploty ze souboru, jinak bude rozložení teplot exponenciální. • SIMUL_EXCHANGE_RAT – Pravděpodobnost navrhnuti výměny systému (výměna systému / (výměna systému + simulace systému))

  6. Polarizační energie

  7. Počet replik

  8. Pravděpodobnost výměny

  9. Děkuji za pozornost

More Related