1 / 2

把原子看作经典质点，解牛顿运动方程。

3. 分子动力学 (Molecular Dynamics ， MD) 算法. 3.1. 基本的 MD 算法 ( 微正则系综， constant NVE ）. 把原子看作经典质点，解牛顿运动方程。 运动方程的积分：不用考虑计算速度，关键是精度和长时间稳定性。常用的有 velocity Verlet 算法， Leap Frog 算法， predictor-corrector 算法等等。 常用的 MD 软件： DL_POLY, LAMMPS, GROMACS, NAMD, AMBER, CHARMM 等等。. 3.2. 其它系综下的 MD 算法.

chul
Télécharger la présentation

把原子看作经典质点，解牛顿运动方程。

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. 3. 分子动力学 (Molecular Dynamics，MD) 算法 3.1. 基本的 MD 算法 (微正则系综，constant NVE） • 把原子看作经典质点，解牛顿运动方程。 • 运动方程的积分：不用考虑计算速度，关键是精度和长时间稳定性。常用的有 velocity Verlet 算法，Leap Frog 算法，predictor-corrector 算法等等。 • 常用的 MD 软件：DL_POLY, LAMMPS, GROMACS, NAMD, AMBER, CHARMM 等等。 3.2. 其它系综下的 MD 算法 • 正则系综(constant NVT) Thermostats: isokinetics, Berendsen, Andersen, Nosé-Hoover • 等压-等温系综(constant NPT)

  2. 热耦（Thermostat or Heat Bath) Isokinetics thermostat: 每一步对速度进行修正，得到需要的温度。 Berendsen thermostat： Andersen thermostat: 每一步从温度为T的Maxwell-Boltzmann分布中随机产生一个速度赋予被选中的粒子。 Nosé-Hoover thermostat: 增加额外的自由度，在扩展的微正则系综内实现实际体系的正则系综。

More Related