1 / 12

Bakteerien taksonomia

Bakteerien taksonomia. Taksonominen hierarkia Domeenit – Fyylat – Luokat – Alaluokat – Lahkot – Heimot – Suvut – Lajit – Alalajit Yli 5000 lajia identifioitu Arvio: ehkä vain 0,01…1% olemassa olevista bakteereista tunnetaan Noin 16 000 bakteerikannan 16SrDNA sekvenssit on taltioitu

adanne
Télécharger la présentation

Bakteerien taksonomia

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Bakteerien taksonomia • Taksonominen hierarkia • Domeenit – Fyylat – Luokat – Alaluokat – Lahkot – Heimot – Suvut – Lajit – Alalajit • Yli 5000 lajia identifioitu • Arvio: ehkä vain 0,01…1% olemassa olevista bakteereista tunnetaan • Noin 16 000 bakteerikannan 16SrDNA sekvenssit on taltioitu • Jos 16SrDNA sekvenssien samanlaisuus < 97% , kuuluvat vertailtavat bakteerit eri sukuihin • Käsikirja bakteerien ominaisuuksista ja taksonomiasta • Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology Etunimi Sukunimi

  2. Classification order KingdomPhylumClass OrderFamilyGenusSpecies Etunimi Sukunimi

  3. Bakteeriluokat, 1 • Aquificae • G-, itiöttömiä, termofiilejä, aerobeja tai anaerobeja esim. Aquifex aeolicus (genomi) • Thermotogae • G-, itiöttömiä, anaerobeja esim. Thermotoga maritima (genomi) • Thermodesulfobacteria • G-, termofiilejä, aerobeja tai anaerobeja • Deinococci • yleensä G+, aerobeja esim. Deinococcus radiodurans (genomi) ja Thermus spp. • Chrysiogenetes • vain 1 laji • Chloroflexi • G-, aerobeja tai anaerobeja, fototrofeja • Thermomicrobia • 1 suku (Thermomicrobium) Etunimi Sukunimi

  4. Bakteeriluokat, 2 • Nitrospira • G-, kemoautotrofeja, esim. Magnetobacterium spp. • Deferribacteres • G-, kemoheterotrofeja • Cyanobacteria • fotosynteettisiä, pimeässä heterotrofeja, ennen sinilevät; esim. Synechocystis sp. (genomi) • Chlorobia • anaerobeja, fotosynteettisiä, rikkibakteereita • Alfaproteobacteria • G-, monipuolisia esim. Acetobacter, Gluconobacter, Zymomonas, Rhizobium, Nitrobacter • Betaproteobacteria • useita taudinaiheuttajia esim. Bordetella pertussis (hinkuyskä), Neisseria meningitidis (aivokalvontulehdus) • Thiobacillus, Methylophilus, Nitrosomonas Etunimi Sukunimi

  5. Bakteeriluokat, 3 • Gammaproteobacteria • esim. Legionella, Vibrio cholera, Pasteurella, Salmonella, Xanthomonas, Pseudomonas aeruginosa, Erwinia, Serratia, Shigella, Yersinia, E.coli • Deltaproteobacteria • pääasiassa anaerobeja, sulfaatin pelkistäjiä esim. Desulfovibrio • Epsilonproteobacteria • esim. Campylobacter jejuni (genomi), Helicobacter pylori • Clostridia • G+, lämpökestävien itiöiden muodostajia esim. Clostridium, Sarcina, Pectinatus • Mollicutes • esim. Mycoplasma ja muita patogeeneja • Bacilli • esim. Bacillus, Lactobacillus, Listeria, Streptococcus Etunimi Sukunimi

  6. Bakteeriluokat, 4 • Actinobacteria • proteobakteerien jälkeen lajirikkain, korkea GC-pitoisuus (guaniini + sytosiini DNA/RNA:ssa), monilla ilmarihmastoa esim. Mycobacterium tuberculosis, M. leprae, Corynebacterium, Actinoplanes, Propionibacterium, Saccharopolyspora, Streptomyces, Frankia, Bifidobacterium • Planctomycetacia • pieni luokka • Chlamydiae • taudinaiheuttajia C. pneumonia (hengitystieinf.), C. trachomatis (sukupuolitauti) • Spirochaetes • sis. parasiitteja ja patogeeneja esim. Treponema pallidum (kuppa) • Fibrobacteres • obligaatteja anaerobeja, G-, itiöttömiä Etunimi Sukunimi

