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Criniti Brunino 137972 Misale Claudia 137973

EnsemBlast. Criniti Brunino 137972 Misale Claudia 137973. OBIETTIVO APPLICAZIONE:.

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Criniti Brunino 137972 Misale Claudia 137973

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Presentation Transcript

  1. EnsemBlast Criniti Brunino 137972 Misale Claudia 137973

  2. OBIETTIVO APPLICAZIONE: • Integrazione di risorse ampiamente utilizzate nel campo della ricerca biomedica: allineamento di sequenze, proteiche o nucleotidiche, e la consultazione di database genomici, in genere accessibili tramite internet. • Risorse: • Softwares allineamento Blast. • database genomico Ensembl.

  3. Attivita’ svolte • Web service che estende sevizi offerti dal web service di Embl-Ebi. • Client che permette di integrare in un’unica applicazione i dati delle ricerche da effettuare.

  4. Attivita’ svolte

  5. Funzionalità Aggiunte

  6. TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST • Tecnologie e Metodologie • Linguaggio di programmazione: Java. • Web Server: Apache Tomcat. • Librerie per lo sviluppo del Web Service: Apache Axis. • implementazione SOAP 1.1/1.2; • supporto JWS (Java Web Services) per il deploy dei WS; • supporto serializzazione/de-serializzazione; • implementazione WSDL; • utility WSDL2Java e Java2WSDL; • JFreeChart. • Lobo. • Jdom.

  7. TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST • Ambienti e Strumenti • Ambiente di sviluppo NetBeans IDE, realizzato dalla SunMicrosystems. • Per la realizzazione dei tasti è stato utilizzato il software Button Shop 4. • Per la fase di progettazione è stato utilizzato enterpricearchitect

  8. SCHEMA GENERALE APPLICAZIONE

  9. Web Service: Blast • Wrapper che permette al client di comunicare con i database forniti • da Embl-Ebi.

  10. Web Service: Blast

  11. Client

  12. Client: Model Package rappresentante lo stato dell’applicazione.

  13. Client: view • Package della gestione dell’interfaccia grafica. • In particolare: • Drag and drop moduli. • Esecuzione alberi di lavoro.

  14. Client: Moduli • Moduli: rappresentano le azioni permesse all’utente. • I seguenti moduli possono essere inseriti tramite drag and drop nel pannello di visualizzazione. • Vengono collegati tra di loro per creare un piano di lavoro.

  15. Client: Albero di esecuzione • Il programma una volta avviata l’esecuzione degli alberi, effettua le seguenti operazioni: • Controlla che l’utente abbia effettuato le impostazioni dei moduli. • Avvia la richiesta al web service. • Permette anche la visualizzazione dei risultati tramite i moduli di Output.

  16. Tipi di visualizzazione dell’output • Output: BlastN/BlastP • Tabellare: • Grafico:

  17. Tipi di visualizzazione dell’output • Output: Ensembl

  18. GRAZIE PER L’ATTENZIONE

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