Recherche d’information scientifique et technique

1. Recherche d’information scientifique et technique De la bibliothèque de Montpellier SupAgro aux outils du web Dominique Fournier Inra Montpellier SupAgro 4-5, 7 et 18 novembre 2008

2. Objectifs du TD • Prendre conscience de l’importance de l’IST • Connaître les différentes sources d’IST • Accéder à l’information (bibliothèque  internet) • Acquérir une méthode pour rechercher de l’IST • Optimiser ses recherches d’IST et mettre en place une veille scientifique • Gérer l’information collectée

3. Plan du TD • Définition de l’IST • Méthodologie pour une recherche de l’IST • Les différentes sources d’IST • Sauvegarde de profils de recherche et mise en place d’une veille scientifique • Gestion de l’information collectée

4. L’information scientifique et technique IST • Définition L’IST désigne l'ensemble des informations destinées aux secteurs de la recherche, de l'enseignement et de l'industrie. « Essentielle à la production des savoirs, enjeu majeur dans la concurrence économique et scientifique, elle se caractérise par sa portée internationale, sa validation au sein d'un collège de spécialistes et par la mise en oeuvre de techniques de médiation et d'outils informatiques... » peer-reviewed, comité de lecture, academic literature, … • Indispensable dès le 3ème cycle, et par la suite dans tout rapport ou étude (travail de l’ingénieur) pour se référer, argumenter, justifier …

5. Revues Ouvrages Colloques Brevets Rapports Archives ouvertes Catalogues de bibliothèque Sites web Portails thématiques Bases bibliographiques Listes de diffusion …. Collecte de l’information Traitement de l’information Diffusion de l’information Le cycle de l’ISTau cœur du processus de l’activité scientifique

6. Plan du TD • Définition de l’IST • Méthodologie pour une recherche de l’IST • Les différentes sources d’IST • Sauvegarde de profils de recherche et mise en place d’une veille scientifique • Gestion de l’information collectée

7. Méthodologie pour une recherche d’information - les clés de la réussite - • Bien comprendre la question posée et la controverse sous-jacente • Ne pas se précipiter sur Internet (google) • Choisir la source d’information adaptée à votre recherche et connaître ses spécificités (contenu, langage d’interrogation, …) • Utiliser les termes (ou mots-clés) appropriés à votre question et à la source d’information choisie • Bien gérer ses requêtes

8. Méthodologie pour une recherche d’information - les 5 étapes - • Identifier le sujet • Formuler le sujet • Identifier les sources • Construire la stratégie de recherche • Evaluer les résultats de la recherche

9. Méthodologie – étape 1identifier le sujet • Préciser les objectifs de l’étude étude ponctuelle, mise à jour des connaissances, recherche rétrospective, délai acceptable pour l’obtention des infos budget • Définir les limites de l’étude limites géographiques limites temporelles limites linguistiques types de documents • Identifier les sources disponibles quels sont les services de documentation accessibles (SupAgro, …) quels sont les organismes susceptibles de produire l’info (Instituts techniques, statistiques, professionnels, …) Cas des controverses  discussion avec l’enseignant qui a proposé le sujet

10. Méthodologie – étape 2Formuler le sujet • Décliner le sujet en concepts, mots-clés, disciplines, domaine d’application… Domaines ou niveau d’application (disciplines, …), Termes génériques (famille, disciplines, pathologies, … ) Termes équivalents (synonymes, termes associés) Termes spécifiques (variétés, pathologies, nutriments, …) • Traduire les termes en anglais • Nécessaire pour recherche dans les bases internationales • Utilisation d’ouvrages de références, d’encyclopédies, de dictionnaires, traités, manuels, atlas … accessibles dans les bibliothèques (Montpellier SupAgro, …)

11. Méthodologie – étape 2- Formuler le sujet quelques outils incontournables • Encyclopedia Universalis Accès en ligne à Montpellier SupAgro http://www.universalis-edu.com/ • Grand dictionnaire terminologique 3 millions de termes en français / anglais , synonymies http://www.granddictionnaire.com/ • Termsciences portail terminologique scientifique (thésaurus NAL, FAO, glossaires) http://www.termsciences.fr/

