Problem terminologii, nomenklatury i definicji w naukach biologicznych Jacek Leluk

1. Problem terminologii, nomenklatury i definicji w naukach biologicznych Jacek Leluk Uniwersytet Zielonogórski Instytut Biotechnologii i Ochrony Środowiska Jak to jest, że mamy w 98% taki sam genom co szympans, a tylko w 50% taki jak nasz własny ojciec?

2. "O składności członówczłowieczych" Dlaczego ptacy mleka nie dają? Bo musiałyby mieć cyce, które by im wadziły ku lataniu. Andrzej z Kobylina (XVI w.)

3. Czy biologia jest logiczna? Bałagan terminologiczny: • Mitochondria czy chondriosomy? • Co to jest papaina, ficyna, czynnik Hageman? • Czy inhibitor Kazala hamuje aktywność Kazala?

4. Czy biologia jest logiczna? Bałagan terminologiczny, cd. Tłumaczenie podstawowych terminów z różnych dziedzin nauk biologicznych • Double helix - podwójna spirala • alignment - przyrównywanie, uliniowienie, zestawianie, uzgadnianie, dopasowanie • Czy Christmas factor to czynnik bożonarodzeniowy? • dot matrix - dot macierz, macierz punktowa • Inhibitor Bowmana-Birka, czy Bowmana-Birk? • równanie Michalisa-Mentena, czy Michaelisa-Menten

5. Czy biologia jest logiczna? Bałagan terminologiczny, cd. Tłumaczenie skrótów z różnych dziedzin nauk biologicznych • BPTI - Basic Pancreatic Trypsin Inhibitor - Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor - Basic Protein Trypsin Inhibitor • PAM- Point Accepted Mutations- Percent Accepted Mutations • Inhibitor (trypsyny) Kunitza- BPTI - organy zwierzęce, ssaki- STI - soybean trypsin inhibitor

6. Czy biologia jest logiczna? Misinterpretacje: • Sekwencja aminokwasowa genu? • Czy inhibitory z roślin dyniowatych są inhibitorami? • Do czego służy aglutynina z ziarniaków pszenicy? • Co właściwie robią sojowe inhibitory proteinaz? • Dlaczego w biologicznych bazach danych występuje tyle inhibitorów kinaz bez żadnej dokumentacji, że hamują one aktywność kinazową? • Interpretacja pojęć – homologia, identyczność, podobieństwo, pokrewieństwo

7. Czy biologia jest logiczna? Tworzenie teorii w oparciu o wyrywkową wiedzę i fragmentaryczne dane • Stochastyczne macierze substytucji aminokwasowych • Statystyczny opis procesów biologicznych • Symulacje Monte Carlo w analizie struktur białkowych • Struktura trzeciorzędowa a wiarygodność badań rentgenografii strukturalnej kryształów

8. Statistical approaches vs. accuracyHow far may they be improved? Protein secondary structure prediction – accuracy 70-72%(not much changed since 1978) 100% accuracy requires the complete database for all possible structures. For 30 AA polypeptides – 2030sequences/secondary structures Searching the database for appropriate sequence/structure with the rate 1012 sequences/sec. would proceed 1.8 bilion times longer than the age of the Universe.

9. Deformowanie rzeczywistości przez błędne stosowanie dobrych narzędzi Analiza Monte Carlo w analizie i przewidywaniu struktur biomolekularnych - – jaki konkretnie stan jest przewidywany? Modelowanie matematyczne procesów biologicznych – - łańcuchy Markowa, a różnicowanie ewolucyjne białek- problem prawidłowego oszacowania istotności obserwowanego podobieństwa sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych

10. ? Arginine-to-lysine mutational conversion pathways for arginines of different origin

11. Błędy interpretacyjne biologów Aminokwasy i białka – - czy białka zbudowane są z aminokwasów? Definicje i teorie –- definicja gatunku a teoria ewolucji „Biologiczne” definicje, a ich potwierdzenie - Mutacje sprzężone (klastry rozproszone)

12. Błędy interpretacyjne teoretyków Pojęcia „prosty, wyspecjalizowany, pierwotny, prymitywny - (Cyanophyta, Archaebacteria, relacje małpa-człowiek) Globalne i lokalne minima energii cząsteczek –- czy można opisać konkretną konformację dla konkretnego czasu jej trwania? Procesy mikroskopowe mezoskopowe i makroskopowe, a narzędzia ich badania - opis kwantowy cząsteczki wody, a przewidywanie wystapienia tsunami

