1 / 58

Wykład V

Wykład V. Siły jądrowe-silne i słabe. Siły grawitacyjne. Siły elektrostatyczne. kowalencyjne. jonowe. ładunek-dipol. Indukcja: ładunek-cz.niepolarna. dipol-dipol. Indukcja: dipol-cz.niepolarna. dyspersja: cz.niepolarna-cz.niepolarna. wiązanie wodorowe.

tad
Télécharger la présentation

Wykład V

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Wykład V

  2. Siły jądrowe-silne i słabe Siły grawitacyjne Siły elektrostatyczne

  3. kowalencyjne jonowe ładunek-dipol Indukcja: ładunek-cz.niepolarna dipol-dipol Indukcja: dipol-cz.niepolarna dyspersja: cz.niepolarna-cz.niepolarna wiązanie wodorowe

  4. Rachunek zaburzeń w zastosowaniu do oddzialywań

  5. Poprawki do 3 rzędu:

  6. poprawki wymienne - odpychanie

  7. H’ = V, rozwinięcie multipolowe:

  8. dipol-dipol

  9. polar-nonpolar

  10. Dwie polarne molekuły:

  11. Całkowita energia oddziaływania

  12. Mechanika Molekularna Bez elektronów - bez orbitali, gęstości elektronowej etc. - klasycznie Wiązania są reprezentowane jak mechaniczne sprężyny)

  13. Molecular Mechanics - dostarcza geometrii równowagowych, różnicy energii konformacji Molecular Dynamics (ewolucja struktury molekularnej w czasie) dostarcza informacja jak zmieni się energia I sruktura po jakimś czasie Na przykład: jak się zwija białko? W MM całkowita energia Etot molekuły jest funkcją rozciągania wiązań, zginania kątów, zniekształceń torsyjnych (zmiany kątów dwóściennych), i oddziaływań niewiążących

  14. Molecular Mechanics poszukuje energii jako minimum funkcji: Oddziaływania niewiążące: 1. Odpychanie steryczne; 2. Wiązanie wodorowe 3. Oddziaływanie Van der Waalsa Niech rij oznacza odległość między atomami i oraz j Enon-bond (rij) = EvdW(rij) + Eelst(rij) charges on non- bonding atoms van der Waals constants

  15. Potencjał van der Waalsa 1/r12 część odpychająca Suma przyciągających I odpychających wkładów przechodzi przez minimum -1/r6 część przyciągająca C6 i C12 mogą być dopaswoane (dla każdej pary atomów)

  16. Zbiór odpasownych parametrów (stałych siłowych, stłe zginania, stałe torsyjne, ładunki na atomac, stałe van der Waals) nazywane są polem siłowym. Pole siłowe jest zoptymalizownae na przepadku testowym - szerokim wyborze zawierającym atomy ważne z chemicznego punktu widzenia) Zakladamy że te arametry są transferowalne, to znaczy, paramery np. dla wiązania C-C w zbiorze testowym będa takie same dla innych molekuł. Przyklady pól: MMFF SYBYL MMFFaq

  17. Efekt rozpuszczalnika Chemia w fazie gazowej jest różna od tej w rozpuszczalniku Przyklad: Fotodysocjacja I2 Produkty odlatują in the gas phase Produkty odbijają się od rozpuszczalnika - wyższy procent rekombinacji in a solvent

  18. 1. Efekty rozpuszczalnika - jak często sie spotykają molekuły 2. Własności molekuł się zmieniają Moment dipolowy H2O faza gazowa: 1.86 D woda ciekła: 2.6 D • 3. Co się dzieje jeśli molekuła rozpuszczana jest ulokowana • w rozpuszczalniku • Solwent tworzy wnękę (entropia!) aby przyjąć solute • Rozpuszczalnik polarny polaryzuje solute • oddziaływania solute-solwent

  19. Co się dzieje w rozpuszczalniku wodnym? woda Substancja-solute polarny Step 1: molekuły H2O rozkładają sie przypadkowo Step 2: molekuły H2O organizują się wokół końćow dipola Solwent polaryzuje mocniej dipol solute

  20. Step 3: Polarny solute może zdysocjować w wodzie na dwa jony. Zauważ, że mlekuły H2O są zorganizowane inaczej wokół kationu i inaczej wokół anionu

  21. 4. Inne własności solute będą zmodyfikowane przez polarny solwent • Elektryczne własności • geometria • Struktura elektronowa (położenie HOMO i LUMO) • reaktywność (kwasowość, zasadowość, dysocjacja na jony, wzmocnienie nukleofilowści/elektrofilowości, etc… 5. Solute-solwent interactions Solwent - najważniejszy to woda Solute - rozważymy 2 przypadki: nie-polarny lub polarny Case 1: Co dziej się z niepolarnym solute w polarnym solwencie takim jak woda? Efekt hydrofobowy Rozważmy dwa metany “rozpuszczone” w wodzie

More Related