Reaxys

1. Reaxys Elena Bernardini Biblioteca di Scienze del Farmaco

2. L’agenda di oggi • Cos’è Reaxys • Come si accede • Come si usa • Case studies

3. Cos’è Reaxys? • Banca dati con interfaccia web per il recupero di informazioni su composti chimici, reazioni chimiche e citazioni bibliografiche • Contiene informazioni bibliografiche provenienti da diverse fonti (riviste e brevetti) e dati fattuali dalle stesse fonti • Dati sperimentali misurati e non quelli calcolati • Reazioni • Dati sulle sostanze

4. Che ambiti di ricerca in Reaxys? • Chimica organica • Chimica inorganica • Chimica metallorganica • Chimica farmaceutica • Biochimica e scienze biologiche • Chimica analitica • Chimica fisica • Chimica ambientale • Chimica dei materiali…

5. Interoperabilità con SciverseScopus I prodotti dello stesso publisher contengono link reciproci Attraverso il link aSciVerseScopus, ai full-text sul sito dei publisher e delle banche dati brevettuali È possibile l’accesso alla propria biblioteca digitale configurando l’OpenURLresolver

6. Reaxys e SciVerse Scopus: usare approcci diversi Ricerca chimica • Dati sulle proprietà sperimentali • Dati di bioattività • Informazioni sulla sintesi • Sostanze correlate con attività simile Dati sulle sostanze Dettagli chimici Dettagli in letteratura Pubblicazioni • Informazioni sugli autori • Campi di ricerca attivi – citato da, nuovi articoli • Keywords, abstract • Multidisciplinarietà • Ricerca per area disciplinare Ricerca bibliografica

7. Copertura bibliografica • I dati storici risalgono al 1771, attraverso la copertura di riviste e brevetti. I dati vengono estratti dalle pubblicazioni solo se contenenti la struttura chimica, dati sperimentali e citazioni affidabili • La copertura delle riviste può non essere del 100%, qualora ci siano pubblicazioni che mancano di queste informazioni

8. La ricerca in Reaxys Ricercabibliograficatradizionale Come avreidovutolavorare? Leggere ogni singolo articolo Ricercafattuale con reaxys 8

9. I dati fattuali e bibliografici 1H NMR 300 MHZ

10. Cosa contiene Reaxis Organic Da Beilstein: informazioni su strutture, reazioni, proprietà di composti organici del carbonio da riviste dal 1771. Brevetti 1869-1980 Sono inclusi solo dati validati sperimentalmente, non dati calcolati o estrapolati Reaxys Inorganic & Organometallic Patents Da Gmelin: informazioni su strutture e proprietà di composti inorganici e matalloorganici da riviste e brevetti dal 1772 Informazioni su brevetti selezionati in lingua inglese (WO, US, EP; dal 1976) appartenenti alle principali classificazioni chimiche: C07, A61K , A01N, C09B

11. Integrazione con Pubchem • PubChem è un db gratuito che fornisce informazioni su composti chimici e bioattività • La sia integrazione con Reaxys permette la ricerca in parallelo della stessa struttura nei due db con I risultati presentati nell’interfaccia di Reaxys • I TOC sono linkati a Pubchem

12. I vantaggi dell’integrazione di Pubchem • Stessa query e ricerca parallelo in entrambi i db con una sola interfaccia e una copertura di circa 40 M di composti • I risultati sono suddivisi in due set, filtrati e visualizzati nel contesto • Sovrapposizione tra i due bd del 16%-20% • Ci sono link diretti da Reaxys a PubChem • Sono disponibili le reazioni di Reaxys per i composti che non fanno match in PubChem • Con un’unica interfaccia è possibile creare dei synthesis plans attraverso composti simili di Reaxys per ciò che è unico in Pubchem, con un’unica interfaccia tra i database • “Synthesize” hyperlink to Reaxys Synthesis Planner and Xcelerate AutoPlan

13. Approved drug filter • È ora disponibile un filtro che consente di selezionare i composti che già hanno la licenza per l’uso farmaceutico (FDA e EMA)

14. Come si accede?

15. Banche dati d’Ateneo

16. Selezionare la banca dati Consultabile anche da casa, previa autenticazione nell’home page della Biblioteca Digitale

17. Registrarsi per usare servizi personalizzati • Solo in questo modo è possibile configurare l’editor di struttura, salvare strategie e risultati della ricerca, creare alert

18. Application settings

19. Come si usa? 3 tipologie di ricerca base Ricerca di letteratura Ricerca per reazioni Ricerca per sostanze

20. Come si usa • Query: Reactions tab, Substances tab, Literature tab • In Reaction Query tab e Substances Query tabsi può ricercare usando le strutture o testoLe strutture possono essere disegnate con un editor, o si possono ricercare per nome • In Literature tab si può ricercare per dettagli bibliografici e keyword • Le query si possono salvare e lanciare successivamente

21. 3 tipologie di ricerca 2 1 3 4 • Ricerca per reazione • Ricerca per sostanza o proprietà chimico fisica • Ricerca bibliografica • Ricerca per nome • Lanciare la ricerca 5 La ricerca per formula è la più consigliata

22. Ricerca per condizioni base e avanzata 1 • Ricerca per reazione • Ricerca per Condizioni di reazione base e avanzata • Ricerca per nome della struttura 2

23. Ricerca per proprietà base e avanzata 1 • Ricerca per sostanza e proprietà • Ricerca per Proprietà base e avanzata 2

24. Ricerca bibliografica base (1) Quick Search Authors/Assignees Journal Title Patent Number Patent Country Publication Year Advanced Searching 7 1 2 3 4 5 6

