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Docking@GRID Framework Avancement au 28-10-2008

Docking@GRID Framework Avancement au 28-10-2008. Plan. Principales avancées pour les parties Ligand, Sites Actifs et Docking Processus d’installation de la version 0.1 Quelques mots sur la Collaboration INRIA ADAMS/DOLPHIN. Docking@GRID - Ligand.

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Docking@GRID Framework Avancement au 28-10-2008

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Presentation Transcript

  1. Docking@GRID Framework Avancement au 28-10-2008

  2. Plan • Principales avancées pour les parties Ligand, Sites Actifs et Docking • Processus d’installation de la version 0.1 • Quelques mots sur la Collaboration INRIA ADAMS/DOLPHIN

  3. Docking@GRID - Ligand Rajout et intégration du logiciel Ligand-info pour la visualisation à grande échelle

  4. Docking@GRID – Site actif • Suppression du logiciel Vega • Seul le format .car est accepté en entrée de l’algorithme • Intégration imminente du script de J-C Boisson pour accepter plus d’un format • Perspective : validation ‘biologique’ du script de J-C Boisson.

  5. Docking@GRID – docking (1/4) Intégration de parallel-autodock de Alex Tantar

  6. Docking@GRID – docking (2/4) Docking version avancée : Possibilité d’utiliser la fonction d’énergie d’Autodock

  7. Docking@GRID – docking (3/4) En cours : visualisation UCSF CHIMERA : • Visualisation dans Chimera des meilleurs individus (couples protéine-ligand) toutes les dix générations. • Téléchargement des résultats avec visualisation dynamique de l’évolution des meilleurs individus (animation Chimera) • En cours : rajout d’outils pour la manipulation des molécules (RMSD…)

  8. Docking@GRID – docking (4/4) Perspectives à court terme : • Visualisation des résultats plus complète pour le docking (score…) • Visualisation « en direct » et a posteriori des fronts Pareto lors de l’exécution de Docking (fonction GnuPlot) • Système de réservation pour le cluster puis pour la grille

  9. Installation – enjeux et objectifs • Docking@GRID est un logiciel open-source • La fiche projet ANR prévoit la mise en ligne d’une version de la plate-forme • Licence CeCILL (~GNU/GPL INRIA) choisie • Version 0.1 prête, finition des tutoriels avant sa mise en ligne prochainement

  10. Installation – problèmes et solutions choisies • Docking@GRID est une plateforme Web, c’est-à-dire que pour une installation locale elle nécéssite : • Un serveur Tomcat et un serveur Web • Un serveur de base de données (mysql) • Un ensemble de logiciels tel que openbabel, mpich2 • Pour un utilisateur averti, si aucun des composants n’est installés sur sa machine et en suivant le tutoriel, c’est environ 2h de travail et beaucoup de difficultés rencontrées • Solution : intégrer l’installation de docking@GRID dans un logiciel de déploiement -> FDF-Deployware

  11. Installation – FDF-Deployware • FDF-Deployware est un logiciel développé au sein de l’INRIA et il est libre de droit • http://fdf.gforge.inria.fr • Il permet de déployer beaucoup d’applications, sous linux comme sous Windows (perspective pour le futur)

  12. Installation – deployware / docking@GRID • Workflow : • Téléchargement et décompression de l’archive • Configuration grâce à un script shell qui génère le fichier de configuration de FDF spécifique à chaque utilisateur. • Exécution de FDF-deployware 

  13. Installation – deployware / docking@GRID • Installation et mise en route de chaque composant • Accès à Docking@GRID par un simple clic!

  14. Installation – deployware / docking@GRID Conclusion : Si tout se passe bien, le temps de compiler et d’installer toutes les dépendances, environ 30 minutes

  15. Installation – deployware / docking@GRID • Packages Docking@GRID : • Version deployware (une archive avec toutes les applications) • Version ‘alone’ (un fichier WAR seul) • Sources (Paradiseo, PSP et Docking) • Enregistrement et suivie des utilisateurs qui téléchargent (même principe que pour Paradiseo) • http://dockinggrid.gforge.inria.fr/Download

  16. Installation – tutoriels • Tutoriels d’installation (et utilisation basique): • Pour le déployer (terminé) • Sans le déployer (terminé) • Tutoriels de développement • Pour les développeurs (en cours) • Tutoriels d’utilisation (à faire)

  17. Collaboration Dolphin/ADAMS • Enjeux : SuperComputing, journées Grid –Aladdin : • Démonstration du FDF-deployer sur GRID 5000 pour Super Computing et pour les journées Grid Aladdin • Besoin de déploiement d’une application visuelle, incluant des algorithmes parallélisables sur GRID  Déploiement du framework Docking@GRID

  18. Collaboration Dolphin/ADAMS • Intérêts : • Valorisation de la plate-forme et du projet • Récupération de l’installer pour la version locale • Déploiement sur grille de calcul

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