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Case studies Reaxys Elena Bernardini

Case studies Reaxys Elena Bernardini. Esempio n. 1. Cercare delle sostanze che abbiano una densità compresa tra 0,9-1,1 g/cm3 Viscosità compresa tra 0,2-0,12 Poise (g/cm*s) Tensione superficiale compresa tra 55-65 dyn/cm Tutti questi parametri sono da considerarsi a 20° C

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Case studies Reaxys Elena Bernardini

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Presentation Transcript

  1. Case studies Reaxys Elena Bernardini

  2. Esempio n. 1 Cercare delle sostanze che abbiano una densità compresa tra 0,9-1,1 g/cm3 Viscosità compresa tra 0,2-0,12 Poise (g/cm*s) Tensione superficiale compresa tra 55-65 dyn/cm Tutti questi parametri sono da considerarsi a 20° C DN.DEN=‘0,9-1,1’ PROXIMITY DEN.T=’20’ AND DV.DV between 0,2 and 0,12 PROXIMITY DV.T=’20’ AND ST.ST=’55-65’ PROXIMITY ST.T=’20’

  3. Cercare tutte le strutture bicicliche con le seguenti caratteristiche Anelli del tipo 6-6, 6-5, 5-5 Gli atomi possono essere C,N, O o S Possono essere anche aromatici Esempio n. 2

  4. Esempio n. 3 • Cerco informazioni sulla sublimazione di composti come in figura a pressione atmosferica • Disegnare la struttura del composto, quindi nelle proprietà avanzate impostare la pressione di sublimazione a 760 mmHg

  5. Esempio n. 4 • Sintetizzare dei pirroli 4-eteroaril-3 sostituiti utilizzando come solvente l’etanolo, possibilmente con una resa superiore al 85%. • Vorrei che almeno uno dei reagenti fosse disponibile per l’acquisto. Come si può fare?

  6. Esempio n. 5 • Identificazione di alcuni composti attivi come antimicobatterici, di derivazione naturale • Recuperare degli spettri relativi alle stesse sostanze • Come fare? Ricerca di spettri di farmaci

  7. Ricerca per proprietà: Properties (Form-based) 1 3 2 • Selezionare la ricerca per proprietà (Form-based) • Cercare le caratteristiche identificative di interesse • Lanciare la ricerca 2

  8. Ricerca per proprietà: Properties (Advanced) 1 3 • Selezionare la ricerca per proprietà (Advanced) • Scrivere nel campo Check Syntax • Lanciare la ricerca 2 Anituberculotic effect è un altro termine con cui cercare antimycobacterial activity si possono cercare in OR

  9. Combinazione dei risultati delle ricerche Utilizzando la History è possibile combinare in vario modo i risultati di 2 o più ricerche effettuate

  10. Filtrare i risultati di una ricerca 1 2 • Selezionare il filtro sui prodotti naturali • Lanciare la ricerca • Visualizzare i risultati

  11. Esempio n. 6 La reazione thio-Michael porta alla formazione di legami carbonio-zolfo attraverso l’addizione dello zolfo nucleofilo sul centro elettrofilo di un alchene Molte molecole chirali contenenti legami C-S hanno dimostrato proprietà farmacologiche Cercare delle sintesi in ambiente acquoso con catalizzatori come b-ciclodestrina o albumina serica bovina Addizioni stereoselettive thio-Michael

  12. 1 2 3 • Disegnare lo schema della reazione di interesse utilizzando l’editor configurato • Selezionare le voci di interesse • Lanciare la ricerca • Attendere la risposta 4 October 23, 2014 Slide 12

  13. Filtrare i risultati della ricerca 3 1 • Applico al set di risultati il filtro sul solvente H2O • Selezionare il solvente • Limitare la ricerca • Attendere la risposta October 23, 2014 Slide 13 2

  14. Il filtro sui risultati (catalizzatore) 1 • Applico al set di risultati il filtro sul catalizzatore • Selezionare il catalizzatore • Aprire l’elenco completo • Lanciare la ricerca 3 2

  15. 2 1 3 • Risultati della ricerca • Briciole di pane per ritornare indietro ai passi precedenti • Visualizzare i dettagli del prodotto della reazione

