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翁蕾鸣 北京大学医学图书馆信息咨询部 wenglm@lib.bjmu

文摘型数据库 PubMed 检索方法与技巧. 翁蕾鸣 北京大学医学图书馆信息咨询部 wenglm@lib.bjmu.edu.cn. PubMed 简介 —— 是什么？. PubMed 特色服务 —— 能干什么？. PubMed 检索方法 —— 怎么用？. 其他辅助功能. 主要内容. PubMed 简介 —— 是什么？. 创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心 (NCBI) 1996 年 1 月开始向全球开放 特色： 免费 、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、 文摘库 ，部分文献还可在网上直接免费获得全文。

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翁蕾鸣 北京大学医学图书馆信息咨询部 wenglm@lib.bjmu

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Presentation Transcript

  1. 文摘型数据库PubMed 检索方法与技巧 翁蕾鸣 北京大学医学图书馆信息咨询部 wenglm@lib.bjmu.edu.cn

  2. PubMed简介——是什么？ PubMed特色服务——能干什么？ PubMed检索方法——怎么用？ 其他辅助功能 主要内容

  3. PubMed简介——是什么？ • 创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI) • 1996年1月开始向全球开放 • 特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、 文摘库，部分文献还可在网上直接免费获得全文。 • http://pubmed.gov

  4. PubMed简介——是什么？ • NCBI (National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心) • 目前国际上几个重要分子生物信息网站之一 • 成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性 • 1988年11月4日成立 • 是National Institutes of Health（NIH 美国国立卫生研究院）底下的National Library of Medicine（NLM 美国国立医学图书馆）的部门之一 • NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。

  5. PubMed简介——是什么？ • NCBI目前提供的生物信息资源主要分为 • 生物数据库 • 生物信息工具

  6. PubMed简介——是什么？ • 生物数据库 • 永久数据的大的组织体 • 结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。 • 容易取得信息并且只取得回答特殊生物问题的信息 • Entrez： NCBI的数据库搜寻与存取系统，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。 • 目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库包括如下：

  7. PubMed简介——是什么？

  8. PubMed简介——是什么？ • NCBI目前提供的生物信息资源主要分为 • 生物数据库 • 生物信息工具

  9. PubMed简介——是什么？ Entrez • 一个整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索系统。 • 整合的数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。 • 可以检索相关的序列，结构和参考文献。 BLAST • 序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。 • 在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。 附加软件工具 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。

  10. PubMed简介——是什么？ Entrez可以检索的数据库： • Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 • Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据 • Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 • 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 • Gene，包含许多物种的基因数据库 • Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 • GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 • GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 • GEO Profiles，基因表现图谱 • HomoloGene，同源基因批注数据库 • Journals，期刊文献（包含PubMed） • MeSH，医学主题词数据库 • NCBI Web Site，所有NCBI网页 • NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 • Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）

  11. PubMed简介——是什么？ Entrez可以检索的数据库： • Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库 • PopSet，族群演化分析相关研究资料 • Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料） • PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料 • PubChem Compound，小分子化学物质结构 • PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据 • PubMed，科学文献报导数据库 • PubMed Central，科学文献数字全文数据库 • Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP • SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP) • Structure，分子模型数据(MMDB) • Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 • UniGene，人类unique基因序列数据库 • UniSTS，unique序列卷标地址数据库

  12. 要注册账号 • 英文检索 • http://www.medlive.cn/pubmed/pubmed_search.jsp（汉化）

  13. PubMed简介——是什么？ 新版PubMed首页 特色： 简洁、清新 检索速度较快

  14. PubMed简介——是什么？ PubMed数据范围 • 数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据资源链接。 • 特点： • 免费提供题录和文摘 • 提供与原文的网址链接(部分免费获取） • 提供检索词自动转换匹配 • 操作简便、快捷

  15. PubMed简介——是什么？ 数据来源

  16. PubMed简介——是什么？ PubMed数据范围 • MEDLINE • 4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。 • 文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。 • 记录中用[PubMed-indexed for MEDLINE]标记表示 [注] 截止2006年3月15日PubMed公布的数据

  17. PubMed简介——是什么？ PubMed数据范围 • OldMedline • 1950-1965年间发表的200多万篇文献 • 没有MeSH字段和摘要 • 记录中用[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966]标记表示。

  18. PubMed简介——是什么？ PubMed数据范围 • In process citation • 提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。 • 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 • 记录中用[PubMed-in process]标记表示。

  19. PubMed简介——是什么？ PubMed数据范围 • Publisher Supplied Citations • 出版商直接向PubMed提供电子记录 • 包括MEDLINE未收录的部分记录 • 记录中用[PubMed-as supplied by publisher]标记表示。

  20. PubMed简介——是什么？ PubMed数据范围 • PubMed not Medline • PubMed收录Medline不收录的文献。 • 记录中用[PubMed]标记表示。

  21. PubMed简介——是什么？ 数据来源

  22. PubMed简介——是什么？ PubMed特色服务——能干什么？ PubMed检索方法——怎么用？ 其他辅助功能 主要内容

  23. PubMed特色服务——能干什么？ 1. 查文献：查找目的文献的文摘题录信息——书目文摘条目2千万余条，每年约增加50万条（2011年数据） 2. 找全文： • 获得部分文献的全文——PMC（Pubmed Center）可提供部分文献的全文 • 提供可以获得全文的网站和数据库链接——Linkout 3. 扩展阅读：提供相关文献链接——Related citations

