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如何使用 Gene Ontology

如何使用 Gene Ontology. 網址 :http://www.geneontology.org/. 在首頁的 GO website 底下的 ontology files 點進去. 在 GO format 底下四個資料夾 function 、 process 、 comnpent 、 defs 按右鍵另存新檔下載. 二、下載 GO 對應的 Swiss-Prot. 在首頁的 GO website 底下的 annotations 點進去. 找到 Homo sapiens GO Annotations. 按右鍵另存新檔下載. 以下是程式使用說明

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如何使用 Gene Ontology

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Presentation Transcript

  1. 如何使用Gene Ontology 網址:http://www.geneontology.org/

  2. 在首頁的GO website 底下的ontology files 點進去

  3. 在GOformat 底下四個資料夾 function 、process、comnpent、defs 按右鍵另存新檔下載

  4. 二、下載GO 對應的Swiss-Prot

  5. 在首頁的GO website 底下的annotations點進去

  6. 找到Homo sapiens GO Annotations 按右鍵另存新檔下載

  7. 以下是程式使用說明 依照step逐一執行 紅色 表示功能及目的 棕色 表示要執行的程式檔 藍色 表示是輸入的程式檔 藍色 表示是輸出的程式檔

  8. 程式使用順序 GO_格式化 Step1:run GO的格式化.cpp(把<字元取代成%字元) Input file: 下載下來的process.ontology.txt檔 output file:定為000 Step2runGO_id 中的go.cpp(擷取2個欄位) Input file: 下載下來的gene_association.goa_human output file: 定為001 Step3:run 刪除多餘的GO.cpp(刪除兩列或多列相同的字串) Input file: 上步驟的001 output file: 定為002

  9. Step4:run GO_term中的GOid的F&P&C的term.cpp (擷取出term關鍵字和goid關鍵字 ) • Input file: 下載下來的component.ontology.txt 裡面的GOID先截取出來，再加上下載下來的GO.defs檔 output file: 定為003 • Step5:run GO_statement中的: GO的功能.cpp (印出Swissprot 和GO的id關鍵字以及%開頭的字串) • Input file:用step3的002以及下載下來的function.ontology • output file: 定為004

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