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Ecología Molecular – 2014 – TP1

Ecología Molecular – 2014 – TP1. Marcadores moleculares. ¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi?. 1. 2. 3. Diseñar sus partidores propios: ¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género?. 1. 2. 1. 1. 1. 1. Busqueda de los partidores.

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Ecología Molecular – 2014 – TP1

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Presentation Transcript

  1. Ecología Molecular – 2014 – TP1 Marcadores moleculares

  2. ¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi? 1 2 3

  3. Diseñar sus partidores propios: ¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género? 1 2

  4. 1

  5. 1

  6. 1

  7. 1

  8. Busqueda de los partidores

  9. PROcessor of SEQuences (ProSeq) (c) 1999 - 2007 by Dmitry Filatov,  http://www.biology.ed.ac.uk/research/institutes/evolution/software/filatov/proseq.htm importar JREL2-TRNA-F.ab1

  10. H

  11. importar JREL2-TRNA-R.ab1

  12. A A C A C G T G T T

  13. Reverse 5' 3' A A C A C T T G T G 3' 5' Complemente 5' 3' A A C A C A A C A C 3' 5' 5' 3' A A C A C G T G T T 5' 3'

  14. Emsamblar secuencias: JREL12-TRNA-F.ab1 con JREL2-TRNA-R.ab1 1. Invertir la secuencia complementaria 2. sobreponer 3. fusionar

  15. Alineamiento de las secuencias F y R I Insertar un espacio

  16. I Insertar un espacio Eliminar base(s)

  17. Alineamiento de secuencias Importar todas las secuencias F Alinear Cortar las extremidades Verificar cada mutación

  18. Pero ustedes tienen esto… Y luego de alinear (ctrI)

  19. Y del otro lado… Cortar las extremidades Revisar las secuencias alignadas

  20. Polimorfismo

  21. Estadísticas para caracterizar la variación del ADN 1) Número de sitios polimórficos S 2) Número de alelos diferentes (haplotipos)K 3) Diversidad  H = 1 - pi2 (pi2 : frecuencia del haplotipo i) 4) Número promedio de diferencias entre 2 secuencias 

  22. Abrir jurel.nex

  23. Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π) 1

  24. 1

  25. 1 Abrir el archivo: Jurel1pop.arp

  26. 1 3 2

  27. 3 1 2

  28. Secuencias Fabiola • ¿Qué son estas secuencias? (organismo, gen) • ¿Existe sitios variables entre estos individuos? • ¿Algo que comentar…?

  29. Microsatélites o SSR (Single Sequence Repeats)

  30. Abrir el archivo: micro1pop.gtx Frecuencias alélicas e índices de diversidad

  31. 1 2 3

  32. 1

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