LE B. A. BA de la bactériologie : On ne trouve que ce que l’on cherche…..

1. LE B. A. BA de la bactériologie:On ne trouve que ce que l’on cherche….. Dr O. BELLON Centre hospitalier du pays d’Aix

2. Pourquoi prélever? • Prélèvements diagnostiques : • fait ou confirme le diagnostic • Précise le ou les microorganismes • Permet de faire l’antibiogramme ou de connaître la sensibilité du germe • Prélèvements épidémiologiques • Prédictifs • Suivi • Relations avec le laboratoire +++

3. Pourquoi prélever? • Uniquement les micro-organismes intéressants • Patient • Environnement • Donc bon protocole de prélèvement • Elimination des MO contaminants • Elimination des MO colonisants • Donc bonne prescription bien relayée…..

4. Pourquoi prélever? • Relation avec les laboratoires +++

5. Exemple • Monsieur DUPONT atteint d’une spondylodiscite • Prélèvement bactériologique par ponction vertébrale • Mis sous vancomycine (staphylocoque le plus probable) • Cultures stériles en 15 jours……….

6. Secondairement nouveaux prélèvement pour culture pour recherche de BK……

7. Equilibre agression-défense Inoculum Voies aériennes stériles Défense Voies aériennes colonisées Inoculum Défense Défense Pneumonie Inoculum

8. Rôle du bactériologiste • Isoler les germes • tester la sensibilité et dépister les résistances (interprétation) • aide à la mise en place d ’un traitement efficace • suivi épidémiologique • Fonction d ’alerte • Avec ou sans germe isolé

9. Informatisation : intérêt • Tableaux synthétiques sur les isolements d’un service • Tendance évolutive de l’écologie • Résistance aux antibiotiques • Identification de phénomènes épidémiques Collaboration étroite entre équipe opérationnelle d’hygiène, le laboratoire de microbiologie et les services cliniques et outils informatiques performants

10. Prélèvements • le biologiste s ’occupe : • des prélèvements issus de malades • diagnostic de l ’infection • identification des BMR en routine • des prélèvements à visée épidémiologique issus de malades ou de patients • utilisation de milieux standards ou sélectifs • des prélèvements d ’environnement • milieux et techniques spécifiques

11. Prélèvements : qualité • Patients ET environnement • Qualité • Prescription • Prélèvement • Transport • Milieux ensemencés et atmosphères utilisées • Germes étudiés • Rendu des résultats • Utilisation des résultats

12. Stratégie • Quand prélever ? • comment prélever ? • comment analyser ? • que faire du résultat ? • Se référer au REMIC : référentiel de microbiologie de la Société Française de Microbiologie.

13. Le patient

14. Hémocultures

15. Quand prélever • Contexte • Le sang est normalement stérile. • La bactériémie correspond à la présence de bactéries dans le sang. • Elle est confirmée par l’isolement d’un ou plusieurs germes pathogènes dans les hémocultures. • L’entité clinique dénommée précédemment « septicémie » n’est plus utilisée à l’heure actuelle car elle associait deux entités différentes : d’une part un état bactériémique prolongé, d’autre part un état infectieuxqui, suivant les cas, pouvait aller du sepsis simple au choc septique.

16. Prélèvement • Pour tous les établissements de santé, le protocole de prélèvement des hémocultures doit être validé par le CLIN.  • Un prélèvement d’hémoculture correspond à l’ensemencement de 1, 2 voire 3 flacons prélevés au cours d’une même ponction, selon que l’on recherche des bactéries aérobies, anaérobies voire des levures ou des champignons.

17. Mode de prélèvement • Il est impératif de limiter la contamination • microbienne du prélèvement de sang • du préleveur au sang (VHC, VIH). • Les principales étapes sont les suivantes : • désinfection de l’opercule des flacons • désinfection du point de ponction • avec un produit adapté ; • lavage ou désinfection des mains du préleveur ; • port de gants ; • ne plus palper la veine après cette étape ; • prélever le sang • identifier correctement l’ensemble des flacons.

18. Mode de prélèvement • La ponction veineuse est la seule méthode valable pour prélever le sang en vue de sa mise en culture. • Les autres sites de prélèvement, notamment les recueils de sang à travers un cathéter, augmentent de façon significative la fréquence des contaminants.

