1 / 94

Domini PDZ

Domini PDZ. Irene Mademont-Soler; Clara Panosa-Roqueta; Clara Serra-Juhé; Eva Torner-Bosch; Irene Valenzuela-Palafoll. Índex. Introducció Llinatge 2.1 Estudi de les famílies 2.2 Estudi de la superfamília Interacció amb el lligand 3.1 Classes d’interaccions

onaona
Télécharger la présentation

Domini PDZ

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Domini PDZ Irene Mademont-Soler; Clara Panosa-Roqueta; Clara Serra-Juhé; Eva Torner-Bosch; Irene Valenzuela-Palafoll

  2. Índex • Introducció • Llinatge • 2.1 Estudi de les famílies • 2.2 Estudi de la superfamília • Interacció amb el lligand • 3.1 Classes d’interaccions • 3.2 Interacció carboxi-terminal • 3.3 Interacció -hairpin finger • 4. Interacció amb altres dominis • 5. Exemple de PSD 95

  3. 1. Introducció • Dominis de 90 aminoàcids aproximadament • Mòduls d’interacció proteïna-proteïna • Reconeixen seqüències petites d’aminoàcids (entre 3 i 5 aa) • Dominis proteics més freqüents en el genoma d’organismes eucariotes multicel·lulars. • 400 dominis PDZ diferents identificats al genoma humà.

  4. 1. Introducció 1 4 1 3 2 2 6 5 Capping • - PDZ canònic format per: • 6 cadenes  (A-F) • 2 hèlixs  (A-B) • Les 6 cadenes  formen un barril b parcialment obert • Les dues -hèlix fan capping • - Extrems amino i carboxi terminal espacialment propers

  5. 1. Introducció Domini PDZ Nitric oxide synthase Phosphatase Na/H exchanger regulatory factor Inad GRIB Erbin Synapse-associated protein Segment polarity protein Shank PSD-95 Protease Interleukin CASK/Lin-2 Syntrophin Syntenin Scribble Zasp Alpha-actinin-2 associated LIM Harmonin Rhophilin Membrane associated guanylate kinase KIAA

  6. 2. Llinatge • Introducció • Llinatge • 2.1 Estudi de les famílies • 2.2 Estudi de la superfamília • Interacció amb el lligand • 3.1 Interacció carboxi-terminal • 3.2 Interacció -hairpin finger • 4. Interacció amb altres dominis • 5. Exemple de PSD 95

  7. 2. Llinatge • Classe:tot beta • Fold:PDZ domain-like • Superfamília:PDZ domain-like • Famílies: 1) PDZ domain (25) 2) Tail specific protesase PDZ domain (2) 3) HtrA-like serine proteases (2) 4) Interleukin 16 (1)

  8. 2. Llinatge Espècies Homo sapiens Mus musculus Rattus norvegicus Xenopus laevis Drosophila melanogaster Escherichia coli Scenedesmus obliauus Thermoplasma acidophilum

  9. 2. Llinatge: família 1 • - Motiu conservat: K/R-X-X-X-G-Y-G-Y. • La segona G és conservadaen tota la superfamília. • Una Arg/Lysmolt conservada. Alineament de seqüència ALINIAMENT AMB UNA CONSERVACIÓ IMPORTANT

  10. 2. Llinatge: família 1 Alineament d’estructura

  11. 2. Llinatge: família 1 RXXXGLGF IMPORTANTS PER L’ESTRUCTURA PROPERS AL LLIGAND

  12. 2. Llinatge: família 1 HEQAAIALKN Els gaps no els trobem a les hèlix- ni a les cadenes 

  13. 2. Llinatge: família 1 Família 1  25 prot. 6 proteïnes 1BFE 1UM7 1G9O 1IU0 1GM1 1N7E RMSD: 0.73 RMSD: 0.73

  14. 2. Llinatge: família 2 1FC9 1K32 • 1fc9:Scenedesmus obliquus • 1k32: Thermoplasma acidophilum • Més d’un domini en una mateixa cadena • Modificació dels fitxers PDB (segons SCOP) • Residus del domini PDZ • 1fc9: 157-248 • 1k32: 763-853

  15. 2. Llinatge: família 2 Alineament de seqüència Alineament d’estructura 1fc9a AGSVTGVGLEITYDGGSGKDVVVLTPA--------PGGPAEK-AGARAGDVIVTVDGTAV1k32a ----GRIACDFKL---DGDHYVVAKAYAGDYSNEGEKSPIFEYGIDPTGYLIEDIDGETV1fc9a K-GLSLYDVSDLL-QGEADSQVEVVLHAPGAPSNTRTLQLTRQ-1k32a GAGS---NIYRVLSEKA-GTSARIRLSG-K-GGDKRDLMIDILD

  16. 2. Llinatge: família 2 RMSD: 1.56 RMSD: 1.56 RMSD: 1.56

  17. 2. Llinatge: família 2 RMSD: 1.56 AMINOÀCIDS HIDROFÒBICS IMPORTANTS PEL PLEGAMENT EN ESTRUCTURA TERCIÀRIA RMSD: 1.56

  18. 2. Llinatge: família 3 Més d’un domini en una mateixa cadena Realització d’un STAMP avançat 1LCY 1VCW 1LCY: H. sapiens 1VCW: E. coli

  19. 2. Llinatge: família 3 Alineament de seqüència Alineament d’estructura 1lcya -RRYIGVMMLTLSPSILAELQLREPSFPDVQHGVLIH-KVILGSPAHRAGLRPGDVILAI 1vcwa IRGYIG-IGGR---------------------GIVVNEVSP-DGPAANAGIQVNDLIISV 1lcya GEQMVQNAEDVYEAVRTQ---SQLAVQIRRGRETLTLYVTPE-VTE 1vcwa DNKPAISALETMDQVAEIRPGSVIPVV-----VQLTLQVTIQEYPA

