Professionele Bachelor Biomedische Laboratoriumtechnologie FBT Student: Filip Slabbinck 2007-2008

1. HOWEST departement Simon Stevin Website: http://bltstages.howest.be Professionele Bachelor Biomedische Laboratoriumtechnologie FBT Student: Filip Slabbinck 2007-2008 Genotypering van frequente BRCA1/2 SNPs met behulp van High Resolution Melting Curve Analysis en ongelabelde probes Mieke Demeyere1 Hogeschool West-Vlaanderen, departement Simon Stevin Kathleen Claes2 Centrum voor Medische Genetica Gent (CMGG) Doel In het kader van erfelijk en familiaal borstkankeronderzoek wordt in het CMGG mutatiedetectie van de BRCA1/2 genen uitgevoerd met behulp van High Resolution Melting Curve Analysis (HRMCA). Door het polymorf karakter van deze genen dient er nog steeds een groot aantal variaties gesequeneerd te worden. Het doel van deze thesis, is de optimalisatie van het genotyperen van deze SNP’s met behulp van ongelabelde probes. Resultaat BRCA1 11.8 (2201 C>T) Legende: CC (homozygoot wild type) CT (heterozygoot) TT (homozygoot mutant) BRCA1 11.8 (2201 C>T – 2196 G>A) Legende: GA (heterozygoot) GG (homozygoot wild type) CT (heterozygoot) CC (homozygoot wild type) TT (homozygoot mutant) Experimenteel Besluit Genotypering met behulp van HRMCA en ongelabelde probes is een geschikte techniek om op een snelle en goedkope manier gekende SNP’s te genotyperen. Elk mogelijk genotype (homozygoot wild type, heterozygoot en homozygoot mutant) kan eenvoudig van elkaar onderscheiden worden. In combinatie met algemene mutatiedetectie (met behulp van HRMCA) kan het sequeneren nog verder gereduceerd worden. De probes worden zo ontworpen zodat de SNP ongeveer in het midden van de probesequentie gelegen is. Deze probesequentie kan zowel in sense of antisense richting liggen. Met de probe en de primers van het specifieke fragment (exon) wordt een asymmetrische PCR uitgevoerd. Daarbij wordt 1 primer in overmaat gebruikt. Na PCR worden de stalen geanalyseerd met behulp van de LightScanner (Idaho Technology Inc). De analyse gebeurt met het bijhorende softwareprogramma Call-IT™. Hogeschool West-Vlaanderen departement Simon StevinRijselstraat 5 – 8200 Sint-Michiels Brugge T 050 38 12 77 F 050 38 11 71http://bltstages.howest.be / www.howest.be