1 / 23

Hatott-e az APOBEC-enzimcsalád a vírusok kodonhasználatára? Összehasonlító genomikai vizsgálat

Hatott-e az APOBEC-enzimcsalád a vírusok kodonhasználatára? Összehasonlító genomikai vizsgálat. M üller Viktor 1,2 & Sebastian Bonhoeffer 2. 1 ELTE 2 ETH Zürich. Háttér. hipermutáció: a retrovírusok elleni általános védelem APOBEC3G :

rhoda
Télécharger la présentation

Hatott-e az APOBEC-enzimcsalád a vírusok kodonhasználatára? Összehasonlító genomikai vizsgálat

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Hatott-e az APOBEC-enzimcsalád a vírusok kodonhasználatára?Összehasonlító genomikai vizsgálat Müller Viktor1,2 & Sebastian Bonhoeffer2 1ELTE 2ETH Zürich

  2. Háttér • hipermutáció: a retrovírusok elleni általános védelem • APOBEC3G: • apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3G • az aktiváció-indukált deamináz (AID) rokona • citozint uracillá deaminál egyszálú DNS-ben • a hipermutált vírusok nem fertőzőképesek • a lentivírusok Vif (viral infectivity factor)fehérjéje gátolja az APOBEC3G-t

  3. Háttér

  4. Háttér • csakGA mutáció • CU (T) a negatív szálon • széleskörű hatás: SIV, HIV, MLV, EIAV, HBV • széleskörű kifejeződés • dózisfüggő hatás

  5. Hipermutáció és kodonhasználat • részlegesen gátolt hipermutáció mutációs nyomást okozhat • a retrovírusok genomja adeninben gazdag VAN-E ÖSSZEFÜGGÉS?

  6. Hipermutáció és kodonhasználat • 1115 virális referenciaszekvencia • szinonim kodonpárok, pl. CTA-CTG (leucin), TCA-TCG (szerin) • mutációs nyomás indikátorai • Silent Nucleotide Bias: • a teljes genomösszetétel szerint skálázva

  7. Módszerek • az eltérő leolvasási keretű átfedések kiküszöbölése

  8. Várakozás • az APOBEC-et kódoló gazdaszervezetek vírusaiban erősebb kodontorzulás • főemlős, rágcsáló • a Vif-et kódoló vírusokban gyengébb torzulás • minden lentivírus, kivéve EIAV

  9. Retroid vírusok 1-5: alfa-epszilon retrovírusok 6: lentivírusok 7: spumavírusok 8: hepadnavírusok 9: caulimovírusok

  10. Retroid vírusok • léteznie kell alternatív mechanizmusoknak az APOBEC-hatás elkerülésére • léteznie kell alternatív mechanizmusoknak, amelyek GA torzulást okoznak • (minden lentivírus gazdaszervezetében lehet APOBEC3G analóg) • az APOBEC-Vif rendszer nem meghatározó szerepű a retroid vírusok kodonhasználatában Más tényezők fedik el a hatását?

  11. Kontextushatás • az APOBEC3G célpreferenciájaGG ésGGG • az APOBEC3F célpreferenciájaGA, GAA ésGAG • az egér APOBEC3 célpreferenciájaGA ésGG Felfedezhető-e a preferenciák mintázata a potenciálisan érintett vírusok kodonhasználatában?

  12. Függetlenségvizsgálat 2-próbával 2 2-es kontingenciatáblázat Nullhipotézis: nincs kapcsolat a két pozíció között

  13. Kontextushatás • az APOBEC3G célpreferenciájaGG ésGGG • az APOBEC3F célpreferenciájaGA, GAA ésGAG • az egér APOBEC3 célpreferenciájaGA ésGG • +1 G vs. NG, +1 A vs. NA, +1 G/A vs. C/T • +2 G vs. NG, +2 A vs. NA, +2 G/A vs. C/T

  14. Kontextushatás • 49 retrovírus and 9 hepadnavírus (58) • szignifikáns hatás 13/10/9/23/2/20 fajban a +1A/+1G/+1AG/+2A/+2G/+2AG pozíciókra • a hatás általában olyan fajokban szignifikáns, amelyekben nincs általános G-A torzulás!

  15. Szál-specificitás • az APOBEC-homológok specifikusanegyszálú DNS-re hatnak • -szálú DNSareverz transzkripció során • CT deamináció a - szálon GA mutációt eredményez a + szálon • CT deamináció a + pozitív szálon CT mutációt eredményez

  16. Szál-specificitás retrovírusok: (r = 0.79, p<10-6) • a torzulást kiváltó hatás mindkét szálra hat (a caulimovírusok esetében hasonló a helyzet)

  17. Következtetés #1 • a retrovírusok A-gazdag kodonhasználata nem az APOBEC-indukálta hipermutáció eredménye A retroid vírusok általános sajátosságáról van szó?

  18. Minden ismert vírus

  19. Víruscsaládok átlagai

  20. A családátlagok átlagai

  21. A nagy víruscsoportok közül a retroid vírusok csoportjában legerősebb és legáltalánosabb a GA torzulás.

  22. Következtetés és diszkusszió • a retroid vírusok általánosan hajlamosak lehetnekGA torzulásra • a HIV RT APOBEC3Ghiányában is nagyobb arányban generál GA mutációkat • sok retrovírus és DNS-vírus tartalmaz deoxiuridin-trifoszfatázt és uracil-DNS glikozilázt • már a 30-millió éves humán endogén retrovírusok is adeninben gazdagok • a reverz transzkripció eredendően hajlamos lehet a magasabb GA (azaz CT) mutációs rátára

  23. Diszkusszió • Minden vagy semmi? VAGY • Más szelekciós erők felülírják a mutációs nyomás hatását az evolúció során? Miért nem észlelhető az APOBEC-hatás?

More Related