25. Ricerca bibliografica base (2) Aprirel’elenco per cercare la voce di interesse 1

26. Ricerca bibliografica avanzata 1 2 3 Ricercaavanzata Cercareil campo scrivendoilnome Cercareil campo espandendol’elenco

27. Ricerca bibliografica avanzata Espanderel’elencodelleproprietàricercabili Attenzione: alcuneproprietàricorrono in piùgruppi con sintassi diverse: megliocercarle per nomecheespandendoglielenchi 1 2

28. I risultati della ricerca • I risultati appaiono in modo diverso a seconda del tipo di ricerca • Ogni reazione o sostanza è accompagnata dalla bibliografia già de-duplicata • Reaction Results Tab • Reaction Tab • Citations Tab • Substances and Properties Results Tab • Grid Tab • Table Tab • Citations Tab • Literature Results Tab

29. Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare 4 7 5 2 1 Dettagli di reazione Link a Reagenti e catalizzatori Dettagli sperimentali: con i brevetti Visualizza/nascondi i dettagli di reazione Trova reazioni simili Visualizza il dettaglio sulla sostanza Zoom Disponibilità commerciale 8 6 3

30. Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare 4 1 2 3 Ordinamento Filtri Filtro per sottostruttura Limita ai selezionati

31. Risultati della Ricerca per reazioni: tabulare • Full Text and View Citing Articles • Briciole di pane per la navigazione • Reazioni Multi -Step 1 1 2 3

32. Visualizzazione di una reazione Multi-Step • Le icone hanno lo stesso significato in ogni schermata

33. Risultati della ricerca per reazioni: citazionale 3 2 1 2 • Contenutodeidocumenti • Full Text e citazioni • Markush Viewer (Show all substances) 1

34. Risultati della ricerca per sostanze: tabulare 4 2 1 3 • Informazionisullasostanza • Vedidatispecificidisponibili • Veditutti I dati • Dati di reazione

35. Risultati della ricerca per sostanze: griglia Le icone e i tipi di informazionerecuperabilisonosemprerappresentatidallestesseicone e etichette

36. Risultati della ricerca per sostanze: citazionale 2 1 Le iconesonosempre le stesse. Nelformatocitazionesivede la referenza del documento, ilnumero di citazioni di Scopus, link al full text Cliccando sui termini siaprono e sivisualizzanol’abstract, le reazioni, le condizioni di reazioneecc..

37. Risultati della ricerca bibliografica 2 Nel formato citazione si vede la referenza del documento, il numero di citazioni di Scopus, link al full text. Le informazioni possono essere leggermente diverse se provengono da Brevetti o da riviste Cliccando sui termini si aprono e si visualizzano l’abstract, le reazioni, le condizioni di reazione ecc.. 1 1

38. History • La History permette di ritornare sui propri passi • Rivedere i risultati di una ricerca precedente • Ritornare alla stringa ricerca precedente • Combinare i risultati di due o più ricerche • Salvare i risultati • Cancellare i risultati salvati

39. History 1 2 1 Risultatiricercabibliografica Risultatiricerca per sostanza Risultatiricerca per reazione

40. Alert • Un Alert si ottiene salvando una ricerca nel proprio spazio personale sul server remoto di Reaxys • Si può scegliere di lanciarla una volta al mese o ogni volta che il db viene aggiornato • Si riceve un email con il link a Reaxys • Si possono salvare al massimo50 Alerts

41. Creare un alert

42. Gli Alert salvati • Se non si vuole attendere il momento dell’aggiornamento, è possibile lanciare la stessa query cliccando su Edit query

43. Ricerca per sostanza • La ricerca per sostanze può essere condotta in vari modi • Oltre alla struttura chimica, il db contiene informazioni sulle proprietà delle sostanze, dei composti e delle reazioni, da riviste e brevetti • I campi ricercabili sono moltissimi. Quando un dato esiste nelle fonti indicizzate, il dato diventa chiave di ricerca

44. Ricerca avanzata per proprietà • La ricerca avanzata per proprietà richiede esperienza e una buona conoscenza della materia. Meglio cominciare espandendo le voci per farsi un’idea della disponibilità • Fare anche attenzione allo spelling dei termini • L’elenco dei termini è disponibile nell’Help in linea https://www.reaxys.com/reaxys/WebHelp/Reaxys_Help.htm?ver=0.2.11926#All_Files/Query_Page.htm

45. Operatori Booleani (1)

46. Operatori Booleani (2)

47. Gli editor di struttura chimica • Si utilizzano degli editor per disegnare le molecole, o si possono importare strutture salvate • DisponibiliChemAxon MarvinSketch (basato su Java), Dotmatics Elementalchenon richiede installazione • Reaxys può essere configurato con altri editor. Gli editor esterni non sono supportati sui Macintosh • CrossFire Structure Editor • Accelrys ISIS Draw • Accelrys Draw • CambridgeSoft ChemDraw • InfoChem ICEdit • Maggiori dettagli nell’Help in linea

48. Ricerca per struttura • Ricerca semplice: di default ricerca la struttura esatta, inclusi isotopi, miscele, sali, ioni, radicali, stereochimica • È possibile modificare l’impostazione punto per punto • Usare l’editor per disegnare. In alternativa usare la funzione Generate Structure from Name

49. Combinare struttura e proprietà • La ricerca per struttura può combinarsi con i dati di proprietà utilizzando l’apposito comando (semplice o avanzato)

50. I dettagli di ricerca struttura (1)