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LA CINETIQUE LOGIQUE

LA CINETIQUE LOGIQUE. Les gènes Hox. Les gènes Hox. Propriétés des gènes Hox Réduction du modèle Construction du modèle Conventions Modèle descriptif Système d’équations Évolution du système Table de vérité littérale et valeurs des K i Fonctionnalité des boucles de rétroaction

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LA CINETIQUE LOGIQUE

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Presentation Transcript

  1. LA CINETIQUE LOGIQUE Les gènes Hox

  2. Les gènes Hox • Propriétés des gènes Hox • Réduction du modèle • Construction du modèle • Conventions • Modèle descriptif • Système d’équations • Évolution du système • Table de vérité littérale et valeurs des Ki • Fonctionnalité des boucles de rétroaction • Pseudo-carte de Karnaugh • Problèmes • Vers une amélioration du système

  3. Propriétés des gènes Hox • Gènes responsables de la détermination de l’axe antéro-postérieur • 1ère Notion : Combinaison • 2ème Notion : Colinéarité

  4. Réduction du modèle • Modèle établi à partir de trois gènes

  5. Construction du modèle • Conventions: 1sa 2sa • Variable mémoire: • Concentration du facteur de transcription codé par le gène X • Fonction logique: • Synthèse du facteur de transcription codé par le gène X 0 1 2 2sb 1sb sc 0 1

  6. Construction du modèle • Modèle descriptif +2 +2 a b c +1 +1 +1

  7. +2 +2 b a c +1 +1 +1 Construction du modèle • Système d’équations: A = dA ( kaa.1a + kba. 1b ) B = dB ( kab.2a + kcb.c ) C = dC ( kbc.2b )

  8. Évolution du système • Table de vérité littérale et valeurs des Ki :

  9. Évolution du système • Fonctionnalité des boucles de rétroaction : • 3 boucles fonctionnelles • 3 points caractéristiques: 1sa002sa1sb022sb1sc +2 +2 a a b b c +1 +1 +1

  10. Évolution du système Pseudo-carte de Karnaugh • Condition: le délai d’activation de la synthèse du facteur de transcription codé par le gène X-1 par le facteur de transcription X est supérieur au délai de dégradation des facteurs de transcription codées par les gènes X et X+1 Exemple: 110 0+1-0 000

  11. Évolution du système • Problèmes: 0+21  1+21  221  0+2-0+ 1+2-0+ Évolution incorrecte

  12. Vers une amélioration du système • Réaliser des expériences permettant de définir des délais • Autre modèle possible: • Condition: l’expression du gène X+1 nécessite l’expression du gène X • Système d’équations: A = dA ( kaa . 1a + kba . 1b . 2a) B = dB ( kab . 2a + kab+cb . c . 2a) C = dC ( kbc . 2b ) • Pseudo-carte de Karnaugh

  13. Conclusion • Multistationnarité • Phénomène biologique: la différenciation • Représentation caricaturale

  14. Pseudo-carte de Karnaugh c 0+21 1+21 221 0+1+1- 1+1+1- 21+1- 00+1- 10+1- 2-0+1- 1sc b 0+2-0+ 1+2-0+ 22-0+ 2sb 0+1-0 1+1-0 210 1sb 000 100 2-0+0 a 1sa 2sa

  15. Pseudo-carte de Karnaugh 201/110 211/210 221/221 a 200/110 210/210 220/211 2sa 101/100 111/100 121/100 100/100 110/100 120/100 c 1sa 001/000 011/000 021/000 1sc 000/000 010/000 020/000 2sb b

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