SlideServe
Télécharger Obtenir Pro
Menu
Accueil Pro
Préférences
ApparenceLight Aide et commentaires
© SlideServe · v2026

Transcriptomics on Bio-Linux

kisha avatar
kisha
24 diapositives · 639 Views · Sep 11, 2014

Joe Wood. Transcriptomics on Bio-Linux. Transcriptomics on Bio-Linux. GeneSpring and GeNet Maxd MIAME EST pipeline. GeneSpring. Silicon Genetics Installed on Bio-Linux Licences available for EG grant holders GeNet Database MIAME compliant. GeneSpring Features. Data normalisation

#transcriptomics on bio-linux #transcriptomics on bio-linux ppt #powerpoint #presentation
Transcriptomics on Bio-Linux - slide 1
01 / 24Transcriptomics on Bio-Linux
1 / 17

Télécharger la présentation

Transcriptomics on Bio-Linux
Une image / un lien ci-dessous est fourni (tel quel) pour télécharger la présentation

Politique de téléchargement : le contenu du site vous est fourni TEL QUEL pour votre information et votre usage personnel ; il ne peut être vendu, concédé sous licence ni partagé sur d’autres sites sans l’accord de son auteur.Le contenu vous est fourni TEL QUEL, pour votre information et votre usage personnel uniquement. Téléchargez la présentation en cliquant sur ce lien. Lors du téléchargement, si vous ne parvenez pas à télécharger une présentation, l’éditeur a peut-être supprimé le fichier de son serveur.Pendant le téléchargement, si vous ne parvenez pas à obtenir une présentation, le fichier a peut-être été supprimé par l’éditeur.

F I N

Plus de contenu associé

Transcription de la présentation

  1. Joe Wood Transcriptomics on Bio-Linux

  2. Transcriptomics on Bio-Linux • GeneSpring and GeNet • Maxd • MIAME • EST pipeline

  3. GeneSpring • Silicon Genetics • Installed on Bio-Linux • Licences available for EG grant holders • GeNet Database • MIAME compliant

  4. GeneSpring Features • Data normalisation • Data clustering • 3D visualisation • Pathway views • Expression profile comparison • Scripting • Advanced statistical tools

  5. Data Normalisation

  6. Data clustering

  7. 3D Visualisation

  8. Expression Profile Comparison

  9. Pathway Views

  10. Advanced Statistical Tools

  11. Scripting

  12. GeNet Data Repository • Central database hosted by EGTDC • Store and share microarray data • GeNet Public Data Repository • ~6500 MIAME annotated microarray experiments • Upload to GeneSpring as example data sets

  13. MIAME • MIAME – minimum information about a microarray experiment • Standard for recording microarray experiments • Required by major journals inc. Nature and Lancet • MIAME/Env

  14. MIAME and GeneSpring • Controlled by standardattributes.xml • Defines which attributes for a particular sample must be entered • Required, recommended, optional • Set MIAME options to required – MIAME compliance

  15. Maxd • Microarray Group, University of Manchester • http://www.bioinf.man.ac.uk/microarray/maxd • Open Source • Installed on Bio-Linux

  16. Maxd at EGTDC URL: http://envgen.nox.ac.uk/maxd.html • Maxd homepage • Maxd course notes • Extra installation instructions

  17. Maxd components • MaxdMaker • MaxdLoad • MaxdView

  18. MaxdMaker • Maxd dataschema • EBI -Array Express (MIAME) • maxd.sql • MySQL • PostgreSQL • Oracle

  19. MaxdMaker

  20. Array scanner text file Maxd database MaxdLoad

  21. Array scanner text file Maxd database MaxdView

  22. Why maxd? • Open source • MIAME compliant • Complement to GeneSpring • Extra analysis methods

  23. EST Pipeline • Bio-Linux EST pipeline in development • Trace files • EST sequences • Clustered • Annotated • Submit to dbEST

  24. Integrating GeneSpring/EST • GeneSpring 'genomes' • GeneSpider automatically annotates • GeneTable files • Can create own GeneTables • EST annotations, other lab-specific annotations