12. Méthodologie – étape 2 - formuler le sujetNotions d’indexation (1) Quand on exécute une recherche avec un moteur de recherche (internet, bases de données), le logiciel exécute une comparaison entre une « chaîne de caractères » et l'ensemble des chaînes contenues dans la base. La sémantique n'est jamais abordée « fruit » #  abricot, pêche  nécessité d’utiliser tous les synonymes possibles avec des risques de synonymie, homonymie, polysémie « fruit »  fruit de la croissance, fruit du travail fruit (et légume) « fruit » = pomme, pêche, poire, abricot, noix, citron, citrus, prunus persica, …  L’ensemble du Web, les bases de données en texte intégral et certaines bases de données bibliographiques sont interrogeables en langage « libre » (ou « naturel »)

13. Méthodologie – étape 2 - formuler le sujetl’indexation avec un langage contrôlé • L’indexation vise à rendre compte sous forme concise les informations contenues dans le document • Elle permet de pallier les problèmes du langage « libre » et faire disparaître ces ambiguïtés, d’harmoniser les langages d’interrogation • Champ : mots-clés, métadonnées L’indexation des documents se fait à partir de : - Index de termes - Liste fermée de termes - Thésaurus (relations hiérarchiques entre termes : Agrovoc, MeSH) - Ontologie (relations fonctionnelles entre termes au sein d’un domaine de connaissances) - Facette

14. Méthodologie – étape 2 - formuler le sujetRemarques sur l’indexation (3)  Aide considérable pour la recherche d’info à condition de connaître le langage utilisé Exemple d’indexation dans la base de données CAB Abstract Cultures énergétiques (manioc, palmier à huile, …) = cultivation of energy crops (non-wood) Cabicodes : SS200 Non-food/Non-feed Plant Products PP100 Energy FF100 Plant Production  3 codes : recherche ciblée Exemple d’indexation dans le catalogue Montpellier SupAgro Thésaurus Théa (enseignement agricole) + des mots libres attention : nombre limité de MC, recherche dans les mots du titre + MC cas des documents deu centre documentation P. Bartoli (SHS) Thésaurus Résagri (Réseau des organismes agricoles pour une documentation technique socio-économique juridique et financière ) Les mots-clés d’auteurs (author keywords) sont souvent des MC libres

15. Méthodologie – étape 2Rechercher les mots-clés utilisés pour indexer votre ouvrage de controverse dans le catalogue de la Bibliothèque de Montpellier SupAgro http://www1.montpellier.inra.fr/bibcampus//indexcampus.html dans le catalogue de l’IAMM http://www.iamm.fr/baseisis/cherche.php Thésaurus : Agrovoc

16. Méthodologie – étape 2Formuler le sujet (exo TD) Identifier les concepts et les mots-clés permettant d’envisager une recherche sur le sujet « Fruits et légumes : simple question de coût ou enjeu de santé publique  » Quels fruits ? Fruits tempérés, fruits exotiques, Fruits secs, petits fruits, agrumes, … Quels enjeux de santé publique ? Maladies cardiovasculaires, obésité, diabète, cancer, ostéosporose, … Quels composés ? Anthocyanes, caroténoides, fibres, … Perception du prix ? Prix d’achat, … Controverse : comportement du consommateur Périmètre de l’étude : Travaux récents, pays développés (Europe),

17. Méthodologie – étape 2Formuler le sujet (exo TD) Identifier les concepts et les mots-clés permettant d’envisager une recherche sur le sujet « Biocarburants : solution miracle ? » Quels biocarburants ? Agro-carburant, biocarburant, biodiesel, diester, bio-éthanol, bio-méthane Quels produits utilisés ? Colza, tournesol, palmier à huile , manioc, canne à sucre, betterave à sucre, maïs, blé… Solution miracle ? Ratio énergétique, émission GES Concurrence avec la production alimentaire ? Prix des denrées agricoles, insécurité alimentaire Périmètre de l’étude Travaux récents, pays développés (Europe)

18. Méthodologie – étape 3 - identifier les sourcesLes ressources documentaires Internet « gratuit » Catalogues Périodiques électroniques Moteurs Bases de données Wikipédia Internet invisible « Non indexé par les moteurs » Ressources payantes accessibles via des portails documentaires, ou à partir de n°IP préalablement déclarés (ex. campus la Gaillarde) à la Bibliothèque Documents physiques Ouvrages Périodiques papier Encyclopédies Dictionnaires Documents dématérialisés Cd-rom Catalogue de bibliothèque Périodiques électroniques Bases de données bibliographiques Livres électroniques (e-book)

