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Clase # 5: Potencial Estadístico (I)

Clase # 5: Potencial Estadístico (I). Prof. Ramón Garduño Juárez Modelado Molecular Diseño de Fármacos. Potenciales estadísticos. Potencial basado-conocimiento Potencial de fuerza media E=-K b T ln (P/P 0 )

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Clase # 5: Potencial Estadístico (I)

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Presentation Transcript

  1. Clase # 5: Potencial Estadístico (I) Prof. Ramón Garduño Juárez Modelado Molecular Diseño de Fármacos

  2. Potenciales estadísticos • Potencial basado-conocimiento • Potencial de fuerza media • E=-KbT ln (P/P0) • P es la probabilidad observada, P0 es la probabilidad esperada, Kb es la constante de Boltzmann, T es la temperatura absoluta.

  3. Procedimiento • Encontrar una base de datos apropiada de estructuras conocidas • Colectar las probabilidades observadas • Escoger los valores esperados adecuados • Calcular el potencial • Validar el potencial en casos de prueba • Aplicar el potencial a estructuras desconocidas

  4. Construyendo un potencial estadístico

  5. Ejemplos • Proteína A: 3000 residuos, 200 Leu, 100 Ilu • Observables: 500 contactos, 50 de Leu-Ile • Estado de Referencia : ¿Fracción Molar de la proteína entera? ¿O solo de los residuos internos? Depende de las aplicaciones.

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