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Microbial eukaryotes in the hypersaline anoxic L’Atalante deep-sea basin

Microbial eukaryotes in the hypersaline anoxic L’Atalante deep-sea basin. Bazañez-Marquez Tania Accolla Chiara. Frontières de la vie des eucaryotes?. But de l’expérience. Intérêt croissant pour les environnements hyper salés

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Microbial eukaryotes in the hypersaline anoxic L’Atalante deep-sea basin

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Presentation Transcript

  1. Microbial eukaryotes in the hypersaline anoxic L’Atalante deep-sea basin Bazañez-Marquez Tania Accolla Chiara

  2. Frontières de la vie des eucaryotes? But de l’expérience • Intérêt croissant pour les environnements hyper salés • Études précédentes : présence d’eucaryotes unicellulaires négligeable • Découvertes récentes : diversité inattendue au sein de la communauté eucaryote

  3. 35o18.29’N 21o 23.33E LE BASSIN PROFOND DE L’ATALANTE:UN DHAB (Deep Hypersaline Anoxic Basin) 1:500 000

  4. LE BASSIN PROFOND DE L’ATALANTE:UN DHAB (Deep Hypersaline Anoxic Basin) Caractéristiques Couche entre 3499 m et 3501 m de profondeur caractérisée par un gradient de salinité très fort

  5. Matériel et méthode 1. Échantillonnage à 3499 et 3501 m Système Modus-Scipack: • une sonde CTD • une série de bouteilles de Niskin • un senseur de pression D’après E. Malinverno et al. (2006). Annals of Geophysics,vol.49,N.2/3

  6. 2. Extraction des acides nucléiques Méthode non liée à la culture traditionnelle suivie par l’observation au microscope ARN ribosomal • Filtration • Destruction chimio-mécanique des cellules • Enlèvement de l’ADN avec DNase I • Isolement de l’ARN et inhibition de la RNase • Détermination de la concentration de l’ARN (spectrophotométrie) et de son intégrité

  7. 3. Construction du cDNA transcriptase inverse • ARN cDNA • PCR amplification • Clonage

  8. similaritéde séquence: 99.0% (DOTUR) 4. Séquençage et regroupement en phylotypes Séquences partielles regroupées en phylotypes (unités opérationnelles taxonomiques)

  9. 5. Analyse phylogénétique • Comparaison des séquences de cDNA avec celles de GenBank • Alignement (programme plus alignement manuel) • Construction d’un premier arbre • Analyse plus détaillée et construction de sous-arbre • 1000 Bootstrap et analyse bayesienne Affiliation phylogénétique approximative

  10. UPPER HALOCLINE • Ciliés • Uncult. Marine Alveolate • Fungi • Radiolaires • Choanoflagellés • Jakobida • Métazoaires • Chlorobiontes • Cercomonads • Haptobiontes • Straménopiles • Ciliés • Uncult. Marine Alveolate • Fungi • Radiolaires • Choanoflagellés LOWER HALOCLINE • Jakobida • Métazoaires • Dinobiontes • Cryptobiontes

  11. CILIÉS 6 espèces lower halocline 1 espèces upper halocline Oligohymenophorea 1 espèces lower halocline 1 espèces upper halocline Prostomatea 2 espèces lower halocline Plagiopytea Phyllopharyngea 1 espèces upper halocline 2 upper et lower halocline Séquence non assignable à aucune classe connue 4 espèces lower halocline 4 espèces upper halocline Spirotrichea Armophorea Zones abyssales Litostomatea La mer des les Sargasses Karyorelictea Lost City Vent Heterotrichea lagunes

  12. DINOBIONTES Apicomplexes Gonyaulacales Blastodiniales Prorocentrales Amoebophryasp. Peridiniales Gymnodiniales Non cultivable Alvéolés Groupe II L’océan pacifique Zones abyssales Non cultivable Alvéolés Groupe I La mer des Sargasses Côte Atlantique Ciliés Zone Antarctique

  13. STRAMÉNOPILES Bacillariophyta Hypochytriomycota Labyrinthulidae Oomycota Bicosoecida La Méditerranée Blastocystis nominis L’océan pacifique Stramenopiles marins GroupeIII Zones abyssales La mer des Sargasses Côte Atlantique Zone Antarctique

  14. CERCOBIONTES Cercomones 2 espèces Acantharia Polycystinea L’océan Pacifique La mer des Sargasses Lost City Vent

  15. Acanthoecidae Choanoflagelle Amoebidium parasiticum Ascomycota Bymenomycetes Urodinomycetes Basidiomycota Ustilaginomycetes enivrement non assignable

  16. Haplosporidia Jakobia • Antarctique • Groenland • Lagunes oligothrophiques • La mer des Sargasses Mesodinium/ Myrionecta Euglenozoa Heterobosea Microsporidia Diplomonadida Parabasalida

  17. CONCLUSION • cet article donne une possibilité de poursuivre la recherche dans ce domaine. • Ils ont trouvé une grande diversité d’organismes • Les auteurs ont conclu que la méthode d’hybridation in situ est très efficace pour les organismes non cultivables.

  18. Pression sélective (salinité,ammonium) • Beaucoup de séquences sont proches des séquences trouvées dans d’autres environnements • Diversité entre les communautés des deux couches du gradient

  19. REFERENCES • Altsins M., Tese A. et Anderson O. (2000) A survey of flagellate diversity at four deep-sea hydrothermal vents in the Eastern Pacific Ocean using structural and molecular aproches. J Eukaryot Microbiol 47: 400-411 text online Dicembre 2009 • Cavalier-Smith T., Chao E. (2006) Phylogeny and Megasystematics of Phagotrophic Heterokonts (Kindom Cromista) J of Molecular Evolution62:388-420 • Stock R. (2009) Tecnicas de Hibridación in situ UNAM Mexico Instituto de Biotecnología Impresion UNAM. 2-23 p • Aloisi G., Pierre C., Della Vedova B., Corselli C. (2001) Carbon isotope measurements in the Brines of URANIA and L’Atalante anoxiic basins, Eastern Mediterranean. Instituto di Biologia del Mare, Venezia, Italia. Archo Oceano Limno 22:87-90 • Edgcomb V., Orsi W., Leslin C., Epstein S., Bunge J., Jeon S., Yakimov M., Behnke A., Stoeck T. (2009) Protistan community patterns within the brine and haloclineof deep hypersaline anoxic basins in the eastern Mediterranean Sea. Extremophiles13:151–167 • Malinverno E., Gasparoni F., Gerber H.W. and Corselli C. (2006) The exploration of Eastern Mediterranean deep hypersaline anoxic basins with MODUS: a significant example of technology spin-off from the GEOSTAR program. Annals Of Geophysics, Vol. 49, N. 2/3:729-737 • MacGregor B.J., Moser D.P., Baker B.J., Alm E.W., Maurer M., Nealson K.H., Sthal D.A. (2001) Seasonal and Spatial Variability in Lake Michigan Sediment Small-Subunit rRNA Concentrations. Appl. Environ. Microbiol Vol 67, No 9: 3908–3922

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