13. Błędy interpretacyjne teoretyków Problem prawdziwych założeń i właściwych wniosków Czy sekwencja aminokwasowa białek, to tylko eklektyczny łańcuch znaków? Ile jest podstawowych aminokwasów budujących łańcuchy białkowe? - 64 jeśli chodzi o ich relacje genetyczne (presja zmienności mutacyjnej) - 20 na poziomie wyłącznie fenotypowym (podlegającym presji selekcyjnej)

14. Sequence multiple alignment Problem of gap manipulation Any protein can be aligned with each other as homologous/similar anybiologicalstring anybilogicalstripanybiologicalstri-ng anybi-logicalstrip anyproteincanbealigned -an-yprote--i-ncanb-----ealigned

15. Mutacje sprzężone Zjawisko jednoczesnego wystąpienia dwóch lub więcej mutacji warunkującego ich utrzymanie się w sposób wzajemnie zależny. Zgodnie z aktualnie przyjetą hipotezą pozytywnej selekcji darwinowskiej na poziomie molekularnym, mutacje sprzężone odnoszą się do kontaktujących się pozycji w białkach, związane są ze specyficznym oddziaływaniem białko-białko, lub partycypują w zachowaniu aktywności biologicznej i/lub stabilizacji cech strukturalnych cząsteczki.

16. The current explanation of correlated mutations occurrence (example)

17. The three types of distribution of correlated positions present in myoglobins The residue location and relative distribution is shown on tertiary structure of human myoglobin (P0244, pdb1bzp) Position no. and occurring residues Correlation versus position 127 127 [AMSTV] A (58) S (7) 27 [ADEFLNT] ADEFNT E 31 [GKRS] GKRS R 78 [AKLQ] K ALQ 109 [DEGNT] DEGT E 116 [AEHKQST] AEHKQS A 117 [AEKNQS] AEKQS E 122 [BDEN] BDEN D The spot correlation cluster

18. The three types of distribution of correlated positions present inBowman-Birk inhibitor family The residue location and relative distribution is shown on tertiary structure of Bowman-Birk inhibitor from soybean (P01055) Position no. and occurring residues Correlation versus position 13 13 [–ADFIKLMPRSTV] L (11) M (10) A (8) 4 [–RSTVY] V –S S 5 [–KPST] K –S S 7 [AEGKP] A P P 11 [EFHIKLQRST] T EHQ S 21 [EFIKMQT] T Q EQ The narrow correlation cluster

19. The three types of distribution of correlated positions present in eglin-like proteins.The residue location and relative distribution is shown on tertiary structure of eglin C (P01051) Position no. and occurring residues Correlation versus position 67 67 [–DGNT] D (8) G (9) 10 [–ELNQRST] ET LNQRS The dispersed correlation

20. The three types of distribution of correlated positions present in lysozymes The residue location and relative distribution is shown on tertiary structure of lysozyme from rat (P00697, pdb5lyz) Position no. and occurring residues Correlation versus position 80 80 [GHKNR] G (7) H (31) N (16) 30 [ILMV] MV ILMV V 40 [DFKNR] DN N FKNR The dispersed correlation

21. The observed number and contribution of three correlation types in four different protein families The correlation sets consist of 2 to over 20 residues The protein family (number of correlated positions/set) The correlation statistics Total number of correlation sets observed Number of dispersed sets Number of narrow clusters Number of undirected clusters Number of sets related to active center Eglin-like proteins (2-13) 20 7 7 6 1 Bowman-Birk proteinase inhibitors (2-28) 23 4 13 6 9 Myoglobins (2-29) 41 23 9 9 n.a. Lysozymes (2-15) 41 25 9 7 9 All families 125 (100%) 59 (47.2%) 38 (30.4%) 28 (22.4%) -

22. Dialog informatyk – biologProblem wspólnego języka Miski są wypukłe Miski są wklęsłe

23. W całym bogactwie zjawisk przyrodniczych... ...nie zawsze pierwszy nasuwający się wniosek jest zgodny z rzeczywistością