19. Quantité de sang prélevé • La quantité de sang à prélever doit être suffisante. • En effet, la densité des bactéries présentes dans le sang est généralement très faible chez l'adulte, de l’ordre de 1 UFC/ml au cours des épisodes bactériémiques. • Il existe une relation directe entre le volume de sang inoculé dans les flacons d'hémoculture et le rendement de la technique. • Un volume de 20 ml de sang prélevé augmente le pourcentage de positivité. 

20. Prélèvement

21. prélèvement

22. Cultures • Intérêt du prélèvement en flacon anaérobie • permet la culture des bactéries anaérobies strictes (agents étiologiques importants après chirurgie digestive et gynécologique) • les streptocoques poussent mieux en atmosphères anaérobies • augmente la sensibilité du prélèvement (par l'augmentation du volume de sang prélevé) • Composition du milieu de culture • nutriments • Anticoagulants • agents neutralisant les antibiotiques (résines) • Existence de milieux spéciaux pour la recherche de mycobactéries, de champignons.

23. Cultures • Durée de la culture • 5 jours dans la majorité des cas • 10 jours pour la culture de levures • 28 jours pour la recherche des bactéries du groupe HACEK responsable d'endocardite (Haemophilus aphrophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitansCardiobacterium hominis, Eikeinella corodens, Kingella kingae) • 42 jours pour la recherche de Brucella, Legionella.

24. Méthodes de culture • Systèmes manuels • en flacons liquides ou bi-phasiques. - Incubation 7 jours à 35°C. - Mirage (observation) tous les jours (recherche de trouble, d'hémolyse, de surpression, de coagulation…). • Systèmes automatiques • Détection facilitée, • Incubation 5 jours à 35°C. • Détection automatique de la pousse bactérienne • variation de fluorescence ou du pH du milieu de culture, qui fait suite à la production de CO2 par les bactéries. • Détection par infra-rouge possible.

25. Traitements des hémocultures positives au laboratoire • Examen direct • coloration de Gram / dans l'heure qui suit la détection par l'automate : • TELEPHONE AU MEDECIN • Orientation diagnostic : bacilles ou coccis, Gram +/- • Identification de l'espèce et antibiogramme • disponibles le lendemain.

26. Au laboratoire

27. Interprétation • Plusieurs hémocultures positives avec la même bactérie : • la bactérie identifiée était dans le sang du patient. • Une seule hémoculture positive avec un germe pathogène strict : • la bactérie identifiée est très probablement dans le sang du patient (dans plus de 90 % des cas) • Une hémoculture positive avec une bactérie de la flore cutanée : • probablement un contaminant dans plus 80 % des cas).

28. Interprétation • Hémocultures négative malgré contexte d’infection : • Prélèvement insuffisant ? • Traitement antibiotique ? • Bactérie ne poussant pas dans le milieu? • Legionella, • Mycoplasmes, • Leptospira, • Bartonella, • mycobactéries.

29. Le prélèvement • Comment ? • Stérilité absolue • Ponction veineuse (éviter les cathéters, si possible) • Quelle quantité ? • Adulte : 10 à 20 ml (bactériémie maximale : 1 bactérie/ml) • Enfant : 1 à 2 ml (densité plus importante) • Quand ? • Pendant ascension thermique ou pic fébrile. • Avant traitement antibiotique si possible (ou pendant vallée). • Combien ? • 2 à 3 par séries/ jour . • 30 à 60 minutes minimum entre chaque. • Flacons aérobie et anaérobie la première fois • Possibilité de prélever les 6 flacons en même temps si le nombre de contamination dans la structure est important.

30. Résultats • 1745 flacons étaient positifs • 1497 : positifs vrais • 248 : contaminés • Un germe pathogène ou susceptible de l’être à été retrouvé dans seulement 7.6% des flacons prélevés(6.4% en 2005). Dr O. BELLON CLIN CHPA 06/2008

31. Poids des hémocultures • Flacons aérobie : • Sur 63 flacons pesés : • 21 corrects (33%) • 5 au moins 10 ml • 16 ente 5 et 10 ml • 42 incorrects • 22 moins de 2 ml……….dont 68% moins de 1ml • Flacons anaérobie : • Sur 64 flacons pesés : • 16 corrects (25%) • 3 au moins 10 ml • 13 ente 5 et 10 ml • 48 incorrects • 25 moins de 2 ml……….dont 50% moins de 1ml

32. Cathéters

33. Quand prélever • Cathéter • seulement en cas de suspicion d ’infection • pas de prélèvement systématique ++++

34. Bonnes pratiques de prélèvement • Cathéter • désinfection préalable • retirer le cathéter de façon aseptique • couper les 5 derniers cm STERILEMENT • mettre dans un pot STERILE • 1 cathéter par pot ++++ • que le bout de cathéter • pas le buterfly…….. • pas le sparadrap…...