  20. 2. Llinatge: família 3 RMSD:1,26 RMSD:1,26 1LCY: H.sapiens 1VCW: E.coli RMSD:1,26

  21. 2. Llinatge: família 3 AMINOÀCIDS HIDROFÒBICS IMPORTANTS PEL PLEGAMENT EN ESTRUCTURA TERCIÀRIA

  22. 2. Llinatge: família 4 1i16 (H.sapiens): estructura amb RMN

  23. 2. Llinatge: superfamília Alineament de seqüència Alineament d’estructura 1fc9a ----------------------------------AGSV-TGVGLEITY---DGG------ 1lcya -------------------------------------R-RYIGVMMLTLSPSILAELQLR 1bfea ------------------------DIPREPRRIVIHRGSTGLGFNIIGGE---------- 1i16 MPDLNSSTDSAASASAASDVSVESTAEATVCTVTLEKMSAGLGFSLEGGK---------- 1fc9a ---------SGKDVVVLTPAPGGPA-E---KAGARAGDVIVTVDGTAVKGL----SLYDV 1lcya EPSFP---DVQHGVLIHKVILGSPA-H---RAGLRPGDVILAIGEQM-V-Q----NAEDV 1bfea ---------DGEGIFISFILAGGPAD-L--SGELRKGDQILSVNGVDLRNASHEQAAIAL 1i16 -----GSLHGDKPLTINRI-FKG--AASEQSETVQPGDEILQLGGTAMQGLTRFEAWNII 1fc9a SDLLQGEADSQVEVVLHAPG----------APSNTRTLQLTRQ--- 1lcya YEAVRT--QSQLAVQIRR-G-----------R-ETLTLYVTPEVTE 1bfea KN--A-G--QTVTIIAQYKPEEYSRFEANSRVNSSGR-IVTN---- 1i16 KA--L-P-DGPVTIVIRRKSL----------QS-KE-TTAAGDS--

  24. 2. Llinatge: superfamília RMSD: 1,05

  25. 2. Llinatge: superfamília

  26. 3. Interacció amb el lligand • Introducció • Llinatge • 2.1 Estudi de les famílies • 2.2 Estudi de la superfamília • Interacció amb el lligand • 3.1 Classes d’interaccions • 3.2 Interacció carboxi-terminal • 3.3 Interacció -hairpin finger • 4. Interacció amb altres dominis • 5. Exemple de PSD 95

  27. 3. Interacció amb el lligand • Ampli rang d’unions PDZ-lligand dins la superfamília • però… • Un PDZ concret només s’unirà a un nombre limitat de lligands. Per què? • Especificitat conferida per les seqüències. • Diferent localització de PDZ i lligands (regulació espacial)

  28. bA bA bB bB aB aB 3. Interacció amb el lligand • Solc format entre la cadena bB i l’hèlix aB • En el solc hi troben el “carboxylate binding loop” (connecta bA i bB)

  29. 3. Interacció amb el lligand Regulació per fosforilació Fosforilació de Ser, Thr o Tyr - Prevenció de la unió - Reversió de la unió ja feta

  30. 3.1 Interaccions PDZ - lligand

  31. 3.1 Interaccions PDZ - lligand • Característiques comunes del domini PDZ en les diferents classes: • Seqüència conservada G-Y-G-Y • Butxaca hidrofòbica (interacció amb residu hidrofòbic del pèptid)

  32. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Y - X - S/T Classe I: 1be9

  33. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Y - X - S/T Motiu G- Y - G- Y His conservada Intervé en la butxaca hidrofòbica I

  34. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Glicines altament conservades Butxaca hidrofòbica I conservada en tots els PDZ Histidina conservada en la classeI RMS = 1,05

  35. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Y - X - Y Classe II:

  36. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Y - X - Y Motiu Y - G- Y Butxaca 1: Met/Leu- Ile/Phe – Leu/Ile- Leu Butxaca 2: Val/Leu- Ile/Phe

  37. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Glicina Butxaca 1 Butxaca 2 RMS = 1,12

  38. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Y - X - Y Interacció Val - Y (pèptid) Residu aB1

  39. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Y - X - Y 1MFG Butxaca hidrofòbica- Valina 1255 Valina 1351- Valina 1253

  40. 3.1 Interaccions PDZ - lligand • Interacció • Val1253- Y (pèptid)) • Desplaçament de l’esquelet peptídic • No interacció His • Interacció classeI i classeII

  41. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Y - X - D/E 1B8Q Classe III:

  42. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Motiu G- Y - G- Y Arg conservada Tyr conservada Butxaca hidrofòbica Leu – Phe/Met – Ile/Leu

  43. 3.1 Interaccions PDZ - lligand Tyr Arg Butxaca hidrofòbica RMS = 1,39

  44. 3.2. Interacció amb el lligand Interacció carboxi-terminal Interacció amb el lligand Interacció per motiu intern: b-hairpin finger Tipus cap i cua

  45. 3.2. Interacció carboxi-terminal PDZ de classe I PDZ domain-binding motif Y- X -Thr/ser 1be9

  46. 1be9 3.2. Interacció carboxi-terminal A) Interaccions: estabilització i augment d’afinitat

  47. 3.2. Interacció carboxi-terminal B) Interaccions: especificitat “Carboxylate binding loop” 1be9

  48. 1be9 3.2. Interacció carboxi-terminal B) Interaccions: especificitat

  49. 3.2. Interacció carboxi-terminal B) Interaccions: especificitat Butxaca hidrofòbica 1be9

  50. 3.2. Interacció carboxi-terminal PDZ unit a pèptid (1be9) PDZ lliure (1bfe) RMSD = 0.64

More Related