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書報研讀

書報研讀. Diversity and genetic differentiation among populations of Indian and Kenyan tea ( Camellia sinensis (L.) O. Kuntze ) revealed by AFLP markers 利用 AFLP 分子標記分析印度與 肯亞茶樹族群的歧異度與遺傳分化. 作者： S. Paul , F. N. Wachira , W. Powell , R. Waugh 出處： Theor Appl Genet (1997)

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Presentation Transcript

  1. 書報研讀 Diversity and genetic differentiation among populations of Indian and Kenyan tea ( Camellia sinensis (L.) O. Kuntze ) revealed by AFLP markers 利用 AFLP 分子標記分析印度與 肯亞茶樹族群的歧異度與遺傳分化

  2. 作者：S. Paul , F. N. Wachira , W. Powell , R. Waugh 出處：Theor Appl Genet (1997) 94: 255~263 指導老師：王裕文 老師 報告學生：蔡依真

  3. 緬甸、中國高棉、日本 印度 其他國家 茶樹遺傳種源的收集 印度

  4. 產生的疑問 重要茶樹栽培地區 印度 肯亞 那目前肯亞的茶樹族群也是從印度培育的茶樹源起的嗎？

  5. RAPD 分析肯亞茶樹族群 AFLP分析印度與肯亞茶樹族群 作者基本想法 1995年 1996年

  6. 中國型 阿薩姆型 高棉型 小葉灌木 大葉高大樹木 介於中國與阿薩姆型間 茶樹分類

  7. 高棉 中國 非洲 印度 肯亞

  8. 將茶樹族群正確分類是很困難的 分類後的群體可能也無法反映出真實的遺傳相似度 分類產生的問題 以型態、農藝性狀為分類標準

  9. 常用的有RFLP、RAPD、AFLP等等分子標記分析 利用分子標記解決 利用生化及分子上的技術來分析這些遺傳上的歧異

  10. 利用AFLP分子標記 除了利用AFLP來研究茶樹族群間與族群內的遺傳變異外。我們再次利用AFLP分子標記 來確認茶樹族群的分類

  11. RAPD AFLP 大量高純度 DNA ＆ 放射性 實驗條件敏感，重現性低 可靠穩定 重現性高 多型性數高 為什麼採用AFLP分析 RFLP

  12. RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism 探針尋找

  13. RAPD Random Amplified Polymorphic DNA

  14. AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism

  15. 實驗驗證AFLP 1997年數個歐洲分生實驗室 參與比較的分子標幟包括RAPD、AFLP與SSR AFLP的重現性最高 AFLP 每次分析可偵測到的基因座數目也較多

  16. 植物材料 1. Dhoedham 阿薩姆型2. T-253 中國型3. TV9 阿薩姆型4. Sundaram 阿薩姆型5. P-312 中國型6. Samsingh 中國型7. Kangra Asha (KVK-1) 中國型8. Kangra Jwala (KVK-3)阿薩姆9. M-6中國型10. M-18中國型11. M-51中國型12. M-93中國型13. C-33中國型14. C-37中國型15. C-124中國型 由印度茶葉試驗所收集而來

  17. 植物材料 16. 382/1 阿薩姆 17. D99/10阿薩姆18. 301/2 高棉型19. 301/3 高棉型20. 6/8 阿薩姆21. 7/9 中國型22. 56/89 中國型23. 4/28 中國型24. 14/1 中國型25. K/Purple中國型26. SFS 150阿薩姆27. 430/43 阿薩姆28. BB7阿薩姆29. BB21阿薩姆30. BB35阿薩姆31. TN 14/3中國型32. 471/15 阿薩姆 由肯亞茶葉研究機構收集來

  18. 用EcoRI、MseI 兩種限制脢切割DNA 兩端各黏接EcoRI、MseI轉接子 利用與轉接子互補的引子進行前增殖 實驗步驟 萃取參試茶樹葉片之DNA

  19. 與EcoRI轉接子端相容的引子末端標定 用EcoRI＋3、MseI＋3引子進行選擇性PCR增殖 膠體電泳 以 X 光底片曝光 實驗步驟

  20. 遺傳歧異度 Shannon基因型歧異度指數 Ho = –Σπi1nπi 阿薩姆與中國型都顯出族群內含高度遺傳變異

  21. 遺傳歧異度 兩個族群都顯示出有高度的族群內變異

  22. 遺傳歧異度 Hpop = 1/nΣHo 此為n個族群間的平均歧異度 Hsp = –Σπ1nπ 此為考慮全部族群基因型頻度的歧異度 族群內歧異度估值為Hpop / Hsp 族群間歧異度估值為(Hsp- Hpop) / Hsp

  23. 遺傳歧異度 比較印度與肯亞茶樹族群

  24. 遺傳歧異度 分為中國、阿薩姆和高棉型族群

  25. 遺傳歧異度

  26. 遺傳歧異度結論 單獨看各個族群： 比較族群間的歧異度： 利用歧異度可以選擇出較正確的分群方法 計算出的肯亞茶樹族群內的歧異度與對印度族群做的觀察非常相似

  27. 利用相似度表示 印度族群內比較：0.41～0.85 肯亞族群內比較：0.35～0.96 印度與肯亞茶樹比較：0.35～0.87

  28. 親緣樹狀圖分群 阿薩姆型 中國型 高棉型

  29. K. Jwala M-51 M-6 M-18 M-93 C-37 C-33 K. Asha C-124 主成分多變量分析

  30. 阿薩姆型 中國型 Kangra Valley 地區 Kangra Jwala Kangra Asha

  31. 肯亞茶樹起源於印度 結論 在主成分多變量分析座標圖中 從肯亞和印度來的阿薩姆品系 以及中國品系都很靠近在一起

  32. 中國型在座標圖中的顯示出較分散 廣泛的遺傳變異 相同地理區域收集的材料 低的遺傳變異 結論

  33. 總結 AFLP分子標記 快速、重現性高、偵測得基因座數目多 遺傳歧異度的分析 品種鑑定

  34. 謝謝大家

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