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Bioinformática

Bioinformática. Introducción. Bioinformática Definición intuitiva. Conjunto de herramientas informática s que sugieren soluciones a problemas bio lógicos. Bioinformática Definiciones oficiales NIH.

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Bioinformática

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Presentation Transcript

  1. Bioinformática Introducción

  2. BioinformáticaDefinición intuitiva Conjunto de herramientas informáticas que sugieren soluciones a problemas biológicos

  3. BioinformáticaDefiniciones oficiales NIH Bioinformatics -Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire store, organize, archive, analyze, or visualize such data. Computational Biology - The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological behavioral, and social systems.

  4. BioinformáticaPor que tan popular? Los experimentos actuales son imposibles de analizar sin la ayuda de poderosas herramientas informáticas

  5. Los experimentos actuales son imposibles de analizar sin la ayuda de poderosas herramientas informáticas

  6. OBTENCIÓN DE DATOS OBTENCIÓN DE INFORMACIÓN DATOS INFORMACIÓN

  7. ...AGGATTACCGAGGATTACCATTATCTAGTTGACGCGAG TAGCTATCGGGTTACCGTGTTGATACCGAGGATTACCG.... E. Coli: 4x106 bp = 2.6x109 D Human: 3x109 bp = 2.0x1012 D

  8. Bioinformática • Biología de sistemas • Bioinformática estructural • Análisis de perfiles de expresión en experimentos genómicos / proteómicos. • Análisis y manipulación de secuencias de DNA o proteína,... • Minería de datos

  9. Biología de sistemas • Predicción y manipulación de redes metabólicas • Construcción de la célula virtual • Definición dinámica del metaboloma • Localización de puntos de control.

  10. Bioinformática estructural • Explotación de la información estructural • Caracterización del reconocimiento estructural • Asignación de función • Predicción alta/baja resolución de estructura de macromoléculas • Modelización microscópica de la acción de las macromoléculas

  11. Análisis perfiles expresión • Diseño de chips y arrays de DNA / Proteínas. • Seguimiento de los chips • Procesado de los experimentos • Eliminación de ruido • Clusterización de los datos • Formulación de hipótesis • Diseño de experimentos complementarios

  12. Análisis de secuencias • Determinación de genes y lugares de Splicing • Anotación del genoma • Búsqueda de relaciones evolutivas • Asignación de elementos funcionales.

  13. Minería de datos • Eliminar el ruido en procesado de experimentos • Busqueda automática de bibliografía • Reconstrucción de redes metabólicas.

  14. BioinformáticaObjetivos Familiarizarse con las herramientas básicas de la bioinformática

  15. Bioinformática (1) • Bases de datos de interés en Bioinformática • Servidores de referencia • Manipulación básica de secuencias • Búsqueda de homólogos • Obtención de información elemental macroscópica derivada de secuencia • Determinación de motivos de secuencia especiales.

  16. Bioinformática (2) • Determinación de parámetros estructurales • Predicciones de elementos de estructura secundaria. • Diseño por homología • Threading • Otras aproximaciones

  17. Bioinformática (3)Joaquin Dopazo CNIO • Análisis de chips de DNA • Construcción de chips • Análisis de perfiles de expresión

  18. Bioinformática (4)Roderic Guigo (UPF) • Análisis génico • Localización de genes • Determinación de sitios de splicing alternativo

  19. Bioinformática (5)Alfonso Valencia (CNB) • Minería de datos

  20. IDENTIFICACIÓN GENES ATTW...PGL CC...TWP AGG....FVG PREDICCIÓN ESTRUCTURA Y FUNCIÓN Procesado de la información ...CTTAGC........CAGGC.......CCTTAACG..........

  21. Flujo de información Sec. Proteína Secuencia Genómica cDNA... Nueva Secuencia ¿Sabemos qué es? ¿Se parece a otras? ¿Podemos “Copiar” estructura? Función? Propiedades?

  22. Búsqueda homólogos Bases de datos Información básica Modelización estructural Esquema Sesiones 1-2

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