SlideServe
Télécharger Obtenir Pro
Menu
Accueil Pro
Préférences
ApparenceLight Aide et commentaires
© SlideServe · v2026

Assembly

lotus avatar
lotus
11 diapositives · 430 Views · Apr 23, 2013

Assembly. Sequence assembly . Reads. Contigs. Scaffolds. Four approaches to assembly. Naïve approach Greedy approach Overlap / Layout / Consensus de Bruijn Graphs. Current assemblers. LIGR Assembler (derived from TIGR Assembler) MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly) Newbler

#high-level assembler #fap #disassembler #nanofactory #bss #fasm #assembly program #assembler
Assembly - slide 1
01 / 11Assembly
1 / 17

Télécharger la présentation

Assembly
Une image / un lien ci-dessous est fourni (tel quel) pour télécharger la présentation

Politique de téléchargement : le contenu du site vous est fourni TEL QUEL pour votre information et votre usage personnel ; il ne peut être vendu, concédé sous licence ni partagé sur d’autres sites sans l’accord de son auteur.Le contenu vous est fourni TEL QUEL, pour votre information et votre usage personnel uniquement. Téléchargez la présentation en cliquant sur ce lien. Lors du téléchargement, si vous ne parvenez pas à télécharger une présentation, l’éditeur a peut-être supprimé le fichier de son serveur.Pendant le téléchargement, si vous ne parvenez pas à obtenir une présentation, le fichier a peut-être été supprimé par l’éditeur.

F I N

Plus de contenu associé

Transcription de la présentation

  1. Assembly

  2. Sequence assembly Reads Contigs Scaffolds

  3. Four approaches to assembly • Naïve approach • Greedy approach • Overlap / Layout / Consensus • de Bruijn Graphs

  4. Current assemblers LIGR Assembler (derived from TIGR Assembler) MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly) Newbler Phrap SSAKE SOAPdenovo SPAdes Velvet • AMOS • CAP3 • Celera WGA Assembler • CLC Genomics Workbench • DNA Dragon • DNAnexus • Euler • Geneious • IDBA (Iterative De Bruijn graph short read Assembler) • KiKi

  5. Current assemblers LIGR Assembler (derived from TIGR Assembler) MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly) Newbler Phrap SSAKE SOAPdenovo SPAdes Velvet • AMOS • CAP3 • Celera WGA Assembler • CLC Genomics Workbench • DNA Dragon • DNAnexus • Euler • Geneious • IDBA (Iterative De Bruijn graph short read Assembler) • KiKi

  6. Assembly RAST • Pipeline for automatic assembly • Works with fasta, fastq, single end, paired end • Runs multiple assemblers in parallel • Combines contigs

  7. Hybrid assembly Geni Silva

  8. Sequence assembly Reads Contigs Scaffolds

  9. scaffold_builder http://edwards.sdsu.edu/scaffold_builder Silva et al. Source Code for Biology and Medicine 2013, 8:23

  10. Bandage to view graphs Bandage: Ryan Wick: http://rrwick.github.io/Bandage

  11. Bandage to view graphs Bandage: Ryan Wick: http://rrwick.github.io/Bandage