1 / 24

Použití molekulárních markerů k analýze liniové migrace podél řek

Použití molekulárních markerů k analýze liniové migrace podél řek. Tomáš Fér Katedra botaniky PřF UK. Říční koridory. lineární struktury migrační cesty pro vodní a pobřežní druhy proudění dálkové šíření jednosměrné šíření podobné podmínky v celém systému

dexter
Télécharger la présentation

Použití molekulárních markerů k analýze liniové migrace podél řek

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Použití molekulárních markerů k analýze liniové migrace podél řek Tomáš Fér Katedra botaniky PřF UK

  2. Říční koridory • lineární struktury • migrační cesty pro vodní a pobřežní druhy • proudění • dálkové šíření • jednosměrné šíření • podobné podmínky v celém systému Jak říční systém ovlivňuje šíření rostlin v krajině?

  3. Proč znát šíření? • šíření – výměna genů mezi populacemi • rozdíly mezi populacemi – balance mezi genovým tokem a driftem • nízký genový tok -> lokální inbreeding • vysoký genový tok -> zabraňuje lokálním adaptacím populací

  4. Přístupy ke studiu šíření rostlin • sledování diaspor (tracking) • chytání diaspor (trapping) • matematické modely (empirické, mechanistické) • molekulární metody • přímé (aktuální šíření) • nepřímé (historické šíření) -> interpretace genetických rozdílů mezi populacemi

  5. Nepřímá metoda detekce šíření • z rozložení genetické variability mezi populacemi • jak velká intenzita šíření zde musela být, aby dala vznik pozorovanému pattern • rovnováha mezi genovým tokem a driftem • modely šíření – ostrovní model, stepping-stone model… • M = (1 − FST) / 4FST …

  6. Otázky • jak daleko jsou diaspory šířeny? • převažuje šíření po proudu? • je možné rozlišit mezi generativním a vegetativním šířením? • lze najít důkazy pro šíření mezi říčními systémy?

  7. Šíření v říčním systému Cidliny a Mrliny a podél Labe

  8. Studované druhy PhragmitesaustralisTyphalatifolia Sparganiumerectum Nuphar lutea

  9. Molekulární přístupy • AFLP celkové DNA • dominantní marker, vysoká variabilita • presence × absence proužků • Sparganium erectum • mikrosatelity • kodominantní marker, vysoká variabilita • 8-10 lokusů • Nuphar lutea, Typha latifolia • diploid – frekvence alel • Phragmites australis • tetraploid – presence/absence alel

  10. Analýza dat • Bayesovské clusterování jedinců • skupiny geneticky podobných jedinců • možné šíření podél toků × mezi toky • AMOVA • geografické rozdělení genetické variability (FST) • intenzita šíření mezi populacemi, povodími • Mantelovy testy, prostorová autokorelace • korelace genetické a geografické vzdálenosti • isolation-by-distance • vnitropopulační diverzita • korelace s pozicí populace na toku – jednosměrné šíření

  11. Otázky • jak daleko jsou diaspory šířeny? • převažuje šíření po proudu? • je možné rozlišit mezi generativním a vegetativním šířením? • lze najít důkazy pro šíření mezi říčními systémy?

  12. jak daleko jsou diaspory šířeny? • Mantelův test – korelační koeficient MR • prostorová autokorelace • geografické rozšíření geneticky podobných jedinců (Bayesovské clustery)

  13. Mantelův test

  14. přímé geografické vzdálenosti vzdálenosti podél toků vzdálenosti podél toků po proudu Prostorová autokorelace

  15. Prostorová autokorelace Sparganium erectum Nuphar lutea Phragmites australis Typha latifolia

  16. Jak daleko se šíří diaspory

  17. Otázky • jak daleko jsou diaspory šířeny? • převažuje šíření po proudu? • je možné rozlišit mezi generativním a vegetativním šířením? • lze najít důkazy pro šíření mezi říčními systémy?

  18. Korelace pozice a diverzity Sparganium erectum

  19. Otázky • jak daleko jsou diaspory šířeny? • převažuje šíření po proudu? • je možné rozlišit mezi generativním a vegetativním šířením? • lze najít důkazy pro šíření mezi říčními systémy?

  20. Vegetativní šíření na velkou vzdálenost Sparganium erectum

  21. Otázky • jak daleko jsou diaspory šířeny? • převažuje šíření po proudu? • je možné rozlišit mezi generativním a vegetativním šířením? • lze najít důkazy pro šíření mezi říčními systémy?

  22. šíření mezi říčními systémy Sparganium erectum Phragmites australis

  23. šíření mezi říčními systémy AMOVA

  24. Závěr • molekulární markery (AFLP, mikrosatelity) mohou pomoci při studiích šíření rostlin • způsob šíření (vodou, větrem) hraje roli při šíření diaspor a ovlivňuje tak distribuci genetické diverzity • vodní rostliny jsou šířeny semeny i vegetativními diasporami – vegetativní šíření na dlouhou vzdálenost není tak běžné • k šíření mezi řekami dochází, intenzita závisí na způsobu šíření (vodou, větrem)

More Related