19. Méthodologie – étape 4Construire la stratégie de recherche • Les opérateurs booléens • Les opérateurs syntaxiques • La construction par étape • La combinaison des étapes

20. Tarte aux pommes tarte AND pomme Tarte aux pommes Pomme reinette Tarte aux fraises tarte OR pomme Tarte aux poires Tarte au chocolat tarte NOT pomme Méthodologie – étape 4- construire la stratégie de rechercheles opérateurs Booléens • Opérateurs logiques ou booléens • AND (et, tous les mots) • OR (ou, au moins un de ces mots) • NOT (sauf, à l’exception de ces mots) • Opérateurs de proximité (pour affiner une recherche) • Expression exacte, termes adjacents (ADJ, NEAR, WITH, SAME) Intersection Union Exclusion

21. Méthodologie – étape 4- construire la stratégie de rechercheOpérer par étapes Traiter la question par étapes successives en constituant des sous-ensembles de références pertinentes : un concept = une étape Combiner entre elles les différentes étapes grâce aux opérateurs booléens (ET, OU, SAUF) ou aux opérateurs de proximité • Exemple : • Biocarburant et effet de serre et production agricole (cereales) / Études récentes • 4 concepts identifiés = 4 étapes successives • #1 (biofuel or bioenergy or biogas or biodiesel) • #2 (greenhouse gas) or (climate change ) • #3 (cereal or grain or wheat or maize) and (crop or agricultur*) • #4 (2006 OR 2007 OR 2008) •  Requête complexe#1 AND #2 AND #3 AND #4

22. Méthodologie – étape 5Evaluer les résultats de la recherche • Fiabilité des sources interrogées • Bruit / silence de l’équation de recherche • Nombre de réponses • Affiner la recherche (étape supplémentaire, limite thématique, discipline, revue, pays, auteur, type de documents)

23. Plan du TD • Définition de l’IST • Méthodologie pour une recherche de l’IST • Les différentes sources d’IST • Sauvegarde de profils de recherche et mise en place d’une veille scientifique • Gestion de l’information collectée

24. Les ressources documentaires Internet « gratuit » Catalogues Périodiques électroniques Moteurs Bases de données Wikipédia Internet invisible « Non indexé par les moteurs » Ressources payantes accessibles via des portails documentaires, ou à partir de n°IP préalablement déclarés (ex. campus la Gaillarde) à la Bibliothèque Documents physiques Ouvrages Périodiques papier Encyclopédies Dictionnaires Documents dématérialisés Cd-rom Catalogue de bibliothèque Périodiques électroniques Bases de données bibliographiques Livres électroniques (e-book)

25. Choisir les sources en fonction des types de documents recherchés

26. Exo TD: Comment s ’y prendre pour rechercher ces documents ? Ballerini D (2006) Les biocarburants: état des lieux, perspectives et enjeux du développement, Editions Technip, 348 p. Sourie JC, Treguer D (2005) Le développement des biocarburants en France : une analyse de la compétition entre colza ester et colza alimentaire à l’horizon 2010, OCL, Oléagineux, Corps Gras, Lipides, 12(2): 94-97 Hierry A, Etienne A, Danne C, Caulet, C (2008) L'agroéthanol peut-il constituer une opportunité pour la filière vitivinicole ?, Projet Elève Ingénieur, 64 p. Vaitilingom G (2006) Utilisations énergétiques de l’huile de coton, Cahiers d'études et de recherches francophones / Agricultures, 15(1): 144-149 Dupouey JL et al. (2006) Rôle de l'agriculture et des forêts dans l'effet de serre In La chimie verte, Colonna P (éd.), Tec & Doc: 447-486 ,

27. Les catalogues de bibliothèques pour accéder à des ouvrages de référence, ouvrages spécialisés, thèses, actes de congrès, revues scientifiques, dossier, … • Remarques : • Ces catalogues font partie du web invisible (non indexés par Google) : nécessité de les interroger à partir de leur interface de recherche • Les documents sont indexés par les documentalistes à l’aide d’un vocabulaire contrôlé (thésaurus, liste de termes). Il est parfois nécessaire de vérifier si les termes que l’on a choisis pour sa recherche sont utilisés dans le catalogue • Exemple : OGM ? organisme génétiquement modifié ? Plante transgénique ?

