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Introduction aux outils de gestion de références bibliographiques Stage URFIST de Bordeaux

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  1. Introduction aux outils de gestion de références bibliographiquesStage URFIST de Bordeaux 30 avril 2009 Marie-Laure Malingre - URFIST de Rennes 30 avril 2009

  2. Introduction / Outils de gestion bibliographique • Plan • 1 - Contexte d’utilisation • 2 - Définition et applications • 3 - Panorama général • 4 – Présentation de quelques outils et méthodologie 30 avril 2009

  3. Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte • A la base de toute recherche : • Le travail de citation • Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet de recherche ou des sujets connexes • crédibilité scientifique • Réseau de citations intégrées dans la publication • citations dans le texte • notes de bas de page • bibliographie 30 avril 2009

  4. Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte • Les principales étapes • Recherche documentaire et exploration de la littérature scientifique sur le sujet de recherche • Bases de données • Recherche dans le web • Récupération et stockage de références bibliographiques • Constitution d’un corpus de références • Identification et description précises des documents référencés 30 avril 2009

  5. Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte • Les principales étapes (suite) : • Exploitation des références • Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page • Élaboration de la bibliographie • Réutilisation des références pour d’autres travaux : communications à des congrès, articles de revues spécialisées … • Mise en forme des références • En conformité avec des normes d’écriture et de présentation 30 avril 2009

  6. Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte • Les normes : • Normes ISO / AFNOR • Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-005 de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets) • Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques 30 avril 2009

  7. Outils de gestion bibliographique1 - Contexte • Les normes : • Protocoles spécifiques • Style Harvard en Sciences exactes • Recommandations deVancouver en Médecine / Pharmacie • Protocole APA (American Psychological Association) • Protocole MLA (Modern Language Association of America) • Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux • Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues 30 avril 2009

  8. Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications • Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? • Un outil spécialisé qui permet principalement : • de stocker des références issues d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé) • d'organiser et de gérer ces références dans une base de données • de formater les références selon un style donné • de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées. 30 avril 2009

  9. Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications • Typologies des LGR : • Libres ou propriétaires • Gratuits ou commerciaux • En ligne ou à installer en local • Outils individuels ou de partage • Outils à forte intégration web ou outilsà orientation plus bibliographique • Outils professionnels ou plus basiques 30 avril 2009

  10. Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications • Atouts des LGR • Pour le stockage et la gestion des références : • facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données • Pour la publication : • récupération des références lors de l’écriture d’un texte • formatage automatique des références selon les normes d’écriture en vigueur • saisie unique des données et choix d’un format d’édition • Pour le suivi de la recherche documentaire : • liens entre la recherche documentaire et la base personnelle 30 avril 2009

  11. Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique : « Grilles de saisie » regroupant dans des zones différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de lecture Exemple d’une grille JabRef Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications 30 avril 2009

  12. Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique(suite) : Modules de récupération de références depuis des bases de données Filtres Fichiers de connexion Exemple des filtres Refworks Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications 30 avril 2009

  13. Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : Gestion interne de la base Recherche dans la base Tri des références Modification des références … Exemple de recherche EndNote Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications 30 avril 2009

  14. Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique(suite) : Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication Styles Exemple des styles Zotero Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications 30 avril 2009

  15. Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications • Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) : • Éléments complémentaires • Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) • Passerelles vers les traitements de texte • Outils de partage des référence • Aides à la saisie • Lien vers le texte intégral • Possibilités d’annotation, de notes de lecture • Fonctionnalités d’export de la base de références • … 30 avril 2009

  16. Outils de gestion bibliographique2 – Définition et applications • En résumé, pourquoi se servir d’un logiciel bibliographique ? • Pour récupérer des références directement des bases de données bibliographiques vers sa base de travail • Pour retrouver directement à partir des références stockées le texte intégral du document • Pour conserver et utiliser les références trouvées • Pour gérer de nombreuses références 30 avril 2009

  17. Outils de gestion bibliographique2 – Définition et applications • Pour ajouter des notes personnelles à ses références • Pour présenter ses références suivant des normes, des standards ou les « notes aux auteurs » données par les revues • Pour insérer ses références dans un traitement de texte, sous forme de : • Citation dans le texte • Note de bas de page • Bibliographie 30 avril 2009

