1 / 55

PROTEIN

PROTEIN. BIOKIMIA Minggu ke-4. PROTEIN. Apa pentingnya urutan asam amino bagi protein? Pentingkah konsumsi harian protein? Protein seperti apa yang diperlukan oleh seseorang? Bagaimana industri bioteknologi modern mematenkan penemuannya? Bagaimana penentuan adanya protein dalam contoh.

tacita
Télécharger la présentation

PROTEIN

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. PROTEIN BIOKIMIA Minggu ke-4

  2. PROTEIN • Apa pentingnya urutan asam amino bagi protein? • Pentingkah konsumsi harian protein? • Protein seperti apa yang diperlukan oleh seseorang? • Bagaimana industri bioteknologi modern mematenkan penemuannya? • Bagaimana penentuan adanya protein dalam contoh

  3. PROTEIN • Molekul makrobiopolimer yang tersusun dari monomer asam L,-amino yang berkaitan satu sama lain dengan ikatan peptida

  4. FUNGSI • Enzim • Amilase, pepsin, lipase • Struktur • Keratin, gelatin, fibroin, kolagen • Biosinyal • Insulin, reseptor hormon, ensefalin • Bufer • Albumin

  5. FUNGSI • Transpor • Lipoprotein, hemoglobin, histon • Pertahanan sel • Imunoglobin, antibiotik, toksin, bisa ular • Nutrien dan simpanan • Kasein, ovalbumin, gliadin • Pergerakan sel dan molekul intrasel • Aktin, miosin, tubulin, dinein, klatrin

  6. PROTEIN BERDASARKAN STRUKTUR • Primer • Sekunder • Tersier • Kuarterner

  7. STRUKTUR PRIMER • Hanya ikatan peptida

  8. STRUKTUR SEKUNDER • Ikatan hidrogen antara gugus karbonil dengan gugus amina dari atom C yang berbeda • -heliks • -pleated sheet • Paralel • Antiparalel

  9. -heliks

  10. -sheet

  11. STRUKTUR TERSIER • Distabilkan oleh interaksi gugus R • Ikatan disulfida • Ikatan hidrogen • Interaksi hidrofobik • Interaksi hidrofilik • Interaksi ionik

  12. Struktur tersier subunit HMG-KoA reduktase II bakteri

  13. STRUKTUR KUARTERNER • Gabungan beberapa struktur tersier

  14. PROTEIN BERDASARKAN BENTUK • Protein serabut (fibrous) • Kurang larut, amorf, dapat memanjang dan berkontraksi • Keratin, miosin, kolagen, fibrin • Protein globuler • Larut, dapat dikristalkan • Enzim, imunoglobulin

  15. PROTEIN MAJEMUK • Nukleoprotein: ssDNA binding protein • Glikoprotein: musin • Fosfoprotein: kasein • Kromoprotein: hemoglobin • Protein-koenzim: piruvat dehidrogenase-NAD+ • Lipoprotein • Metaloprotein: kalmodulin-Ca2+

  16. REAKSI PROTEIN • Dengan garam • Kelarutan protein meningkat dengan penambahan sedikit garam (salting in) • Protein mengendap dalam garam pekat (salting out • Dengan asam • Sedikit asam mendenaturasi protein • Asam berlebih menyebabkan hidrolisis

  17. REAKSI PROTEIN • Dengan basa • Tidak mengendapkan tetapi menyebabkan hidrolisis, dekomposisi oksidatif, dan rasemisasi • Dengan logam berat • Menghasilkan endapan yang tidak dapat larut kembali • Dengan pereaksi alkoloidal • Mengendapkan protein pada suasana asam • Asam trikloroasetat, asam tannat, asam fosfotungstat, asam fosfomolibdat

  18. REAKSI PROTEIN • Dengan pelarut organik • Menurunkan konstanta dielektrik • Alkohol, kloroform • Dengan pemanasan • Terjadi denaturasi (terurainya protein menjadi struktur primernya) • Terjadi koagulasi

  19. REAKSI UJI PROTEIN • Reaksi Millon: tirosin • Reaksi Biuret: ikatan peptida • Reaksi xantoprotein: asam amino aromatik • Reaksi Hopkins Cole: triptofan • Reaksi ninhidrin: gugus karboksil dan amino bebas

  20. REAKSI UJI PROTEIN • Reaksi Lowry (J. Biol. Chem, 1951) • Menggunakan pereaksi Folin fenol • Standar terbaik Human Albumin • Terganggu oleh ion K+, Mg2+, EDTA, Tris, pereaksi tiol, dan karbohidrat • Reaksi Bradford (Anal. Biochem, 1976) • Menggunakan pewarna Coomassie Brilliant Blue G-250 • Standar terbaik -Globulin • Terganggu oleh deterjen dan sedikit oleh aseton

  21. ISOLASI DAN PEMURNIAN PROTEIN

  22. SENTRIFUGASI • Pemisahan molekul berdasarkan bobot jenis • Teknik yang umum digunakan untuk protein spesifik: ultrasentrifugasi (>20.000 g)

  23. ULTRASENTRIFUGASI

  24. SENTRIFUGASI ZONA • Pemisahan berdasarkan gradien densitas • Umum digunakan sukrosa atau CsCl

  25. KROMATOGRAFI ELUSI

  26. KROMATOGRAFI PERTUKARAN ION

  27. KROMATOGRAFI AFINITAS • Berdasarkan interaksi protein-ligan • Memisahkan satu jenis protein spesifik dari lainnya • Ligan: • Antigen • Substrat • kofaktor

  28. ISOELECTRIC FOCUSING

  29. PENENTUAN STRUKTUR PRIMER • Sekuensing: penentuan urutan asam amino dalam protein • Proteomik: ilmu yang menjelaskan urutan protein fungsional di dalam sel

  30. SEKUENSING • Preparasi protein • Menentukan jumlah subunit • Memotong ikatan disulfida • Pemisahan dan pemurnian subunit • Penentuan asam amino (kromatografi pertukaran ion) • Sekuensing subunit • Memotong protein dengan protease spesifik • Sekuensing menggunakan degradasi Edman • Rekonstruksi protein • Mengurutkan protein berdasarkan fragmen yang overlapping • Penentuan letak ikatan disulfida

  31. DEGRADASI EDMAN

  32. PENENTUAN STRUKTUR SEKUNDER • Ramachandran Plot: penentuan struktur sekunder berdasarkan rotasi ikatan  dan 

  33. Ramachandran plot

  34. PENENTUAN STRUKTUR 3D PROTEIN • Metode: • Kristalografi sinar X • Resonansi magnetik inti • Visualisasi: • VMD: Windows • NAMD: Linux

  35. KROSTALOGRAFI SINAR X • Digunakan untuk menentukan struktur 3D protein • Langkah: • Salting out • Kristalisasi dalam pipa kapiler • Foto sinar X • Perhitungan matematis transformasi Fourier (kepadatan elektron 2D) • Dilakukan beberapa kali

  36. NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE (NMR) • Penentuan protein <30 kDa

  37. VMD-Visual Molecular Display

  38. Luaran VMD

  39. APLIKASI

  40. PENGERITINGAN RAMBUT

  41. PENGERITINGAN RAMBUT

  42. GEL ELEKTROFORESIS

More Related