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AR-EMBnet Martín Sarachu y Oscar Grau

AR-EMBnet Martín Sarachu y Oscar Grau Instituto de Bioquímica y Biología Molecular (IBBM), Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, La Plata, Argentina. ACTIVIDADES DE BIOINFORMATICA EN EL IBBM

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Presentation Transcript

  1. AR-EMBnet Martín Sarachu y Oscar Grau Instituto de Bioquímica y Biología Molecular (IBBM), Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, La Plata, Argentina

  2. ACTIVIDADES DE BIOINFORMATICAEN EL IBBM 1991 Se establece una computadora MicroVax con los programas GCG accesibles vía telefónica con el protocolo X25. 1991 Curso "Computer networking, use of data bases for nucleic acids and proteins", FAO, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, agosto (20 horas). Profesor Mack Vandejaar (ICGEB). 1997 Se instala una Work Station Sun UltraSparcII, conectada a Internet. Para el uso del paquete GCG via Internet (línea de comando). 1997 “Curso Internacional de Postgrado de Bioinformática”Programa Regional de Biotecnología, PNUD UNESCO - RLA 92-017, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP (julio, dos semanas “full time”). Profesores: Peter Rice (The Sanger Center, Inglaterra), João Meidanis (Universidad de Campinas Brasil), Robin Munro (Mathematical Biology, NIMR, Mill Hill, Inglaterra)

  3. 1997 Incorporación a EMBnet como nodo nacional Argentino. 2000 Curso “Bioinformática” (abril, 2 días intensivos)Profesor: Marc Colet, codirector del Nodo Belga de EMBnet. Se instala la interface web WWW2GCG. 2001 Instalación de EMBOSS en el nodo y desarrollo de una interface web (wEMBOSS). 2002 Instalación de un cluster PC/Linux/openMosix donde se colocan los servicios públicos del nodo. 2002 “Curso CABBIO de Bioinformática” (Diciembre, dos semanas “full time”) Profesores: Dr. José Valverde (Manager de EMBnet, España); Felipe Rodrigues da Silva (Embrapa, Brasil); Gonçalo Guimaraes Pereira (UNICAMP, Brasil); Dr. P. Daniel Ghiringhelli (Departamento de Ciencia y Tecnología, UNQ) Se utiliza EMBOSS con la nueva interface wEMBOSS desarrollada por BEN

  4. AR-EMBnet http://www.ar.embnet.org

  5. Bases de datos disponibles en AR-EMBnet • Secuencias • PIR mensual • SP-TrEMBL semanal • SwissProt semanal • SwissProt Updates semanal • EMBL trimestral • EMBL Updates semanal • Relacionadas • PDB trimestral * • PROSITE semanal • PRINTS mensual • REBASE mensual • TRANSFAC cuatrimestral • PFAM quincenal * • HSSP quincenal * • PRODOM quincenal * * solamente en SRS

  6. Bases de datos accesibles en wEMBOSS

  7. Bases de datos accesibles en SRS

  8. http://www.emboss.org

  9. EMBOSS Historia • En 1988 nace EGCG. Hace uso de las librerías de GCG, • cuyo código es abierto. • GCG es comprado en 1997 por Oxford Molecular y deja • de ser distribuido con las fuentes de sus librerías. • EGCG es discontinuado. Comienza a gestarse EMBOSS. • Marzo de 1999 - EMBOSS-0.0.4 alpha • Septiembre de 1999 - EMBOSS-0.0.4 beta • Julio de 2000 - EMBOSS-1.0.0 (primer release) • Enero de 2003 - EMBOSS-2.6.0

  10. These programs are grouped by function

  11. wEMBOSS Martín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina • desarrollado entre Enero/Marzo de 2001 • escrito en Perl • intérprete ACD e interface de usuario en el mismo • módulo

  12. wEMBOSS (histórico) Página inicial

  13. wEMBOSS (histórico) Menú del programa

  14. wEMBOSS (histórico) Resultados

  15. wEMBOSS Martín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina • no guarda resultados • sin espacio privado para cada usuario • sin ayuda online

  16. EMBOSS-GUI Luke McCarthy, Plant Biotechnology Institute, Canadá • adoptado por EMBnet Canadá en Mayo de 2001 • escrito en Perl • no guarda resultados • sin espacio privado para cada usuario • con ayuda online • intérprete ACD e interface de usuario en distintos • módulos • modo batch, aviso al usuario por mail

  17. EMBOSS-GUI Página inicial

  18. EMBOSS-GUI Menú del programa

  19. EMBOSS-GUI Resultados

  20. wEMBOSS Marc Colet, BEN, Bélgica • basado en EMBOSS-GUI • adoptado por BEN en diciembre de 2002. • escrito en Perl y C • guarda resultados • con espacio privado para cada usuario • permite crear proyectos y cargar secuencias • utilizado en AR-EMBnet para uso de EMBOSS

  21. wEMBOSS Página inicial

  22. wEMBOSS Menú del programa

  23. wEMBOSS Resultados

  24. AJAX command definition (ACD files) ¿Qué son? • describe las entradas, salidas y otros parámetros que el • programa necesita • especifica datos obligatorios y datos con rango • puede indicar dependencia entre parámetros • todos los programas de EMBOSS tienen un archivo ACD

  25. AJAX command definition (ACD files) ¿Qué ventajas tienen? menú de texto command line web water showdb plotorf etc. archivo ACD (uno por programa) La forma en que el programa interactúa con el usuario (interfase) es independiente del programa

  26. AJAX command definition (ACD files) ¿Qué ventajas tienen? archivo ACD (uno por programa) interfase web (wEMBOSS) programas EMBOSS integrar a EMBOSS BLAST integración costosa, difícil mantenimiento MALA SOLUCIÓN

  27. EMBOSS Direcciones importantes ableasby@hgmp.mrc.ac.uk Alan Bleasby, Coordinador del proyecto EMBOSS emboss@embnet.org Discusión en general sobre EMBOSS emboss-bug@embnet.org EMBOSS Support Team emboss-dev@embnet.org Desarrolladores de EMBOSS

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