  18. Outils de gestion bibliographique2 – Définition et applications • Pour exporter des références ou des listes bibliographiques suivant le type de document à diffuser (y compris dans le Web) • Pour gagner du temps … 30 avril 2009

  19. Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils • Un grand nombre de produits • Développement permanent de nouveaux logiciels • Evolution et multiplication des fonctions • Des outils multi-plateformes ou non 30 avril 2009

  20. Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils • Evolution générale : • A l’origine, limités à la gestion de références saisies manuellement • Saisie, Recherche, Tri • Ensuite, multiplication des fonctions : • Lien avec la recherche documentaire dans les bases de données scientifiques • Formatage des références bibliographiques sélectionnées • Proposition de formats d’édition prédéfinis conformes aux normes d’écriture des revues scientifiques • Edition de citations et de bibliographies • Interface directe avec les logiciels de traitement de texte • Orientation web 30 avril 2009

  21. Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils • Quelques logiciels professionnels (commerciaux) connus et utilisés : • EndNote • EndNote Web (en ligne) • ProCite • Reference Manager • RefWorks édités par Thomson Reuters + WriteNotehttp://thomsonreuters.com/products_services/scientific/ResearchSoft/ Logiciel en lignehttp://www.refworks.com 30 avril 2009

  22. Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils • Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques • Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, http://urfist.univ-lyon1.fr/ > Rubrique Ressources pédagogiques): • Les logiciels personnels de gestion documentaire • Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne • Voir diapo suivante 30 avril 2009

  23. Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils Quelques logiciels de bibliographie personnelle 30 avril 2009

  24. Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils • Critères de comparaison et de choixproposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur : • Formats de références disponibles (et possibilité d’en créer de nouveaux) • Possibilité de générer une liste de références à partir d’un traitement de texte • Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en créer de nouveaux) • Possibilité d’importer depuis différentes sources bibliographiques • Capacité de la base • Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de références • Options 30 avril 2009

  25. Outils de gestion bibliographique3 – Panorama des outils • Evaluations comparatives • « Comparison of reference management software » sur Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software • L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/index.html • La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm 30 avril 2009

  26. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Gérer ses références avec : • Zotero • Bibus • CiteUlike • Quelques autres outils • Plateformes en ligne • Connotea • Outils en local • JabRef, EndNote 30 avril 2009

  27. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Zotero 30 avril 2009

  28. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Zotero • Depuis octobre 2006 • Andrew W. Mellon Foundation Center for History and New Media George Mason University • Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0) • Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org • Projet de serveur Zotero (outil en ligne) 30 avril 2009

  29. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Principales fonctionnalités de Zotero • Récupération de données et constitution de la base personnelle • Références multiples / Référence par référence • Intégration dans les « collections » de la bibliothèque personnelle • Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC, Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/index.php/translators • Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web 30 avril 2009

  30. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Saisie manuelle de références • Gestion de la base personnelle • Modification de références • Recherche dans la base • Tri des notices • Ajout de notes de lecture • Ajout de tags (marqueurs) • Export de la bibliothèque de références • Lien de deux notices 30 avril 2009

  31. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Création d’une bibliographie • À partir d’une collection donnée • Formatage dans une style donné (16 styles + page Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles ) • Passerelle avec les traitements de texte • Avec Word et Open Office • Choix d’un style • Insertion de citations • Création d’une bibliographie 30 avril 2009

  32. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Installation de Zotero • A partir de la page http://www.zotero.org • Avec Mozilla Firefox, version 2 ou 3 • Installation complémentaire du module d’interfaçage avec le traitement de texte (Word et Open Office) • Redémarrer Firefox • Icône Zotero en bas à droite de l’écran (réduire ou développer) + Menu Outils > Zotero • Activation / désactivation de Zotero : Menu « Outils > Modules complémentaires » de Firefox 30 avril 2009

  33. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • L’interface de Zotero : en 3 panneaux • La bibliothèque et ses collections • La liste des références d’une collection donnée • Le détail de la référence sélectionnée • + la barre d’action et le panneau des marqueurs 30 avril 2009

