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Bioinformatics WP sp -HPP

Bioinformatics WP sp -HPP. November 5th and 6th, 2013 Alberto Pascual-Montano. 16. Chromosome 16 general aims. 16. Bioinformatic analysis of Chromosome 16 . Cell type (s) selection . Trascriptomic and Proteomic detailed analysis .

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Presentation Transcript

  1. Bioinformatics WPsp-HPP November 5th and 6th, 2013 Alberto Pascual-Montano

  2. 16 Chromosome 16 general aims 16 Bioinformaticanalysis of Chromosome16. Celltype(s) selection. Trascriptomic and Proteomicdetailedanalysis. Expression,purification and characterization of proteinsencodedbychromosome 16 thathavenotbeendescribed so far. Development of MRMmethodsforthequantification of themostabundantproteinspeciesencodedbyeach of thechromosome 16 genes. Identification, characterization and quantification of proteinvariantsfromchromosome 16 genes. Definition of SOPs Development of bioinformaticenvironment. Biobanking. Configuration of theB-D pilar fortheSpanish HPP consortium.

  3. AIMS • Chromosome 16 annotation. • Selection of 3 celllinesbasedonpublishedtranscriptomicprofilesformaximumchromosome 16 coverage • Transcriptomicanalysis of theselectedcelllines. • Shotgunproteomicanalysis of theselectedcelllines. • Development of SRM methodsfor 200 proteins/year. • Expression of missingproteins and development of SRM methods. 32 researchunitsorganized in 5 WG: WG1. Proteinexpression and purification. Peptides. Transcriptomics. WG2. Development of quantitative S/MRM assays. WG3. Shotgunproteomics. Molecular profiles and PTMs. WG4. Bioinformatics WG5. Biology and disease. Neurodegenerative, cardiovascular, infectious, cancer, obesity, Rheumaticdisorders.

  4. Plataforma de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos

  5. WG 4.-Bioinformatics Team Chair: Alberto Pascual Co-chair: Alberto Medina RU4a JP. Albar CNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid RU4b FJ. Corrales CIMA-UN ProteoRed-ISCIII, Pamplona RU4c J. Abian IIBB-CSIC ProteoRed-ISCIII, Barcelona RU4d C. Gil PCM-UCM ProteoRed-ISCIII, Madrid RU4e JM. Arizmendi UPV/EHU ProteoRed-ISCIII, Bilbao RU4g A. Pascual CNB-CSIC, Madrid ScientificResearchers: M-Bartolomé S. Medina A. ScientificResearchers: Guruceaga E. Segura V. ScientificResearchers: Gallardo O. ScientificResearchers: Vialás V. ScientificResearchers: Fullaondo A. Prieto G. ScientificResearchers: Nogales R. Tabas D. Martínez D. Cruceiro J.

  6. WG 4.-Bioinformatics Team Chair: Alberto Pascual Co-chair: Alberto Medina RU4a JP. Albar CNB-CSIC, ProteoRed-ISCIII, Madrid RU4b FJ. Corrales CIMA-UN ProteoRed-ISCIII, Pamplona RU4c J. Abian IIBB-CSIC ProteoRed-ISCIII, Barcelona RU4d C. Gil PCM-UCM ProteoRed-ISCIII, Madrid RU4e JM. Arizmendi UPV/EHU ProteoRed-ISCIII, Bilbao RU4g A. Pascual CNB-CSIC, Madrid RU2h E. Sabidó CRG/UPF Barcelona RU2i J. Vázquez CNIC ScientificResearchers: M-Bartolomé S. Medina A. ScientificResearchers: Braga M. Guruceaga E. Segura V. ScientificResearchers: Gallardo O. ScientificResearchers: Vialás V. ScientificResearchers: Fullaondo A. Prieto G. ScientificResearchers: Cruceiro J. Martínez D. Nogales R. Tabas D. ScientificResearchers: Mancuso F. ScientificResearchers: ? SpHPP Meeting, La Cristalera, Nov 2013

  7. Objetivos hasta Dic. 2013 • Unificar y estandarizar el flujo de análisis Shotgun. • Incorporar la reunión de datos. ProteinGrouping. • Proteogenomics: integración gene expression (microarrays, RNA-seq) y Shotgun • Implementar sistema de información MRM. • Página Web.

