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Cours 6

Cours 6. VII. Exemples réels publiés. Borrelia valaisiana. B. garinii. B. afzelii. B. burgdorferi. B. Spielmanii. 1. Génétique des populations d' Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse. 0.7. 0.6. 1. 0.5. estimator). 0.4. 0.75. 0.3. is. F. (. 0.5. f. 0.2. 0.1. 0.25.

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Presentation Transcript

  1. Cours 6

  2. VII. Exemples réels publiés

  3. Borrelia valaisiana B. garinii B. afzelii B. burgdorferi B. Spielmanii 1. Génétique des populations d'Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse

  4. 0.7 0.6 1 0.5 estimator) 0.4 0.75 0.3 is F ( 0.5 f 0.2 0.1 0.25 0 (partials) 0 IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All is F -0.25 -0.5 -0.75 -1 109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131 Allele size Déficits en hétérozygotes

  5. B. valaisiana B. afzelii B. burgdorferi B. garinii Distribution sexe spécifique du polymorphisme Biais de dispersion sexe spécifique des tiques

  6. Détection des Borrelia dans les tiques Pour Borrelia burgdorferi P =0.012 ss 0.08 0.07 B. burgdorferi 0.06 0.05 0.04 Prévalence of 0.03 0.02 F M Sex of the tick

  7. Détection des borrélies dans les tiques Pour Borrelia afzelii Saines Infectées Saines Infectées

  8. 2. Candida albicans à Abidjan (Côte d'Ivoire) 14 loci enzymatiques 42 Patients SIDA FPatient≈0.5 (P<0.001) 23 hommes 19 femmes FSex≈0.08 (P<0.02) Fis=-0.97 Fis=-0.66

  9. Clones structurés en de nombreux dèmes

  10. Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire Nm=0.09 Nm=0.01

  11. Conclusions

  12. Echantillonnage: une problème clé et pourtant trop souvent négligé -Echantillonner des individus de la même cohorte -Equilibrer le mieux possible les tailles des sous-échantillons -Au moins 20 individus par échantillons est souhaitable, et pas moins de 5 - Au moins 5 sous-échantillons mais plutôt 10 -Tenir compte de tous les facteurs susceptibles d'avoir un rôle (autant que faire se peut) et noter les coordonnées GPS

  13. Echantillonnage: une problème clé et pourtant trop souvent négligé -Echantillonnages des mêmes sites espacés dans le temps en tenant compte du temps de génération (au moins une génération entre deux échantillons temporels) t1 t1+x

  14. Le choix des marqueurs est capital - Diploïde - Codominants - Autosomiques - Pas moins de 5, 10-20 c'est mieux - Microsatellites dinucléotidiques (non codants) représentent en principe le meilleur rapport qualité/prix - SNPs beaucoup plus chers, deux allèles, pas forcément non-codant, méthode d'isolement biaisante - RFLP chers et gourmands en ADN - MLST chers et matériel codant - Pas d'allèles nuls - Pas de dropout d'allèles - Pas de stuttering - Pas de dominance d'allèles courts - Ne jamais laisser un FIS>0 inexpliqué - Vérifier la constance d'un signal d'un locus à l'autre - Ne jamais hésiter à laisser de côté quelques loci outliers Les marqueurs (ou organismes) haploïdes ne donnent pas accès à la structure locale (pas d'hétérozygotie)

  15. Le cas des haploïdes Virus Mosaïque du tabac Bactériophage Dengue HIV Grippe Ebola Bactéries Eucaryotes haploïdes (Alvéolaires) Escherichia coli Dinophysis Borrelia Plasmodium Vibriocholerae Salmonella Helicobacter pilori Gregarina Taeniasolium Diploïdes homozygotes

  16. Le cas des haploïdes Virus Séquence complète Peu ou pas de zones non codantes Bactéries Séquence complète, séquences, microsatellites Peu ou pas de zones non codantes Eucaryotes haploïdes ou ultra consanguins (homozygotes) A→AA→FST→ Structure, BAPS, AFC, ACP...

  17. Le choix des analyses - Privilégier les analyses multi-locus plus puissantes et plus faciles à interpréter (une seule valeur, une seule P-value) - Se débarrasser des déséquilibres de liaison en 1er - Analyser la structure locale ensuite mais après s'être assuré à quel niveau se situe la plus petite unité démographique (ppud) - Analyser la différenciation aux différents niveau possibles - N'utiliser les tests de différentiation par paire que s'il n'existe pas d'autre solution mais le faire alors de façon planifiée (ne comparer que les paires de ppud pertinentes) pour éviter la perte de puissance liée aux corrections de seuil (Bonferroni) - Ne pas pooler des ppud hétérogènes: il existe des méthodes qui utilisent les individus (isolement par la distance entre individus) - Bien se demander quel est le risque le plus grave dans la décision statistique prise au final: H0 ou H1 - Bien se demander ce que signifient biologiquement H0 et H1 Ne jamais hésiter à demander conseil aux personnes compétentes dans un domaine ou l'autre: Ils sont payés pour ça

  18. Merci pour votre attention et pour votre patience

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