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Bases microbiologiques pour les cliniciens

Bases microbiologiques pour les cliniciens. Dr Joaquim MATEO Département d’Anesthésie Réanimation SMUR Hôpital Lariboisière, Paris Joaquim.mateo@lrb.aphp.fr. Microbiologie clinique. ORIENTATION DIAGNOSTIC ET THERAPEUTIQUE LIEN OBLIGATOIRE AVEC LE LABORATOIRE Compétence Alerte

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Bases microbiologiques pour les cliniciens

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Presentation Transcript

  1. Bases microbiologiques pour les cliniciens Dr Joaquim MATEO Département d’Anesthésie Réanimation SMUR Hôpital Lariboisière, Paris Joaquim.mateo@lrb.aphp.fr

  2. Microbiologie clinique • ORIENTATION DIAGNOSTIC ET THERAPEUTIQUE • LIEN OBLIGATOIRE AVEC LE LABORATOIRE • Compétence • Alerte • Equipement, médecins, recherche • Responsabilité conjointe • partenariat • INTERET MAJEUR • Structure de la bactérie / implications cliniques • Diagnostic en microbiologie clinique • Traitement antibiotique • Résistance aux antibiotiques • Dosage d’antibiotique • ECOLOGIE ET EPIDEMIOLOGIE BACTERIENNE EN REANIMATION

  3. Pathologie infectieuse et anesthésie réanimation • Pathologie omniprésente • Chirurgie septique, choc septique • Complications chirurgicales postopératoires • Médical • Environnement • Antibioprophylaxie • Infection nosocomiale • hygiène

  4. Qualité : paramètre d’évaluation • Antibiothérapie : contrôle et coût • Écologie bactérienne à l’hôpital • Transmission des bactéries multirésistantes • Taux d’infections nosocomiales • « AAA »

  5. Intérêt du diagnostic précis et du traitement précoce et adapté des infections en réanimation

  6. Pourquoi connaître la microbiologie ? • Diagnostic et orientation thérapeutique

  7. Bases microbiologique : la bactérie • Plus de bactéries que de cellules dans l’organisme humains • Virus, champignons, parasites, prions

  8. %

  9. Table 3–4. Known and Estimated Numbers of Biologic Species.1 Group Known Species Estimated Total Species Percentage of Known Species Viruses 5,000 130,000 4% Bacteria 4,760 40,000 12% Fungi 69,000 1,500,000 5% Algae 40,000 60,000 67% Protozoa 30,800 100,000 31%

  10. Structure des bactéries

  11. La paroi • Toutes sauf mycoplasme • structure constante la plus externe • Intégrité indispensable a la survie • 2 types • Paroi épaisse et dense : peptidoglycane ( chaine glucidique reliées entre elles par des peptides) • Paroi fine et lâche • Peptidoglycane • Membrane externe : lipides ( phospholipides et lipopolysaccharide ) (Mb cellulaire) • Espace périplasmique (penicillinase)

  12. Paroi fine

  13. Paroi épaisse

  14. Paroi externe

  15. Paroi : implications cliniques • Identification GRAM • Antigene • LPS • Multiplication \ Bactéricidie • Efflux • Porine

  16. Fonction de la membrane • Permeabilité et Transport • Diffusion • Binding Protein-Dependent Transport • Chemiosmotic-Driven Transport • Chemotactic Systems • Membrane externe • bilayered structure; • lipopolysaccharide (LPS) • antigénémie antigène O • Cible des antibiotiques • Mort si Mb altérée porine

  17. IDENTIFICATION

  18. Coloration de GRAM • Distingue les bactéries à parois épaisse et fine • Fixation des bactéries sur lame • Coloration violet de gentiane • Mordance à la solution de Lugol • Lavage à l’alcool • Décoloration des parois fines • Parois épaisses restent violette • Surcolore par de la Fushine

  19. GRAM - GRAM +

  20. BGN Klebsiella pneumonia

  21. CG+amas

  22. Les pili • Poils • Pili communs • courts, cassants • Adhésion donc virulence • Protéines : la piline • Antigénémie • Déplacement \ mobilité • Pili sexuels • Relient 2 bactéries • Échange de matériel génétique • Détermine le sexe

  23. La mobilité • Examen direct , état frais • Invasivité • Colonisation du materiel (KT,SU…) • Certaines bactéries sont très mobiles • Leur déplacement est caractéristique ORIENTATION DIAGNOSTIQUE

  24. Exemples coli pyo

  25. KP

  26. Le matériel nucléaire • Pas de noyau • Chromosome unique, circulaire • Un filament hélicoidal d’ADN bicaténaire • 4 bases A-T-G-C • Support des information transmises aux ribosomes pour les synthèses • Cible des quinolones

  27. Les plasmides • Eléments circulaires : • matériel génétique extra-chromosomique • ADN • Autonomes • Se réplique indépendamment du chromosome • Synthèse protéique • Utilisation de substrat • Résistance aux antibiotiques • Transmissibles à d’autres bactéries (BLSE) • Transmission horizontale

  28. Conditions défavorables de survie (bacilles Gram + : Bacillus et Clostridium) formation de spores Sporulation. • Conditions favorables bactéries végétatives Germination. • La spore contient, sous forme condensée, • le génome • une partie du cytoplasme déshydraté • autour d'une enveloppe très résistante. • forme de résistance des bactéries • contaminations d'origine tellurique • (tétanos, charbon, C difficile). la spore

  29. Sporulation • Très résistant • Sporicide • désinfection • Manuportéee • Aéroportée • Résiste au solutions hydro-alccolique

  30. Bactériostatique • Inhibition de la multiplication bactérienne • Bactéricide • Mort de la bactérie, dissolution, ne peut plus se reproduire, IRREVERSIBLE • Stérilisation • Processus physique ou chimique qui détruit complètement toute bactéries vivante SPORES inclues • Désinfectants • Produits capables de tuer les microorganismes sur des objets ou des surfaces inertes. Les désinfectants sont sporostatiques mais pas obligatoirement sporicides. • Septic • Caractérise la présence de bactéries vivantes dans les tissus humains. • Antiseptic • Destruction ou blocage de la multiplication des microorganismes dans des tissus vivants. • Aseptic • absence de microorganismes pathogènes. • Preservation (conservateur) • Prévenir la multiplication des microorganismes dans des produits pharmaceutiques ou l’alimentation. • .

  31. Clostridium Difficile & Diarrheal DiseasePseudomembranous Colitis • « difficile » • Anaérobie, sporulé • Spores : sols, hôpitaux… • La forme active de la bactérie : intestin • Germe G+, la spore G- • COMMENSAL • Transmission féco-orale • 2 toxines A et B • Enterotoxine : perméabilté • Cytotxine : ç épithéliale • Temps transit • absorption Diarrhée

  32. Infections à anaérobies • La majorité des bactéries de la flore humaine normale sont anaérobies. • Leur présence en dehors des sites habituelles (tissus,espaces anatomiques) entraine une infection. • Caractéristiques • (1) Toujours en continuité avec une muqueuse • (2) souvent plurimicrobienne. • (3) tendance a former des espaces clos comme des abcès (poumons,cerveau,plèvre,péritoine,pelvis) et a creuser les couches de tissus. • (4) Pus est extrèmement malodorant. • (5) Sensible à la penicilline sauf Bactéroides et prevotella. • (6) favoriser par la baisse du débit sanguin localement , tissu nécrotique, pas de diffusion des ATB. • (7) Milieux de transport spéciaux, méthode de culture adaptées. Diagnostic difficile et souvent pas de mise en évidence

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