28. Les catalogues de bibliothèque quelques incontournables • Catalogue de la Bibliothèque de Montpellier SupAgro (bibliothèque centrale, centre de documentation P. Bartoli, …) • Recherche par auteurs, descripteurs, titre, année, • Recherche par type de document http://www.montpellier.inra.fr/bibcampus/indexcampus.html Nouveauté :https://web.supagro.inra.fr/pmb2008/opac_css/ • BO-MLR : Bibliothèque Ouverte LR (42 bib, CIRAD, CIHEAM, BIU, …) • Recherche par auteur, descripteurs, titre, année, « partout » • Recherche sur 1 nombre limité de bibliothèques http://www.bomlr.info/home.html • SUDOC : Système Universitaire de documentation (2900 établissements, catalogue national) • Recherche par auteur, mot du titre, année • Recherche par type de document http://www.sudoc.abes.fr

29. Les catalogues d’ouvrages numérisés • Google Print projet de numérisation des ouvrages de plusieurs bibliothèques américaines (universités du Michigan, Harvard, Stanford et Oxford ainsi que la New York Public Library).  Recherche par auteur, éditeur, ISSN, mot du titre et « partout » (indexation intégrale) http://print.google.com/ à noter que l’accès à certains documents nécessite une inscription gratuite sur le site • Projet Gallica Bibliothèque numérique de la Bibliothèque Nationale de France du Moyen-âge au XIX°  Recherche par mots du titre, auteur, sujet, + librehttp://gallica.bnf.fr/

30. Rechercher un ouvrage dans un catalogue (exo TD) Localiser les bibliothèques qui possèdent l’ouvrage que vous devez lire pour la controverse pour un prêt éventuel (PEB) Recherche par « titre » dans la BO-MLR et dans le SUDOC http://www.bomlr.info/home.html http://www.sudoc.abes.fr

31. Revues papier A ne pas négliger car tout n’existe pas en version numérique (revues techniques, numéros anciens, …) • Catalogue des périodiques du centre Inra Montpellier SupAgro http://www.montpellier.inra.fr/bibcampus/periodique.htm • Catalogue des périodiques des bibliothèques des établissements membres d’Agropolis http://www.bomlr.info/askonce.jsp?locale=FR • Catalogue national du SUDOC (Système universitaire de documentation) http://www.sudoc.abes.fr

32. Utilisation de l’ISTAccès aux revues (exo TD) Quelle bibliothèque française détient l’une des revues suivantes (format papier) ? Depuis quelle date ? Biomass and bioenergy Energy economics OCL, Oléagineux, Corps Gras, Lipides Montpellier SupAgro http://www1.montpellier.inra.fr/bibcampus//indexcampus.html BO-MLR http://www.bomlr.info/home.html SUDOC http://www.sudoc.abes.fr

33. Les périodiques électroniques • 2 types de périodiques électroniques : • mise en ligne de périodiques existant sous forme papier • apparition de nouveaux périodiques exclusivement électroniques • Rappel : tous les périodiques « papier » existant actuellement n’ont pas forcément leur équivalent électronique » ! • Beaucoup de périodiques « papier » n’ont qu’une partie de leurs articles accessibles en texte intégral, les plus récents (en moyenne actuellement 10 ans) •  Nécessité de consulter des catalogues de périodiques (du centre, Bibliothèque Ouverte, catalogue national du Sudoc, …)

34. Caractéristiques des périodiques électroniques • Accès via des « plateformes éditoriales » ou serveurs des éditeurs (Elsevier, Springer, ...), ou via des intermédiaires (Highwire) • Accès pour tous aux sommaires, résumés des articles • Accès aux articles sous presse (corrected proof, …) • Accès au texte intégral des articles selon certaines conditions (abonnement) • Certains peuvent proposer tout ou une partie de leur contenu gratuitement,immédiatement ou après un délai • Plusieurs formats d’affichage : HTML (avec liens), PDF (pour impression) • Commandes d'articles possibles directement (Pay Per View ou Purchase article)