  16. Esempio n. 7 • Cercare composti contenenti il Vanadio (V) • IDE.MF=‘*V*’

  17. Esempio n. 8 • Cercare composti naturali con proprietà antimalariche associate ad alcune piante Genus: • Cunonia • Dysoxylum • Croton • Garcinia • Calophyllum • Morinda • PHARM.E = 'anti-malaria';'anti-malarial activity';'anti-malarial' AND INP.INP = '*cunonia*' ; '*dysoxylum*' ; '*croton*' ; '*garcinia*' ; '*calophyllum*' ; '*morinda*'

  18. Esempio n. 9 • Trovare ligandi per il solco minore del DNA con bassi valori di IC50. Esistono composti isolati da fonti naturali? • Questo quesito ha vari approcci possibili

  19. Cerco nei basic Index BI.BISUB = 'minor' NEXT BI.BISUB = 'groove' PROXIMITY BI.BISUB = 'bind*'   Quindi applico il filtro sulle sostanze naturali • Oppure effettuo tutta la ricerca nelle proprietà BI.BISUB = 'minor' NEXT BI.BISUB = 'groove' PROXIMITY BI.BISUB = 'bind*' PROXIMITY PHARM.TY = 'ic50’ • Oppure effettuo la ricerca partendo dalla letteratura e applicando i filtri Citation Basic Index: 'minor AND groove AND bind*') AND (PublicationYear: Allyears) filtered by Natural Product availablefiltered by Bioactivity

  20. Esempio n. 10 Cercare reazioni catalizzate da complessi cationici del Rodio (I). Un esempio di catalizzatore di questo genere è bis(1,5-cyclooctadiene)rhodium (I)

  21. Disegnare la struttura da ricercare Dopo aver disegnato la struttura nell’editor trasferirla nella schermata di ricerca

  22. 1 • Copiare la molecola nel reaction tab

  23. 1 3 • Applico al set di risultati il filtro sul catalizzatore • Selezionare le caratteristiche del composto • Impostare ulteriori filtri • Lanciare la ricerca 2 October 23, 2014 Slide 23

  24. Quando si esegue una ricerca per "similarity" i risultati vengono prima presentati in formato riassunto. 1. cliccare per vedere 2. dettaglio dei risultati 1 2 October 23, 2014 Slide 24

  25. Esempio n. 11 • Disegnare con l’editor di Reaxys la seguente struttura • Cercare i catalizzatori nel db che hanno questa struttura Questo legame si ottiene selezionandolo, tasto destro del mouse, editbondany

  26. Disegnare la molecola e selezionare la funzione di Catalyst nel Search text in all facts

  27. Esempio n.12 • Cercare le sostanze riportate all’interno di una lista di brevetti e da queste esportare i dati sugli enzimi con i valori di IC50

  28. Una lista di brevetti si importa da un file di testo con il formato • CIT.PN=ep1193256;ep1193252;wo200/123113;us101004 • Quindi Load Query/Batch dal file • In questo modo vengono cercati i documenti desiderati • Successivamente si selezionano i dati di interesse per l’output. Prima di fare l’output, selezionare i filtri di interesse sulla Bioactivity e su IC50

  29. Esempio n. 13 Formazione di una catena di-n-propilamminoetilica su un anello condensato Vorresti cercare in Reaxys reazioni simili e vedere le procedure sperimentali e i dettagli di reazione, per trovare la sequenza migliore e più veloce per ottenere il tuo risultato. Sei anche interessato agli aspetti di sicurezza, reattività, costo dei reagenti utilizzati

  30. Esempi di addizione per di-n-propilammina

  31. Risultati ottenuti Si ottengono varie reazioni: prendiamo 2 differenti sostituenti 1. bromo 2. tosil

  32. Esplorare le procedure sperimentali La procedura sperimentale contenuta in un brevetto è nel record di Reaxys e spiega esattamente come condurre l’esperimento

  33. I brevetti in Reaxys • I record dei brevetti possono anche includere informazioni del frontespizio come il Patent family members (tutti i numeri del brevetto, il numero di applicazione), codici di genere, reazioni, sostanze, comprese le strutture Markush

  34. Esempio di brevetto in Reaxys

  35. Quali altri metodi sono stati usati per sintetizzare questa sostanza? Il record di questa sostanza contiene ulteriori informazioni. Oltre alle proprietà visualizzabili in Reaxys si può trovare una lista di 38 preparazioni

