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In t roduc t ion à l a bioinform a t ique « Génomique Nouvelle G énér a t ion »

In t roduc t ion à l a bioinform a t ique « Génomique Nouvelle G énér a t ion ». BIOLOGISTE  INFORMATICIEN. BIF7000 Etienne Lord Lord.etienne@courrier.uqam.ca. Avant-Propos. La bioinformatique = L’organisation de séquences biologiques dans des bases de données facilement accessibles.

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Presentation Transcript

  1. Introduction à la bioinformatique« Génomique Nouvelle Génération» BIOLOGISTE  INFORMATICIEN BIF7000 Etienne Lord Lord.etienne@courrier.uqam.ca

  2. Avant-Propos La bioinformatique =L’organisation de séquences biologiques dans des bases de données facilement accessibles. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/genbankstats.html

  3. Déroulement du cours • Les sciences « omiques » • La biologie en bref… • Les technologies de séquençage • Discussion sur le génome à 1000$

  4. Les sciences « omiques » Les sciences « omics » requières des technologies à haut-débit ne recherchant pas la précision/qualité, mais plutôt le nombre de résultats Glossaire anglais disponible à : http://www.genomicglossaries.com/content/omes.asp

  5. Le dogme de la biologie Acide RiboNucléique messager Acide DéxoxyriboNucléique ADN  ARNm  Protéine (structure ou enzyme)  

  6. Définitions • Séquence: On parle de séquence comme une suite de nucléotides (ADN/ARN) ou d’acide aminées (Protéines) complète ou non • Génomique: Étude des génomes, donc de l’ADN structurale et fonctionnelle • Transcriptomique: Étude des ARNm d’un tissu • Protéomique: Étude des protéines d’un tissu • Biome: Étude de l’ensemble des génomes ou des séquences dans un échantillon biologique (eau, sol, tissu)

  7. BIOMES ET SÉQUENCES SITE http://www.sorcerer2expedition.org/version1/HTML/main.htm DATA http://www.ploscollections.org/article/browseIssue.action?issue=info%3Adoi%2F10.1371%2Fissue.pcol.v06.i02

  8. Questions pour un biologiste? Unité fonctionnelle ARNm Préservation de l’information ADN On compare un tissu malade Protéine a un autre On compare un homme a un autre

  9. Le problème Adénine Guanine Thymine Cystosine http://benfry.com/chr22/

  10. Le séquençage (1975-2005) Théorie Normal Modifié

  11. Le séquençage classique (1975-2005) • http://www.wellcome.ac.uk/Education-resources/Teaching-and-education/Animations/DNA/WTDV026689.htm Amplification de fragment d’ADN prédéfinis. On séquence un fragment à la fois.

  12. Le séquençage classique (1975-2005) 1975-~2000 2000-2005

  13. Le séquençage nouvelle génération (2005-2008) • les tauxd’erreurssont en moyenne 10 fois plus élevésque les méthodes de séquençage en capillaires • le type d’erreurvarieselon la plate-forme • - la quantité extraordinaire de séquencesoffre la possibilité de générer de l’information de séquence à trèsgrandeprofondeur, ce qui réduit de beaucoup les tauxd’erreurs 1 2 5 3 4 Nature Biotechnology 26, 1117 - 1124 (2008)

  14. Discussion sur le génome • Prix d’un génome proposé : 1000$ À lire pour le prochain cours: twitter/bif7000 -> Article2.pdf http://www.wellcome.ac.uk/News/2009/Features/WTX056032.htm

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