35. Modalités d’accès aux périodiques électroniques • Par abonnement individuel ou collectif • Accès aux plateformes des éditeurs via des licences « institutionnelles » de bibliothèques liées ou non à un abonnement papier • Accès contrôlé : • à partir des numéros IP des machines : accès transparent pour l’utilisateur • ou contrôle par login/password • Périodiques gratuits : mouvement du libre accès, subventionnés en amont par les institutions académiques

36. Exemples de sites d’éditeur ScienceDirect : 1800 revues éditées par Elsevier, 9 millions d’articles en texte intégral http://www.sciencedirect.com Plateforme CAIRN : 150 revues de sciences humaines et sociales (ici, accès au texte intégral pour 58 titres) Accès à 34 773 articles parus depuis 2001 Les archives sont en accès gratuit, ainsi que les résumés, sommaires et plans d'articles, et le texte intégral de certains articles récents.http://www.cairn.info/accueil.php

37. Périodiques en libre accès : BioMed Central http://www.biomedcentral.com/ • Une centaine de revues en biologie et médecine • Accès à ces revues totalement gratuit pour les lecteurs • Le chercheur qui publie paye les frais administratifs du « peer review » et de la mise en ligne • Copyright laissé au chercheur

38. Revues électroniques à Montpellier SupAgro • Portail Inra : 3600 revues électroniques pour lesquelles on a une antériorité # 10 ans (Science Direct) + bases de données bibliographiques (accès 1 poste à la Bibliothèque) • Liste des revues SupAgro (plutôt techniques) sur l’interface (avec les codes d’accès) et sur internet

39. Rechercher des articles dans une plateforme éditoriale (exo TD) Rechercher les articles publiés par Elsevier sur votre sujet de controverse http://www.sciencedirect.com 3 modes de recherche Quick Search « bioenergy crop » production Browse (feuilleter) Life Sciences > Agricultural and Biological Sciences > Soil Science Ex. Applied Soil Ecology Search Biofuel « energy crop »

40. Les bases de données bibliographiquesquelques définitions (1) • Définition: Ensemble de références de documents regroupées et organisées en fichier informatique • Le producteur de la base de données bibliographiques: • sélectionne et rassemble les documents • les « organise » • les analyse et les « indexe » : ajout de « mots-clés » ou autres informations utiles à la recherche documentaire • Notion de serveur : société qui « héberge » la baseou réalise le cédérom et qui conçoit le logiciel et l’interface d’interrogationExemple : OVID, SilverPlatter, ISI-Thomson, Dialog

41. Les bases de données bibliographiquesquelques définitions (2) • Distinction entre les bases de données bibliographiques (donnant des références de documents) et les bases de données de texte intégral (donnant l’accès au document) : • le périodique scientifique sous sa forme « électronique » est une base de données « en texte intégral » • les sites des éditeurs scientifiques ou plateformes éditoriales (regroupant plusieurs périodiques) sont des bases de données de texte intégral • Un catalogue de bibliothèque est une base de données bibliographiques dont le contenu correspond au fonds documentaire de la bibliothèque • Les bases de données bibliographiques au sens strict ne donnent que des références de documents(il est alors nécessaire de localiser le document primaire : revue, ouvrage) • Les bases de données bibliographiques peuvent donner l’accès au document en texte intégral sous réserve de certaines conditions(contrat entre la base de données et l’éditeur ; selon conditions d’abonnement des utilisateurs)

42. Les bases de données bibliographiquesnotions de champs • Une base de données bibliographiques est constituée d’enregistrements subdivisés en champs » (« fields ») dont le contenu est bien identifié : • Auteur(s) • Titre de l’article (ou du document) • Date de publication • Titre du périodique • Résumé • Mots-clés • Type de document • etc ... • Quand on interroge une base de données, on peut choisir le « champ » à interroger • Le contenu des champs de chaque enregistrement (des chaînes de caractères) constitue des index utilisés lors de l’interrogation • Une question posée oralement « Quels sont les articles écrits par JM Salmon ? » pourra être formulée AU = Salmon JM ou AU = JM Salmon • Le logiciel parcourt l'index « AU » à la recherche de la chaîne de caractère « Salmon JM » ou «  JM Salmon »

