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Garcia Diego Pellecuer Marie-Agnès Roucaute Camilla

Epistasis is a fundamental component of genetic architecture of prolificacy in pigs. L’epistasie est une composante fondamentale de l’architecture génétique de la prolificité chez les porcs. Garcia Diego Pellecuer Marie-Agnès Roucaute Camilla. ULG 2006/2007. OBJECTIF DE LA RECHERCHE.

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Presentation Transcript

  1. Epistasis is a fundamental component of genetic architecture of prolificacy in pigs.L’epistasie est une composante fondamentale de l’architecture génétique de la prolificité chez les porcs Garcia Diego Pellecuer Marie-Agnès Roucaute Camilla ULG 2006/2007

  2. OBJECTIF DE LA RECHERCHE Démontrer que l’epistasie contribue de façon majeure à la variabilité phénotypique de la prolificité chez les porcs.

  3. Comment y parvenir…de quoi a-t-on besoin, quels outils statistiques va-t-on utiliser?

  4. MATERIEL UTILISE • 2 races de porcs: Différence significative au niveau de la prolificité ibérique meishan NBA: Nombre de porcelets nés vivants

  5. Croisements réalisés: 3 verrats ibériques (QQ) x 18 truies meishan (qq) 8 verrats F1 x 97 truies F1 (Qq) 255 truies F2 (QQ) (Qq) (qq) 881 porcelets nés vivants

  6. F0, F1, F2 génotypés pour 117 marqueurs. 109 microsatellites, 8 SNP (single nucleotid polymorphisms) QTL: Locus à effet quantitatif • Modèles mathématiques pour analyses statistiques.

  7. ANALYSES STATISTIQUES - Analyse 1: cartographie QTL à 1dimension pour déterminer les QTL influençant le caractère NBA par un test-F comparant les modèles suivants; Yijk = Hi + uj + pj + caa + cdd + eijk (1) Yijk = Hi + uj + pj + eijk

  8. Yijk = Hi + uj + pj + caa + cdd + eijk Yijk = observation ijk pour le NBA Hi = i-ème effet année-saison uj = effet polygénique du j-ème individu pj = effet de l’environnement permanentsur le j-ème individu ca= p(QQ)- p(qq) cd= p(Qq) eijk = résidu a et d= effets d’additivité et de dominance du QTL Yijk = Hi + uj + pj + eijk

  9. Tableau 1: simple QTL significatif pour le NBA G=A+D

  10. - Analyse 2 : analyse à 2 QTL Modèle 1 : sans épistasie (pas d’interaction entre les 2 QTL) Yijk = Hi + uj + pj + ca1a1+ cd1d1+ ca2a2 + cd2d2 + eijk (2) a1, d1: effets d’additivité et de dominance du QTL1 a2, d2 : effets d’additivité et de dominance du QTL2

  11. Modèle 2 : avec épistasie (avec interaction entre les 2 QTL) Yijk = Hi + uj + pj + ca1a1 + cd1d1+ ca2a2 + cd2d2 + caxaIaxa+ caxdIaxd+ cdxaIdxa + cdxdIdxd + eijk (3) Iaxa , Iaxd , Idxa , Idxd : effets d’ interactions épistatiques caxa , caxd , cdxa , cdxd : coeff. de régression

  12. Tableau 2 :

  13. CONCLUSION • Effet significatif de l’épistasie sur la prolificité. G=A+D+I • Grande difficulté d’identification des gènes influents la prolificité, et d’application pratique dans la sélection des porcs.

  14. DISCUSSION • Croisements comme alternative à la sélection saturée. • Sélection possible sur base des interactions épistatiques?

  15. Marie Diego Camilla Vous remercient !!!!!

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