1 / 23

Réflexion NGS SBR

Réflexion NGS SBR . Mai 2012. Historique Les acteurs du marché Contexte régional Contexte financier Contexte local. Historique. PF Genomer depuis 2001 : 2001 : 1 er séquenceur 2004 : 2 nd séquenceur 2009 : 3 ème séquenceur Séquencage et génotypage capillaire

nimrod
Télécharger la présentation

Réflexion NGS SBR

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Réflexion NGS SBR Mai 2012

  2. Historique Les acteurs du marché Contexte régional Contexte financier Contexte local

  3. Historique • PF Genomer depuis 2001 : • 2001 : 1er séquenceur • 2004 : 2nd séquenceur • 2009 : 3ème séquenceur • Séquencage et génotypage capillaire • Demande d’équipement ngs « moyen débit » depuis 3 ans

  4. Les acteurs du marché

  5. Les acteurs du marché Roche GS Junior Illumina MiSeq Life ION PGM

  6. GS Junior

  7. Throughput = 35 million highquality bases per run AverageRead Length = 400bp ReadsPer Run = 70,000-100,000 Accuracy= 99% at 400bp SampleInput = gDNA, amplicons, cDNA, & BACs

  8. Illumina MiSeq

  9. Life ION PGM

  10. Mc Gill university : 1800$ + 307$ (rnaseq : 120 millions de reads en pair end) Biogenouest Nantes : env . 5000€ une puce 300Gb sur HiSeq1000 Illumina genome network :4500 EUR / 30x humangenome Fasteris : 15 millions de reads SR , 50 ou 100pb : 1150 euros 120 millions de readsPR = 4 echant/chanel) , 2x100pb : 9800 euros 180 millions de readsSR = 4 echant/chanel) , 1x100pb : 9000 euros MGX Montpellier : Digital Gene Expression (/échantillon) 754 € 1173 € Chip-Seq (/échantillon) 450 € 721 € Small-RNA (/échantillon) Seq 507 € 778 € RNA-Seq (/échantillon) 404 € 656 € ADN Génomique (/échantillon) 378 € 583 €

  11. La suite …

  12. Les technologies « SMS » pour « Single MoleculeSequencing » peuvent être regroupées selon trois catégories: • Technologies de séquençage en temps réel impliquant la synthèse du brin d’ADN complémentaire via une ADN polymérase. • Technologies de séquençage par détection des bases successives d’une molécule d’ADN au travers de nanopores. • Technologies de séquençage basées sur des techniques de microscopie. • PacBio, Helicos … Noblegen, Starlight, Cracker Bio, NABSys, Halcyon

  13. Oxford Nanopore Le MinION (dont le prix serait inférieur à 900 $) est un consommable et séquenceur (les deux à la fois) jetable qui devrait permettre de générer 1 Gb de données Le GridIONpermet quant à lui de générer, par module,  plusieurs dizaines de Gb / jour

  14. Contexte régional

  15. ?

  16. Contexte financier Budget de la demande : 150 000 € env (maintenance+ env.) Source de financements : - Idealg (Acquis) = env 50000 € dispo - Demande ANR = Metapico 50000€?? - EMBRC : crédits disponibles - Demande BioGenouest : 100000 € potentiellement dispo 2eme trim. Sinon demande 2013 : Dead line 25 mai - CG29 : Dead line 31 mai

  17. Contexte Local

More Related