Molekulární fylogenetika primárních endosymbiontů hmyzu

1. Molekulární fylogenetika primárních endosymbiontů hmyzu Benjamín Skála vedoucí práce: Václav Hypša

2. Endosymbionti hmyzu • bakterie žijící v tělních buňkách • primární X sekundární Moran, 2006

3. P-endosymbionti • mutualistický vztah s hostitelem • vertikální přenos • redukce genomu • koevoluce s hostitelem • Buchnera, Wigglesworthia, Blochmannia

5. Molekulární fylogenetika • metodologické problémy: • vysoký obsah AT • potenciální horizontální přenos genů • příbuzenské vztahy jsou zatím nejasné

6. groEL Herbeck et al., 2005

7. Otázky • Co je podmínkou toho, aby mohli být P-endosymbionti hmyzu označeni jako organely? Existují skutečně důkazy, že již organelami nejsou??

8. Otázky • Co je podmínkou toho, aby mohli být P-endosymbionti hmyzu označeni jako organely? Existují skutečně důkazy, že již organelami nejsou?? • Uvádíte, že duplikace genomů bakterií způsobují vznik paralogů a tak mohou zapříčinit špatnou topologii stromů. Prosím blíže a podrobně vysvětlete.

9. Flegr, 2005

10. Otázky • Co je podmínkou toho, aby mohli být P-endosymbionti hmyzu označeni jako organely? Existují skutečně důkazy, že již organelami nejsou?? • Uvádíte, že duplikace genomů bakterií způsobují vznik paralogů a tak mohou zapříčinit špatnou topologii stromů. Prosím blíže a podrobně vysvětlete. • Proč se odhad množství genů získaných prostřednictvím horizontálního přenosu genů (HGT) u různých autorů tak výrazně liší? (nepatrný počet až 60%)

11. Otázky • Co je podmínkou toho, aby mohli být P-endosymbionti hmyzu označeni jako organely? Existují skutečně důkazy, že již organelami nejsou?? • Uvádíte, že duplikace genomů bakterií způsobují vznik paralogů a tak mohou zapříčinit špatnou topologii stromů. Prosím blíže a podrobně vysvětlete. • Proč se odhad množství genů získaných prostřednictvím HGT u různých autorů tak výrazně liší? (nepatrný počet až 60%) • Co je to nehomogenní (substituční) model? Vysvětlete.

12. Otázky • Co je podmínkou toho, aby mohli být P-endosymbionti hmyzu označeni jako organely? Existují skutečně důkazy, že již organelami nejsou?? • Uvádíte, že duplikace genomů bakterií způsobují vznik paralogů a tak mohou zapříčinit špatnou topologii stromů. Prosím blíže a podrobně vysvětlete. • Proč se odhad množství genů získaných prostřednictvím HGT u různých autorů tak výrazně liší? (nepatrný počet až 60%) • Co je to nehomogenní (substituční) model? Vysvětlete. • Jaké symbiotické „houbovité organismy“ byly nalezeny u mšic?

13. Některé mšice tribu Cerataphidini obsahují tzv. YLS – yeast-like symbiont vřeckovýtrusné houby (Ascomycota), Sordariomycetes Hypomyces lactifluorum Xet-Mull, 2004