Patrick CLARYSSE, CR CNRS Pierre CROISILLE, MCUPH Isabelle MAGNIN, DR Inserm Jo l SCHAERER, doctorant 2004 Bertrand DEL

1. 1

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3. 3 Segmentation 3D d�IRM de petit animal [CINC 05] G�om�trie extraite (fin de diastole)

4. 4 Segmentation 3D: D�veloppement du gabarit d�formable �lastique non lin�aire [Rouchdy-th�se, 2005], [Rouchdy, Inv. Pb, 2007, accepted] Initialisation semi-interactive, IRM de marquage tissulaire (Collaboration avec L. Axel (New York Univ.) et D. Metaxas (Rutgers Univ)) [Schaerer, SA2PM-MICCAI, 2006] Champ de forces [Schaerer, CINC, 2005] + stagiaires 2007 Segmentation 3D+t: approche �na�ve� pour l�instant: report du r�sultat de t � t+1

5. 5 Implantation C++, vtk, itk, PETC, MPI Initialisation automatique ou semi-automatique (D�signation de rep�res) Temps calcul Version MPI lanc�e sur cluster de PC 4-5min/noeuds/instants Donn�es humaines et petit animal Version MPI, lanc� sur le cluster. 4-5 minutes/noeuds/instants. Reduction possible avce multi-resolution sur le maillage. Xnbinstants, ind�pendant pour l�instant. Evolution avec la contrainte temporelle (idee 50 fois plus de calcul en 1D!) Version MPI, lanc� sur le cluster. 4-5 minutes/noeuds/instants. Reduction possible avce multi-resolution sur le maillage. Xnbinstants, ind�pendant pour l�instant. Evolution avec la contrainte temporelle (idee 50 fois plus de calcul en 1D!)

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7. 7 Estimation et suivi de mouvement spatio-temporel: Recalage spatio-temporel param�trique [Delhay, SA2PM-MICCAI, 2006] Contrainte de lissage et p�riodicit� du mouvement M�thode: forme d��tat et filtre de Kalman Implantation en 2D+t �valuation sur s�quences de synth�se Parall�lisation du code C++, itk Parall�lisation des recalages, version multi-thread : d�coupage en blocs, ex�cution sur architecture SMP Allocation/d�sallocation des threads Version parall�le MPI op�rationnelle sur cluster mais moins efficace que la version multi-threads Version MPI lanc�e sur cluster. Pour l�instant, les r�sultats sont moins bons que pour le multi-threads. 12 proc en Multithreads et 14 proc en cluster. Perte au niveau de la communication entre les noeuds. Int�r�t d�adapter la charge en fonction des performances des noeuds.Version MPI lanc�e sur cluster. Pour l�instant, les r�sultats sont moins bons que pour le multi-threads. 12 proc en Multithreads et 14 proc en cluster. Perte au niveau de la communication entre les noeuds. Int�r�t d�adapter la charge en fonction des performances des noeuds.

8. 8 R�sultats: trajectoire d�un point mat�riel 2D

9. 9 Production 2006 B. Delhay, �Estimation spatio-temporelle de mouvement et suivi de structures d�formables. Application � l�imagerie dynamique du coeur et du thorax�. Th�se soutenue le 16/12/2006 B. Delhay, P. Clarysse, C. Pera, I. E. Magnin, A spatio-temporal deformation model for dense motion estimation in periodic cardiac image sequences, accepted to the Special Session on From Statistical Atlases to Personalized Models: Understanding Complex Diseases in Populations and Individuals, MICCAI, Copenhagen, October 2006 J. Schaerer, Z. Qian, P. Clarysse, D. Metaxas, L. Axel, I. E. Magnin, Fast and automated creation of patient-specific 3D heart model from tagged MRI, accepted to the Special Session on From Statistical Atlases to Personalized Models: Understanding Complex Diseases in Populations and Individuals, MICCAI, Copenhagen, October 2006 Y. Rouchdy, J. Pousin, J. Schaerer, P. Clarysse, A nonlinear elastic deformable template for soft structure segmentation. Application to the heart segmentation in MRI, accepted Inverse Problem.

10. 10 Segmentation spatio-temporelle Base de donn�es d�images m�dicales s�curis�e (projet avec IN2P3, Lyon) Analyse interactive d�un examen Besoin d�une forte r�activit� Contrainte temporelle pour la segmentation dans la s�quence Segmentations de masse Grande capacit� de stockage, BP r�seau Processus automatique & robuste n�cessaire Version MPI, lanc� sur le cluster. 4-5 minutes/noeuds/instants. Reduction possible avce multi-resolution sur le maillage. Xnbinstants, ind�pendant pour l�instant. Evolution avec la contrainte temporelle (idee 50 fois plus de calcul en 1D!) Version MPI, lanc� sur le cluster. 4-5 minutes/noeuds/instants. Reduction possible avce multi-resolution sur le maillage. Xnbinstants, ind�pendant pour l�instant. Evolution avec la contrainte temporelle (idee 50 fois plus de calcul en 1D!)

11. 11 Mod�lisation ST de mouvement Adaptation locale de la complexit� du mod�le B. Delhay, P. Clarysse, I. E. Magnin, �Locally adapted spatio-temporal deformation model for dense motion estimation in periodic cardiac image sequences�, soumis � FIMH�2007 3D+t: d=3 6859x6859 blocs!!3D+t: d=3 6859x6859 blocs!!

12. 12 Traitement de matrices creuse & blocs- Matrices de 19d x d blocs au max. Exemple d=2: 722 x 722 blocs. La taille des blocs varie de 1 � 9.- Structure de donn�es adapt�e- Op�rations de base: multiplication de matrices, inversion Extension en 3D+t ... 3D+t: d=3 6859x6859 blocs!!3D+t: d=3 6859x6859 blocs!!

13. 13 Parall�lisation de codes et grille de calcul Parall�lisation des op�rations d�alg�bre lin�aire de la pr�diction Portail d�execution distante sur cluster et grille (avec projet SIMRI, printemps 2007?) Workflows (ANR GWENDIA): fusion des 2 approches Portage sur la grille: Configuration compte en cours. Configuration de l�application sur la grille (biblioth�ques ITK, notamment...)?Portage sur la grille: Configuration compte en cours. Configuration de l�application sur la grille (biblioth�ques ITK, notamment...)?

14. 14