  24. PubMed特色服务——能干什么？ • Pubmed小工具 • 跟踪某一领域的最新进展——Cubby（My NCBI)

  25. PubMed简介——是什么？ PubMed特色服务——能干什么？ PubMed检索方法——怎么用？ 其他辅助功能 主要内容

  26. PubMed检索方法——怎么用？ 1. 检索机制 如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作者索引中仍未找到匹配词，PubMed就将该词组分开并重复上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将该词组的每个单词用`AND’组配并在所有字段中查找。 • 自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping) 对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是： MeSH表 期刊刊名注释表 短语表 作者索引 • 短语检索(Phrase Searching) • 要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“ ”将其引起来。 • 如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。 包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例如，如果你输入“New England Journal of Medicine”，PubMed将按“N Engl J Med［ta］”查询。 如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配的词，PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中多次出现的常用词组表， MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该词将被作为MeSH词和自由词(即textword)同时进行检索。例如，如果我们输入Vitamin h,PubMed会这样检索：(“Biotin［MeSH］OR vitamin h［tw］)——vitamin h是MeSH词Biotin的款目词。

  27. A B A B A B PubMed检索方法——怎么用？ 2. 布尔逻辑运算符 布尔逻辑组合 检索，常用的 逻辑关系词有 AND，OR， NOT等 逻辑与（AND） --检出记录中同时含有检索词A和检索词B. 如：A AND B （AIDS and therapy） 逻辑或（OR） --检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。 如：A OR B （ AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome） 逻辑非（NOT） --在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。 如：A NOT B（Hepatitis not Animal）

  28. PubMed简介——怎么用？ PubMed检索方法——怎么用？ 3. 检索方法 • 基本检索 • 高级检索 • 限制检索 • 主题检索 • 临床咨询

  29. www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 检索词输入框 Welcome to PubMed 使用帮助 常用工具 更多服务

  30. PubMed检索方法——怎么用？ 限制检索 高级检索 基本检索 主题检索 临床咨询

  31. PubMed检索方法——怎么用？ 一.基本检索 默认检索字段为主题、作者、期刊

  32. PubMed检索方法——怎么用？ 一.基本检索 • 关键词、词(词组)或短语： ⑴ 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； ⑵ 带有双引号“ ”作为短语检索：“cancer therapy”； ⑶ 带有连接号“-”作为一个词组检索：interleukin-6。 • 限制检索字段：如liver cancer[ti] • 作者：Smith J 、 • 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smith[au] • 2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索 • 如：Joshua Lederberg

  33. PubMed检索方法——怎么用？ 一.基本检索 作者姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。 考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja, smith jc,smith jr 等。 精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定[AU]，如："smith j"[au]，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。

  34. PubMed检索方法——怎么用？ 作者姓名检索 按照姓(全写) +名(缩写)， 之间不用标点 键入作者姓名 smith j

  35. 精确检索避免 PubMed自动 词汇转换，实 现精确查找 "smith j"[au]

  36. PubMed检索方法——怎么用？ 一.基本检索 • 期刊刊名： ⑴可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]； ⑵可用期刊简称：JAMA[TA]；(The Journal of the American Medical Association)

  37. PubMed检索方法——怎么用？ 一.基本检索 期刊检索 在检索框中键入期刊名，如：molecular biology of the cell，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成mol biol cell[journal]进行检索。 也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol biol cell，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：1059-1524。 如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer， science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加[TA]。如："cell"[ta]

  38. 期刊的一般检 索，是在检索 输入框中键入 期刊名或期刊 的ISSN号 Eur J Immunol

  39. 期刊的标准检 索，是在期刊 名后面加字段 限定[TA]. 比 如:"cell"[ta] "cell"[ta]

  40. PubMed检索方法——怎么用？ 一.基本检索 • 复杂表达式：liver cancer AND therapy • 带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND has abstract

  41. PubMed检索方法——怎么用？ 一.基本检索 截词检索 截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。 截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。 如：bacter*，可以检出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium，等最多600个单词。

  42. 截词检索可以 扩大检索范围 提高查全率。 bacter*[TI]

  43. PubMed检索方法——怎么用？ 1.基本检索 字段限制检索 采用字段限制方式进行检索，其规则是： 检索词1[字段标识] 逻辑运算符 检索词2[字段标识] 如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献. 检索式： DNA[mh] AND crick[au] AND 1993[dp]

  44. INTERNET 常用字段组成 标识符 字段名称 TI Title AU Author AD Affiliation AB Abstract DP Publication Date EDAT Entrez Date SO Source TA Journal Title Abbreviation MH MeSH Terms PT Publication Type

  45. 字段限制检索 其规则是：检 索词+[字段 标识] DNA[mh] AND crick[au] AND 1993[dp]

  46. PubMed检索方法——怎么用？ 1.基本检索——举例：肝癌的治疗 • 分析该检索课题，包含两个方面： • 肝癌：liver cancer； • 治疗：therapy • 两个主题之间的逻辑关系是AND，即 • liver cancer AND therapy

  47. PubMed检索方法——怎么用？ 基本检索——举例：肝癌的治疗 所得结果数 文献标题 文献著者 文献出处 输入：liver cancer AND therapy Pubmed编号，文献类型

  48. 非英文的文献 篇名上有中括 号[ ]且注明 有语种 英文文献 [ 篇名 ] 土耳其语 英文文献

  49. PubMed检索方法——怎么用？ 2.高级检索 高级检索

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