43. Les bases de données bibliographiquescritères de choix • Chaque base a un contenu, une spécialité et des spécificités qui lui sont propres • Qui a fait cette base ? Qui est le producteur ? • Quel(s) domaine(s) couvre-t-elle ? • Quels types de documents analyse-t-elle : articles, ouvrages, thèses, actes de congrès, brevets, ... ? • Quelle période couvre-t-elle ? • Quels sont les « champs » interrogeables ? • En quelle(s) langue(s) peut-on l'interroger ? • Y-a-t-il un thesaurus ? Un champ « mots-clés » ? • Lire les documents la présentant et l’aide généralement fournie pour l’interrogation

44. Quelles bases de données bibliographiques pour quel besoin ?

45. Les bases de données bibliographiquesprincipales bases internationales

46. Les bases de données bibliographiquesaccessibles à la Bibliothèque • Renaweb : (accès gratuit sur internet) Réseau national documentaire de l'enseignement agricole effectuant le dépouillement de 350 revues de la presse agricole et généraliste  Interrogation en français par auteur, revues et mots clés (thésaurus) http://www.renaweb.chlorofil.fr/ (accès réservé aux étudiants SupAgro : mot de passe à demander) • Pressed / Pressens : Pour rechercher dans les principaux titres de la presse nationale et régionale - http://www.pressedd.com/index.php?nothing= A la bibliothèque : 2 postes permettant accès au texte intégral • Ialine : Base de données bibliographiques spécialisée en agro-alimentaire (200 revues de la presse professionnelle internationale + ouvrages, thèses, comptes rendus de congrès, rapports et textes réglementaires). Chaque notice comprend un résumé en français.  Recherche par mots-clés, mots libres, thématiques IAA, source, auteur, langue http://www.ialine.com/ (accès réservé aux étudiants SupAgro : mot de passe à demander) • Article@Inist : (accès gratuit sur internet) catalogue des documents reçus par l’INIST CNRS (revue, ouvrage, rapport ou congrès). Recherche par mots du titre, auteur et revues http://services.inist.fr/public/fre/conslt.htm • Ingenta Connect : (accès gratuit sur internet) The home of scholary research (25 millions de références, 32000 revues) http://www.ingentaconnect.com/

47. Identifier les sources à interroger (exo TD) Parmi les ressources documentaires accessibles à MontpellierSupAgro et sur le web, quelles bases de données bibliographiques devrez-vous interroger pour trouver des informations sur votre sujet de controverse ? « Biocarburant » « fruits et légumes » RENADOC / PRESSENS CAB Abstract + Bases de données spécialisées, gratuites sur internet http://www.plateforme-biocarburants.ch/ http://www.fruits-et-legumes.net/

48. Rechercher dans une base de données bibliographique (exo TD) Rechercher dans la base de données PUBMED http://www.pubmed.com - Procéder par étapes et combiner les étapes (History) (biofuel or bioenergy or biogas or biodiesel) AND ("Greenhouse Effect"[MeSH Terms])) - Réduire le nombre de références Limits : link to free full text

49. Internet Catalogue mondial, dans lequel on peut « trouver » de l’information scientifique et technique très efficace quand on connaît ce que l’on cherche exemple : titre d’un article scientifique… Internet est une base de données en texte intégral au sens large, interrogeable par des moteurs de recherche mais attention : à la fiabilité des pages web et des sites (pas forcément scientifiques) contenu d’une page web vs. article scientifique publié dans revue à comité de lecture tout n’est pas gratuit sur internet les moteurs n’indexent pas tous les sites (notamment les sites dynamiques, récents ), ni la totalité des pages d’un site

50. Internet les moteurs incontournables • Google :fonctions avancées http://www.google.fr • Scirus : moteur spécialiséIST http://www.scirus.com Advanced search Possibilité de limiter au type de fichier (pdf) et domaines (Agriculture) • Google Scholar : moteur spécialisé « éducation » http://scholar.google.com/ Advanced search : • CrossRef Search : moteur recherchant dans le texte intégral des articles publiés par 28 éditeurs STM http://www3.interscience.wiley.com/crossref.html • Exalead : http://www.exalead.fr/search Possibilité d’affiner la recherche • Moteur SupAgro (en test) : http://www.google.com/coop/cse?cx=001273209708166733432:7rokjiv-kfq Sélection de sources d’information spécialisées