1 / 24

Detectie van genomische structurele variaties op basis van paired-tag NGS data

Detectie van genomische structurele variaties op basis van paired-tag NGS data. Peter van ‘t Hof. Opbouw presentatie. Structurele Variaties Pair sequencing Clustering Resultaten. 2. Structurele Variaties.

amish
Télécharger la présentation

Detectie van genomische structurele variaties op basis van paired-tag NGS data

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Detectie van genomische structurele variaties op basis van paired-tag NGS data • Peter van ‘t Hof

  2. Opbouw presentatie • Structurele Variaties • Pair sequencing • Clustering • Resultaten 2

  3. Structurele Variaties Genome structural variation discovery and genotyping - Can Alkan, Bradley P. Coe and Evan E. Eichler - Nature Reviews Genetics 2011 3

  4. Structurele Variaties Extreem voorbeeld 4

  5. Mate-pair sequencing Libary Prep F R 5

  6. Paired sequencing • Clustering Computational methods for discovering structural variation with next-generation sequencing - P Medvedev1, M Stanciu1 & N Brudno - Nature Methods 2009 6

  7. Insertsize Fragments Size (bp) 7

  8. Huidige programma • Algoritme vindt wel SV’s die bevestigd kunnen worden • Sample van 700M reads duurt 5 dagen • Veel geheugen vereist • Onhandig in gebruik 8

  9. Hoe? • Programmeren in C++ 9

  10. Nieuw programma • Sample van 700M duurt nu +/- 3 uur(single thread) • Sample van 700M duurt +/- 30 min(multi thread, 8 cores) 10

  11. Vergelijking metoude programma 11

  12. Resultaten Homozygote deletie Inversie 12

  13. Resultaten Hetrozygote deletie Homozygote insertie 13

  14. Filter SVcov = pairs coverage SV Ccov = concordant pairs coverage SVcov / Ccov = Relative to concordant 14

  15. Filter SVcov = pairs coverage SV nCcov = non-concordant pairs coverage SVcov / (nCcov - SVcov) = Relative to non-concordant 15

  16. Test set • 70 Mate-Pair samples van het UMC-U • Vorige analyses zijn per sample of per groep gedaan • Mogelijkheid om te kijken naar populatie SV’s • In totaal meer dan 700.000 ongefilterde niet unieke SV’s 16

  17. Filter 17

  18. Filter 18

  19. Populatie SV’s 19

  20. Confirmatie PCR’s Totaal 96 PCR’s welke van 2 kanten gesequenced zijn • 29 SV's met overlap over het breekpunt10 SV's zonder overlap maar wel beide kanten gezien10 SV's zonder overlap en maar één kant gezien 20

  21. Confirmatie PCR’s Totaal 96 PCR’s welke van 2 kanten gesequenced zijn • 14 breekpunten op een inversie welke in een palindromische sequenties33 breekpunten die niet bevestig konden worden 21

  22. Mogelijke vervolg stappen • Sequenties van onbekende inserts bepalen • Combinatie van paired-sequecing met read-depth en split-read SV-call methodes 22

  23. Conclusie • Tot nu toe is het +/- 150x sneller • De ongefilterde resultaten komen overheen met het oude programma • Filter kan groot deel van de false-positives er uit filteren • Programma kan al als vervanging voor het oude programma gebruikt worden 23

  24. Dankwoord • Hubrecht Instituut • Edwin Cuppen • Marieke Simonis • Wim Spee • Sander Boymans • Maarten van Iterson • Sebastiaan van Heesch • Roel Hermsen • Eward Kuijk • Eward de Bruijn UMC Utrecht Wigard Kloosterman Mark van Roosmalen Ivo Renkens Hogeschool Utrecht Anja ter Avest Eva Greiner

More Related