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龙星课程 — 肿瘤 生物 信息学上机课程

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龙星课程 — 肿瘤 生物 信息学上机课程. 曹莎 Email:scaorobin@sina.com. 课程安排. 各类数据类型的介绍，简单的 R 入门 ; 差异性表达的检验 , 假阳性检验 (FDR), 批次效应 (batch effect) ； 基因表达数据和蛋白表达数据的相关性 ； 基因突变数据以及表达通路的富集分析 基因表达数据的相关性以及双聚类分析 各类数据的整合 基因表达数据和 metabolic profiling 的数据；基因表达数据和表观遗传数据的整合. NMF R package.

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龙星课程 — 肿瘤 生物 信息学上机课程

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Presentation Transcript

  1. 龙星课程—肿瘤生物信息学上机课程 曹莎 Email:scaorobin@sina.com

  2. 课程安排 • 各类数据类型的介绍，简单的R入门; • 差异性表达的检验, 假阳性检验(FDR), 批次效应(batch effect)； • 基因表达数据和蛋白表达数据的相关性； • 基因突变数据以及表达通路的富集分析 • 基因表达数据的相关性以及双聚类分析 • 各类数据的整合 基因表达数据和metabolic profiling的数据；基因表达数据和表观遗传数据的整合

  3. NMF R package • http://cran.r-project.org/web/packages/NMF/NMF.pdf

  4. 矩阵分解 • H: proportaion • W: signature

  5. NMF result

  6. RNA表达和蛋白表达的相关性 • 什么类型的基因相关性最大？

  7. ggplot2 • http://www.cookbook-r.com/Graphs/Plotting_distributions_(ggplot2)/

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