1 / 14

Celogenomové duplikace

Celogenomové duplikace. Příklad duplikované oblasti genomu Paramecium tetraurelia (Aury et al., 2006). Evoluce genomu trepky (A ury et al., 2006). Genové duplikace při vzniku eukaryot. Makarova et al., 2005. P ří klad: rodina recA/Rad51. Kvantifikace HGT u sinic Zhaxybayeva et al., 2006.

gunda
Télécharger la présentation

Celogenomové duplikace

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Celogenomové duplikace

  2. Příklad duplikované oblasti genomu Paramecium tetraurelia (Aury et al., 2006)

  3. Evoluce genomu trepky(Aury et al., 2006)

  4. Genové duplikace při vzniku eukaryot Makarova et al., 2005

  5. Příklad: rodina recA/Rad51

  6. Kvantifikace HGT u sinicZhaxybayeva et al., 2006 61% genů (z 1128) s konfliktní topologií 23% genů (ze 700) s nemonofyletickými sinicemi A: funkční kategorizace genového „core“ sinic B: funkční kategorizace genů s konfliktní topologií

  7. HGT: Prokaryota => Eukaryota Funkční kategorie genů Entamoeba histolytica získaných HGT z prokaryot Loftus et al., 2005 Donorové linie pro HGT do genomu Trichomonas vaginalis Carlton et al., 2007

  8. HGTrlp36 genu do plastidového genomu skrytěnek a haptofytRice & Palmer, 2006

  9. HGT: Eukaryota => Prokaryota transfer fruktosabisfosfát aldolasy třídy I z ruduch do sinic Rogers et al., 2007

  10. HGT: Eukaryota => Eukaryota transfer metabolických genů z vřeckovýtrusných hub do oomycet Fylogeneze AraJ (sacharidový transportér) Richards et al., 2006

  11. Změna funkce genu po HGT: CysN/NodQ CysN/NodQ – podjednotka ATP surfurylasy u některých eubakterií: původně elongační faktor EF-1a z archebakterií Inagaki et al., 2002

  12. HGT: transfer části genu transfer segmentu 16S rRNA genu z beta-proteobakterií do sinic (rod Acaryochloris)

  13. Mimivirus: virus améby Acanthamoeba polyphaga s 1,2 Mbp genomem – pěkná evoluční slátanina! Abbreviations for the COG functional categories are as follows: E, amino acid transport and metabolism; F, nucleotide transport and metabolism; J, translation; K, transcription; L, replication, recombination, and repair; M, cell wall/membrane biogenesis; N, cell motility; O, posttranslational modification, protein turnover, and chaperones; Q, secondary metabolites biosynthesis, transport, and catabolism; R, general function prediction only; S, function unknown. Fylogenetický původ mimivirových HSP70

  14. Ztráta genů vs. HGT 190 genomů => 57670 genových rodin Dagan &Martin, 2007 SO HGT1 HGT3 HGT7 HGT15

More Related