35. cathéters • Multiplicité des « cathéters » • Intra-vasculaires ou non • Hétérogénéité des prélèvements malgré un même protocole

36. Bonnes pratiques de prélèvement • Cathéter • apport rapide dans le laboratoire • moins de 2 heures • dessiccation facile • multiplication dans le sang • coagulation dans le cathéter • noter tous les éléments nécessaires au biologiste +++++

37. Analyses au laboratoire • Cathéter • plusieurs techniques possibles • problème de sensibilité et de spécificité • que cherche-t-on ? • les germes externes • les germes internes • les deux • cathéter en place ou enlevé

38. Analyses au laboratoire • Cathéter : • matériel en place • hémocultures différentielles • surtout pour les cathéters profonds et les chambres implantables • hémocultures simultanées (ou <2 heures) • périphériques • sur matériel • rapidité de la culture ou numération • prévenir le biologiste ++++

39. Analyses au laboratoire • Cathéter : • matériel enlevé • culture avec NUMERATION • techniques de • MAKI • CLERI • BRUN-BUISSON

40. Interprétations : cathéters • 4 situations classiques doivent être distinguées • contamination du cathéter • colonisation du cathéter • infection clinique sur cathéter • infection bactériémique sur cathéter

41. Interprétations : cathéters • situations classiques définies à partir : • bactériologie • prélèvement • cathéter • hémocultures différentielles • NUMERATION +++++ • clinique • signes locaux • signes généraux • autres sites infectés

42. Interprétations : cathéters • contamination du cathéter • culture positive • mais à un TAUX NON SIGNIFICATIF • intérêt de la numération +++ • ABSENCE DE SIGNES CLINIQUES • locaux • ou généraux

43. Interprétations : cathéters • colonisation du cathéter • culture positive • taux significatif • >15 ou >1000 selon la technique ++++ • intérêt de noter la technique sur le compte rendu • clinique • Absence de signes cliniques GENERAUX • signes locaux possibles mais limités à un érythème

44. Interprétations : cathéters • infection clinique sur cathéter • culture positive • taux significatif • PRESENCE de SIGNES CLINIQUES • locaux ou généraux • diminution ou disparition des signes à l ’ablation du cathéter

45. Interprétations : cathéters • infection bactériémique sur cathéter • cultures positives • à un taux significatif pour le cathéter • d ’une hémoculture • même germe • pas d ’autre foyer infectieux à ce même germe

46. Interprétations : cathéters • Les situations ne peuvent jamais être définies en l ’absence de l ’examen clinique : • liaison clinico-biologique • ou biologico-clinique • OBLIGATOIRE

47. Urines

48. L’infection du tractus urinaire (ITU) • est une des infections les plus fréquentes • Cela explique que l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) soit une des analyses microbiologiques les plus demandées. • Son apparente simplicité d’exécution ne doit pas faire oublier qu’il convient de respecter en toute circonstance une méthodologie rigoureuse.

49. Nourrisson • Chez le petit enfant, on doit utiliser un collecteur stérile spécifique. • Ce dispositif à usage unique adapté à l'anatomie se pose après désinfection soigneuse du périnée et ne peut être laissé en place plus de 20 à30 minutes. • Passé ce délai, si l'enfant n'a pas uriné, le dispositif est éliminé et remplacé par un collecteurneuf. • Dès la miction terminée, le collecteur est ôté et les urines sont transvasées soigneusement dans un flacon stérile puis acheminées rapidement vers le laboratoire.

50. Urétérostomie (sans sonde) • Après nettoyage soigneux de la stomie, on met en place un collecteur stérile et l'on procède comme pour le nourrisson.