1 / 54

计算机在化学中的应用

计算机在化学中的应用. ——2.化学分子式的编辑. 主要内容. 无机结构式的输入 有机结构式的输入 三维结构的输入. 使用 Word 、 PowerPoint 直接输入 使用 Word 的自动更正功能 使用公式编辑器键入. 2. 1 无机结构式的输入. Fe 2 (SO 4 ) 3 SO 4 2-. 2. 1 无机结构式的输入. 公式编辑器的使用： MathType. 2 .2 有机结构式的输入. 1. 专用有机结构编辑软件. 2. 3 ChemSktech软件. 软件介绍 安装与打开 基本使用 - 简单结构 高级使用 - 复杂结构

angelica-farley
Télécharger la présentation

计算机在化学中的应用

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. 计算机在化学中的应用 ——2.化学分子式的编辑

  2. 主要内容 • 无机结构式的输入 • 有机结构式的输入 • 三维结构的输入

  3. 使用Word、PowerPoint直接输入 使用Word的自动更正功能 使用公式编辑器键入 2.1 无机结构式的输入 Fe2(SO4)3 SO42-

  4. 2.1 无机结构式的输入 公式编辑器的使用： MathType

  5. 2.2 有机结构式的输入 1.专用有机结构编辑软件

  6. 2.3 ChemSktech软件 • 软件介绍 • 安装与打开 • 基本使用-简单结构 • 高级使用-复杂结构 • 附带工具 • 性质预测 • 自动命名

  7. 2.3.1 软件介绍 • ACD/ChemSketch 是高级化学发展有限公司(ACD)设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和演讲材料。 • 公司主页：www.acdlabs.com

  8. 主要功能 • 结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。 • 画图模式：用于文本和图象处理 • 分子性质模式：对以下性质进行估算： • *分子量 • *百分组成 • *摩尔折射率， • *摩尔体积 • *等张比容 • *折射率 • *表面张力 • *密度 • *介电常数 • *极性 • *单一同位素质量, 标称分子量和平均分子质量

  9. 附加软件 • ChemBasic 一种特殊的汇编语言, 用户可以使用这个软件来根据自己的需要灵活地设定ACD软件的功能 (可以从 http://www.acdlabs.com 下载)。ACD/I-Lab – 一种可以从因特网进入的化学数据库和化学性能预测软件。. • ACD/同分异构体 检查并生成有机结构的最常见的异构体(商业版和免费版均有)。 • ACD/字典 可以用来查询普通药品名称所对应的分子结构. 它们包含85，000个化学和生物中常见的系统和非系统命名的化合物。全部覆盖200多个领域。包括超过500种不同酶的名称和结构(只有商业版有)。 • ACD/免费化学名称软件 给出有机物, 生化结构和无机物的IUPAC名称,这个功能是完全免费的ACD ChemSketch附件.详情请参考12.4.

  10. 附加软件 • ACD/沸点与蒸汽压预测软件 • 计算从0.001毫米汞柱到10个大气压下任意压力下的沸点，一般情况下精确到+/-10度或更好, 详细内容请参阅”ACD / 沸点与蒸汽压计算用户指南”, 这是独立于ChemSketch 的软件. • ACD/西格码预测软件 • 显示不同原子团的Hammett 类型或相关参数, 独立于ChemSketch 的”ACD/Sigma 用户指南”中有详细记载. • ACD 化学结构式软件 • 可以给出相应化学有机物和天然产品衍生物IUPAC名称的结构式,详情请参考独立于ChemSketch的”ACD/名称到结构式用户指南”.

  11. 免费版与专业版

  12. 其他信息 • 软件下载 www.acdlabs.com • 新闻组 news://news.acdlabs.com/acd.public.chemsketch • 其他资源

  13. 2.3.2 安装与使用 • 安装程序 • 设定可兼容的文件类型 • 更改可兼容的文件类型 File\File Associations • 改变缺省文件路径 Options\Preference

  14. 启动 • 启动 • 程序启动后，将在左下角任务栏出现ACD Host，可用于管理所有ACD系列程序。 • ACD Host的使用和设置。 • 可以从Chemsketch的ACD/Labs菜单中启动其他程序。

  15. 退出 • 退出 • 在屏幕右上脚点击关闭按钮 . • 在 ACD/Labs 菜单中选择 Close All. 这将退出所有ACD软件. • 从ACD Host中选择Close All退出所有ACD软件. • 从File 菜单中选择 Exit ? 在退出之前, 计算机将提示您存盘.