  34. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Liste des signets / références Une référence Bibliothèque et ses collections Panneau des marqueurs 30 avril 2009

  35. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • La barre d’outils 30 avril 2009

  36. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • La barre d’outils • Créer une nouvelle collection (ou une sous-collection) • Montrer / cacher le sélecteur de marqueurs • Actions : Importer, exporter une bibliothèque, créer une chronologie, gérer les préférences … • Nouvel élément : créer un type de document et faire le lien vers le fichier de texte intégral • Créer un nouvel élément à partir de la page courante = à partir de la page ouverte dans le navigateur en utilisant les métadonnées du site; une capture d’écran est liée au site 30 avril 2009

  37. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Enregistrer le lien vers la page courante = juste le lien vers le site sans donnée bibliographique • Capturer la page courante = ajouter une capture d’écran (page du site enregistrée sur l’ordinateur personnel) • Nouvelle note indépendante = ajoute une note indépendante d’un élément, ajoutée comme référence • Recherche avancée = recherche dans la base • Passage en mode plein écran 30 avril 2009

  38. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • La référence : onglets 30 avril 2009

  39. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • La référence • Onglet Info = les différents éléments de la référence • Localiser : résolveur de lien • Afficher … : la capture d’écran, le fichier, la page • Onglet Notes = possibilité d’ajouter une note liée à la référence bibliographique • Onglet Fichiers joints = possibilité de joindre un ou plusieurs fichiers à l’élément • Onglets Marqueurs = possibilité d’apposer des tags (mots clés libres) sur une référence • Onglet Connexe= possibilité de faire un lien entre deux éléments (référence, notes) 30 avril 2009

  40. Gestion des collections de la bibliothèque Créer une collection / des sous-collections Nouvelle sous-collection Renommer la collection Supprimer la collection Exporter la collection Classer les références Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie Clic droit 30 avril 2009

  41. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Importer des références dans sa bibliothèque / sa collection • Sites « Zotero compatibles » : voir http://www.zotero.org/translators • Ex : ScienceDirect, Google Scholar et Books, PubMed, Amazon, Revues.org, Citeseer, Bases Ebsco Host, SUDOC … • Sites partiellement compatibles (ex : HAL) • Récupération • de références multiples (en cliquant sur le dossier jaune dans barre d’adresse) • référence par référence (en cliquant sur l’icône de document) Source des images : Maire - AgroParisTech-Engref, Montpellier 30 avril 2009

  42. Import de pages web Création d’un élément à partir de la page web courante Capture d’écran Lien vers page courante Import de fichiers RDF, MODS, BibTex, RIS, Refer/BibIx, Unqualified Dublin Core RDF Choisir la collection adéquate Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie 30 avril 2009

  43. Entrée manuelle de nouveaux éléments et modification des éléments importés Modification des éléments Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie 30 avril 2009

  44. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Annoter ses collections de références Ajouter un tag Afficher les tags et rechercher par tag 30 avril 2009

  45. Créer une note indépendante Créer une note liée à un élément Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie 30 avril 2009

  46. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Recherche dans la bibliothèque de références Fenêtre de recherche avancée, accessible par la barre d’outils Possibilité d’enregistrer la recherche 30 avril 2009

  47. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Créer une bibliographie En utilisant le menu contextuel à partir de la collection souhaitée 30 avril 2009

  48. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Formater sa bibliographie • Utilisation des styles fournis par Zotero • Voir http://www.zotero.org/styles Enregistrement en format RTF ou HTML 30 avril 2009

  49. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Citer dans un traitement de texte depuis Zotero Barre d’outils Zotero dans Word Créer la bibliographie Choisir / Modifier le style Insérer une référence Rafraîchir l’affichage des références Editer une référence Editer la bibliographie 30 avril 2009

  50. Outils de gestion bibliographique4 - Présentation de quelques outils /méthodologie • Un autre exemples : Bibus http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page Spécificités : • Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) • MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs développements à venir • Connexion avec MsWord et OOo • Import/export avec format Endnote et Bibtex • Orienté « Biomed » (connexion Pubmed et EtBlast…) (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice) 30 avril 2009