  7. Bakteeriluokat, 5 • Acidobacteria • G-, aerobeja tai anaerobeja • Bacteroides • anaerobeja, suussa ja suolistossa • Flavobacteria • pääasiassa vesibakteereita, usein keltaisia • Sphingobacteria • esim. Cytophaga, Chitinophaga, lyyttisiä • Fusobacteria • esim. suussa (plakki) filamenttimaisia • Verrucomicrobiae • G-, sauvoja • Dictyoglomi • Dictyoglomus thermophilum, G-, ksylanaasi Etunimi Sukunimi

  8. Teollisesti tärkeitä bakteereja • Gramnegatiivisia: • Escherichia coli (vieraiden proteiinien ja aminohappojen tuotto) • Gluconobacter oxydans (C-vitamiinin ja etikan tuotto) • Acetobacter aceti (etikan tuotto) • Zymomonas mobilis (etanolin tuotto) • Thiobacillus ferrooxidans (rautamalmien liuotus) • Pseudomonas fluorescens (vieraiden proteiinien tuotto) • Clostridium acetonutylicum (asetonin ja butanolin tuotto) • Grampositiivisia: • Bacillus subtilis (proteiinien ja entsyymien tuotto) • Lactobacillus spp. (meijerihapatteet, probiootit) • Lactoococcus lactis (hapate, diasetyylin (voin maku) tuotto) • Corynebacterium glutamicum (aminohappojen tuotto) • Streptomyces spp. (antibioottien, entsyymien tuotto) Etunimi Sukunimi

  9. Taksonomiset tunnistusenetelmät • Fenotyyppiset ominaisuudet • ulkonäkö ja morfologia • värjäystekniikat • aineenvaihdunta ja trofiat • suhtautuminen happeen • lipidien kemiallinen koostumus • kapselien muodostus ja niiden koostumus • pigmenttien muodostus ja koostumus • olosuhdetoleranssit • patogeenisuus • antibioottiherkkyydet • symbioottiset suhteet • elinympäristö Etunimi Sukunimi

  10. Taksonomiset tunnistusenetelmät • Genotyyppiset ominaisuudet • GC-pitoisuus (guaniini+sytosiini/(adeniini+guaniini+sytosiini+tymiini; bakteereilla 20…80 %) • 16SrDNA sekvenointi (DNAn monistus PCR:lla, sekvenointi, vertailu DB-da taan, => lajikohtaiset alueet paljastavia; jos ei min. 97% ident tisyyttä löydy => uusi laji) • DNA-DNA hybridisointi (leimattu koetin (probe); sekvenssien samankaltaisuus => hybridisointi; >70% hybridisoituu => sama laji, >20…30% hybridisoituu => sama suku) Etunimi Sukunimi

  11. Taksonomiset tunnistusenetelmät • Ribotyypitys (ribotyping, ”molecular fingerprinting”) (DNA tai 16SrDNA katkotaan restriktioentsyymeillä, erotellaan pätkät elektroforeesilla • FISH tunnistus (esim. kliinisistä näytteistä) (fluorescent in-situ hybridization; fluoresoivat 16SrDNA koettimet suoraan solujen sisään, mikroskopointi fluoresenssimikroskoopilla) Etunimi Sukunimi

  12. Taksonomiset tunnistusenetelmät • Lipidien kemia • arkit vs. bakteerit (eetterilipidit vs. esterilipidit) • rasvahappoanalyysit (rasvahapot uutetaan soluista, metyloidaan ja analysoidaan kaasukromatografisesti, verrataan tietokannoissa olevaan dataan) • rasvahappomenetelmän ongelma: solujen rasvahappokoostumus vaihtelee solun kasvun aikana Etunimi Sukunimi

More Related