  16. 基本操作 保存 打开 输出Export 输入Import 打印Print 打印预览Print Preview

  17. 结构模式Structure与绘图模式Draw • 结构模式： 用于绘制各种分子结构式，反应式，以及对结构式进行各种操作，如命名，预测性质等。 • 绘图模式：进行复杂的图形编辑，为分子结构增加图形和注释，以构成一份完整的报告。 • Structure/Draw的切换

  18. 结构模式Structure基本界面

  19. 绘图模式Draw基本界面

  20. 2.3.3 基本应用-简单结构 • 画原子, 化学键(单键, 双键, 三键, 共价键, 等等), 和标签. • 翻转分子结构式. • 选择, 旋转和扩大与缩小结构图 • 将结构式输出至文件夹, 文件及打印机. • 清理屏幕.

  21. 画原子, 化学键和标签. Draw Normal工具 画一个最简单的构型 双键、三键的画法 原子之间的连接 使用Clean命令清洁结构 Clean命令不仅使键长和角度平均化，令结构看上去更好看，更使该结构符合于化学意义。例如循环结构，它将SP2轨道上的碳原子的键按120度分布，将SP轨道上的碳原子的键按180度分布。当画平面和立体异构体时，Clean命令保持以上特性将键长和角度平均化

  22. 删除 • 删除按钮 • 删除键 • 删除原子 • 删除结构 • 使用键盘删除全部内容 • Ctrl+A 选择全部内容 • 按Del键删除

  23. 改变原子 • 原子工具栏的定制 • 周期表的使用 • 改变原子

  24. 选择、移动和旋转 • 选择 • 矩形选择 • 自由选择 • 移动 • 旋转 • 三维旋转

  25. 翻转 • 键翻转为水平 • 键翻转为垂直 • 以键为中心翻转 • 上下翻转 • 左右翻转

  26. Draw Continuous 工具

  27. Draw Chains 工具

  28. 血红素分子结构式 使用立体键、配位键和非定义化学键工具 • 在立体结构中,指向您的键 • 在立体结构中,远离您的键 • 配位键 • 非定义键

  29. 基本用法 改变位置 扩展Expand 原子标签的编辑

  30. 本节练习

  31. 课堂答疑 • 如何画AcO- • 如何隐藏/显示碳原子 • 如何把题目Copy到ChemSketch中

  32. 2.3.4应用进阶-画更复杂的结构 • 如何用化学基团表画化学基团; • 如何迅速地画环结构; • 如何删除和替换原子; • 如何画双键和三键; • 如何画原子的电荷,阳离子和阴离子; • 如何改变不同原子的性能.

  33. 化学基团表

  34. 画环结构 加上羧基 COOH

  35. 删除和替换原子 • 在连续模式下不能替换原子 删除 替换

  36. 设定双键和单键

  37. 标定电荷和定义阳离子与阴离子 • Increment (+) Charge 键 • Increment (+) Charge 正电荷 • Decrement (-) Charge负电荷 • Radical自由基; • Positive Radical Ion正离子基; • Negative Radical Ion负离子基.

  38. 例题

  39. 改变原子和结构的性质 • 双击 • Tools\Structure Properties

  40. 2.5 2D和3D优化 • 2D优化 • Tools\Clean Structure • F9键 • Clean按钮 清理功能(Clean)可以理解为2D的优化。例如：可以重新画和调整大小，以使所有键长和键角符合标准。使用该功能，您可以很容易地画出完美的结构。

  41. 2D优化应用举例 • 环烷烃 • 环形氨基酸

  42. 3D优化 • 3D优化和3D旋转使您可以很容易地创建含有非标准角度和键长的结构。 • 该3D优化算法是基于CHARMM变量方法，考虑力场的分子机理。优化包括一些简化和增加计算速度和稳定性。请注意:3D优化不是分子全方位的优化，它的目标是由2D结构中建立稳定的可重复的三维结构，并不是简单的3D优化。 • 有机分子往往拥有很多结构，优化只能产生其中的一个。例如，您期望环己烷的结构是椅子形状的，当实际优化的结果是双曲船形，一种可能形状之一(事实上，许多这种结构是双曲船形)。在这种情况下，您可以改正结构(如手工移动原子，再进行3D优化)。 • 您也可以用特定的分子机理或量子化学几何优化包对您的分子进行实际的结构分析。

  43. 应用举例1 3D优化 3D Viewer

  44. 应用举例2

  45. 应用举例3

  46. 关于3D优化 • 对于一般应用，3D优化获得的结果是可靠的。 • 3D优化采用了简化模型计算分子的空间结构。因此，对于复杂的结构得到的结果是否可用，应由使用者加以判断。 • 3D优化并不能保证得到所有的构型。

  47. 2.6 反应式 • 反应箭头 • 反应条件

  48. 2.7 使用模板

  49. 自定义模板

  50. 2.8 其他功能 • 显示/隐藏氢原子 • 显示/隐藏芳环 • 自动命名 • 性质预测 • 自动为原子编号

More Related