  8. Grado de consecución de los objetivos Dic. 2013 • Se ha definido un pipeline de análisis de datos shotgun basado en MASCOT, agrupamiento de proteínas (proteingrouping) y de publicación de resultados. PMWTK & MiapeExtractor. Aunque se ha probado Sequest no se ha conseguido integrar plenamente. • Se ha implementado un sistema apoyado en BD para la inserción y validación de datos MRM. No permite una consulta exhaustiva de los datos. • Se ha implementado flujos para integración microarraysy RNA-seq y Shutgun • Se ha implementado flujos para búquedas de proteínas en BDs de RNA-seq • Página Web, FTP y DropBox.

  9. Nueva estructura del WP4 (Bioinformática)

  10. Shotgun MS/MSQue tenemos y que no tenemos • Envío desde el cliente y almacenamiento MS/MS. • Plataforma “casi-automática” para analizar experimentos Shotgun. (basado en MASCOT) • Generación de metafile para envío de datos a PX • Envío desatendido de datos a BD • Análisis local y abierto de datos MS/MS • Actualización automática e incremental de datos MS/MS • Envío totalmente automático a PX.

  11. MRMQue tenemos y que no tenemos • Almacenamiento mínimo de experimentos MRM. • Consultas básicas de detección MRM. • Validación cruzada experimentos MRM. • Envío masivo de datos MRM. • Conexión con datos MS/MS. • Consultas complejas MRM. • Exportación de datos en formato estandar y envío a PX (Passel).

  12. PTMQue tenemos y que no tenemos • Caracterización de las PTM Chr 16

  13. ProteogenomicsQue tenemos y que no tenemos • Anotación de las missingproteins empleando neXtProt (versión Ensembl v73) • Cuantificación y anotación de los 16 tejidos del HBM (sólo muestras SE) • Integración de datos HBM y shotgun (Jurkat, MCF7, CCD18, Ramos) chr16 • Búsqueda de missingproteins en datos RNA-seq HBM chr16 • Análisis de todos los datos del HBM • Extensión del estudio a todos los cromosomas • Generación de bases de datos para búsquedas de proteínas en base al HBM • Incluir datos públicos de shotgun

  14. SystemBiologyQue tenemos y que no tenemos • Algoritmo de cuantificación de expresión génica mediante RNA-seq • Análisis de 3 líneas celulares de ENCODE • Análisis de todas líneas celulares de ENCODE • Análisis de todos los cromosomas • Dashboard para compartir resultados • Análisis funcional y de regulación • Pathways y conexión con B/D

  15. InfrastuctureQue tenemos y que no tenemos • Web: http://hpp-sp.com/ • Dropbox • FTP • Recursos computacionales propios

  16. Ourmaindeliverable: create a proteo-genomicsdashboardforspHPP and HPP: RNA-seq Microarrays Shutgunproteomics NAPPA MRM Others? Celllines and Tissues

  17. Consideraciones generales I: • Se crea un comité de decisión para acciones bioinformáticas que estará compuesto por Victor Segura, Alberto Medina y Alberto Pascual-Montano. Este comité consultará cualquier decisión que afecte los flujos y análisis bionformáticos del consorcio. • Se creará un documento descriptivo de los análisis bioinformáticos que estén haciendo cada uno de los miembros del consorcio. Este documento será compartido y es responsabilidad de cada grupo su actualización. • Este comité deberá ser informado siempre por parte del resto de IPs del consorcio de cualquier cambio en criterios por parte de HUPO, o de cualquier decisión importante que afecte el desarrollo bioinformático del proyecto

  18. Consideraciones generales II:

  19. Gracias!

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