  36. Quali altri metodi sono stati usati per sintetizzare questa sostanza?

  37. Creare un Synthesis Plan (1) Dopo aver selezionato una reazione, pianifica il tuo percorso personalizzato per ottenere il prodotto cliccando il link “Synthetize”, per visualizzare o pianificare lo schema di reazione

  38. Creare un Synthesis Plan (2) Trova dei modi per sintetizzare il precursore bromoetilico Clicca sul link Synthetize per vedere e selezionare le reazioni del secondo step

  39. Synthesis Plan: i reagenti Yield Conditions References Stage #1: in water; acetonitrileT=065– 70 C;1.25 h; Stage #2: With hydrogen chloride in water pH=2 Show Experimental Procedure WithSodium hypophosphite; palladium on activated charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating WithSodium hypophosphite; palladium 10 percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate 1h Heating/reflux;Show Experimental Procedure Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details • 1 50% • 2 95% • 88.97% Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A;Oxley, P.W.; et al. Journal of HeterocyclicChemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details Guarda i reagenti e i catalizzatori per ciascuno step e il link ai dati sui reagenti e il catalizzatore Step 2

  40. Quanto è sicuro questo reagente? Hazmat Navigator permette di visualizzare i rischi di reazione, ma non abbiamo l’abbonamento L’evaporazione di soluzioni acquose per riscaldamento può causare esplosioni, si sviluppa fosfina

  41. Yield Conditions References Stage #1: in water; acetonitrileT=065– 70 C; 1.25 h; Stage #2: With hydrogen chloride in water pH=2 Show Experimental Procedure With Sodium hypophosphite; palladium on activated charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating With Sodium hypophosphite; palladium 10 percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate 1h Heating/reflux; Show Experimental Procedure With iron (III) chloride; acetyl chloride in dichloro- methane T=0 – 5 C; 3 h; Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details • 1 50% • 2 95% • 88.97% • 3 53% Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A;Oxley, P.W.; et al. Journal of HeterocyclicChemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/80333 A1, 2005 Location in Patent: Page/Page column 22; Title/ Abstract Full Text Show Details Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A;Oxley, P.W.; et al. Journal of HeterocyclicChemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882Title/ Abstract Full Text View Citing Articles Show Details Synthesis Plan: le fonti Aggiungi un 3° step del tuo piano: ciclizzazione del beta-nitrostirene a 3-cloroossiindolo indotta da cloruro ferrico. Step 3 Vedi il full text dell’articolo.... .....o vedi la lista di articoli che citano questo

  42. La lista di articoli che citano: “Some Synthetic Approaches to Ropinirole (SK and F 101468-A): A PotentDopamine Receptor Agonist ” può essere visualizzata in Reaxys

  43. Il progetto Yield Conditions References Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details Stage #1: in water; acetonitrile T=065– 70 C;1.25 h; Stage #2: With hydrogen chloride in waterpH=2 Show Experimental Procedure WithSodium hypophosphite; palladium on activated charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating WithSodium hypophosphite; palladium 10 percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate 1h Heating/reflux;Show Experimental Procedure With iron (III) chloride; acetyl chloride in dichloro- Methane T=0 – 5 C; 3 h; With Sodium methylste in methanol T=0 C; 1h • 1 50% • 2 95% • 88.97% • 3 53% • 4 80% Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A;Oxley, P.W.; et al. Journal of HeterocyclicChemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A;Oxley, P.W.; et al. Journal of HeterocyclicChemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A;Oxley, P.W.; et al. Journal of HeterocyclicChemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details Aggiungi lo step finale allo schema di reazione Step 4

  44. Sintetizzare o comprare? NMR IR Melting Point Crystal Property Description Usa i dati analitici in Reaxys e confrontali con le tue sostanze sintetizzate

  45. Sintetizzare o comprare? Acquistare i reagenti?

  46. Creare un report da un Synthesis Plan I dettagli per ciascun passaggio possono essere salvati o esportati in un report

  47. Cercare uno spettro NMR • Cercando uno spettro NMR particolare in un solvente specifico (ad esempio Cp*H in THF-d8), il modo più veloce per ottenere risultati è usare le • Properties (Advanced) nella “substance query page”. selezionare la voce “NMR Spectroscopy” e quindi il solvente desiderato

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