390 likes | 1.15k Vues
ASAM NUKLEAT. Asam nukleat merupakan makromolekul dlm inti sel yg mengandung semua informasi untuk aktivitas maupun reproduksi sel. Berperan: a) Menyimpan informasi genetik b) Proses replikasi dan transkripsi. Base. PO 4. Sugar. Nukleotida.
E N D
ASAM NUKLEAT DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Asam nukleat merupakan makromolekul dlm inti sel yg mengandung semua informasi untuk aktivitas maupun reproduksi sel. Berperan: a) Menyimpan informasi genetik b) Proses replikasi dan transkripsi DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Base PO4 Sugar Nukleotida Asam nukleat dibentuk dari nukleotida yg memiliki suatu gula, basa nitrogen, dan fosfat. Nukleosida DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Molekul Gula pada Nukleotida • Ribosa merupakan penyusun utama DNA • 2-Deoksiribosa merupakan molekul gula pada DNA Perhatikan: • Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1). • Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5). • Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2 DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Basa Nitrogen • Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-β pada atom karbon nomor1' dari gula ribosa atau deoksiribosa. • Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1dari struktur cincinnya. • Purinberikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur cincinnya. DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Ribonukleotida – penyusun RNA • Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah suatu pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin). • Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut ribonukleotida (dalam contoh di samping adalah uridilat atau sitidilat) Penyampaian ribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) U, atau UMP (uridin monofosfat) DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Ribonukleotida utama: Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Deoksiribonukleotida – penyusun DNA • Gula 2'-deoksiribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah purin; adenin dan guanin) pada atom karbon nomor 1‘nya disebut deoksiribonukleosida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenosin dan deoksiguanosine). • Deoksiribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‘nya disebut deoksiribonukleotida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenilat dan deoksiguanilat). Penyampaian deoksiribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) A, atau dA (deoksiA), atau dAMP (deoksiadenosin monofosfat) DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Deoksiribonukleotida Utama: Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Penamaan Nukleotida: DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Penamaan Nukleotida: Nukleosida Difosfat dan Nukleosida trifosfat DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Senyawa Siklik AMP, Adenosin 3`-monofosfat, dan Adenosin 2`,3`- monofosfat DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur Primer DNA dan RNA A, G, T, C DNA A, G, U, C RNA ikatan phosphodiester Ikatan kovalen yang terjadi antara gugus phosphate pada satu nukleotida, dengan gugus OH pada nukleotida lainnya. DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur tulang punggung DNA, RNA DNA: 5’-ACGTA-3’ /pApCpGpTpA RNA: 5’-ACGTA-3’ /pApCpGpTpA ?? DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Struktur sekunder DNA dan RNA DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB
Ekstraksi DNA Pengendapan DNA olehisopropanol Lisisdindingseldanmembran sentrifugasi Sentrifugasikembali larutkan DNA Cuci DNA denganetanol
Kualitas DNA 12,000,000bp Ukuran DNA genomdrbeberapa Species (kbp) E. Coli 4,640,000 bp Yeast 12,100,000 bp Fruit Fly 140,000,000 bp Human 3,000,000,000 bp Pea 4,800,000,000 bp Wheat 17,000,000,000 bp 1 kbp and 100 bp ladders Genomic DNA of 5 species of cereals
Kualitas DNA A B C D E Ladder Intensitasrendah Jumlahsedikit/tipis Tdkadapemurnian phenol RNA
Konsentrasi DNA Spektrofotometer (UV): 260 nm. Optical Density Wave Length 260
Total RNA, diisolasidarijaringantikusmenggunakan EXT-0003 lane 1: total RNA bag Otak. lane 2: total RNA bag hati lane 3: total RNA bag paru-paru lane 4: total RNA bag limpa Pita rRNA (ada 2, ukuran besar dan kecil), smear kemungkinan mRNA dgn berbagai ukuran. Pita yg Paling bawah tRNA Total RNA terlihat baik, bila proses ekstraksi baik Total RNA: rRNA, tRNA, dan mRNA Kira-kira 95-98% adalah rRNA
Aplikasi DNA Ubur-ubur goresan bakteri mengekspresikan GFP Struktur 3D GFP (Green Fluorescent Protein) GFP Pada Macaca GFP Pada Mencit DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB