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孙瑞祥 中国科学院计算技术研究所 2004. 11. 30

蛋白质质谱的信息处理研究进展. 孙瑞祥 中国科学院计算技术研究所 2004. 11. 30. Bioinformatics. 实验室研究方向. 数字音视频编解码技术 数字媒体理解 新型高效的视频编码技术 基于内容的多媒体信息检索 HRD 及码率控制技术 图像分类与过滤 编码优化技术 中美数字图书馆工程 MPEG4 芯片设计 教育资源管理 多功能感知技术 应用算法学及应用 人脸检测与跟踪研究 IP/TS 路由器 人脸识别与确认研究 生物信息学

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孙瑞祥 中国科学院计算技术研究所 2004. 11. 30

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  1. 蛋白质质谱的信息处理研究进展 孙瑞祥 中国科学院计算技术研究所 2004. 11. 30 Bioinformatics

  2. 实验室研究方向 数字音视频编解码技术数字媒体理解 新型高效的视频编码技术 基于内容的多媒体信息检索 HRD及码率控制技术 图像分类与过滤 编码优化技术 中美数字图书馆工程 MPEG4芯片设计 教育资源管理 多功能感知技术应用算法学及应用 人脸检测与跟踪研究 IP/TS路由器 人脸识别与确认研究 生物信息学 人脸数据库与评测标准研究 中国手语识别 中国手语合成 先进人机通信技术联合实验室

  3. 内容提要 • HGP后的蛋白质组学 ① 最新动态 ② 任务计划 • 质谱的信息处理研究 ① 质谱基础 ② 质谱鉴定 ③ 从头测序 ④ 疾病诊断 • 我们在该领域的进展

  4. 内容提要 • HGP后的蛋白质组学 ① 最新动态 ② 任务计划 • 质谱的信息处理研究 ① 质谱基础 ② 质谱鉴定 ③ 从头测序 ④ 疾病诊断 • 我们在该领域的进展

  5. 人类基因组计划 HGP的影响领域

  6. 基因组学与蛋白质组学

  7. 最新动态 • 国际人类蛋白质组组织与计划/HUPO • 中国人类肝脏蛋白质组计划/CNHLPP • 第三届国际蛋白质组学术会/HUPO3rd

  8. 任务计划 • 科学发现： “两谱三图和三库” • 技术创新：产品，产业与产地 • 长远规划：国家“十一五”计划

  9. 质谱基础

  10. MALDI

  11. ESI

  12. 肽链裂解

  13. 串联质谱图

  14. 蛋白质组学与信息技术 问题 来源 求解 策略

  15. 利用质谱鉴定蛋白质 蛋白质数据库 ？查询 ① 输入 输出 串联质谱图 序列片段 PNT 氨基酸序列 VLDPNTVFAL ③ ② 从头测序

  16. 利用质谱鉴定蛋白质 Excise spot Wash, in-gel digest with trypsin 2-D gel 蛋白质鉴定结果: KFDFDSFTFJYMKOJDFGFDDTGIPDGFAGFFGHYAQGGITFRHEW… 搜索数据库 搜索数据库 肽鉴定结果: IPDGFAG AQGGITFR … De novo

  17. 从头测序

  18. 从头测序

  19. 从头测序

  20. 串联质谱的统计特性

  21. Biomarker 发现研究 Proteins mass spectroscopy Early diagnosis of disease Early warning of toxicity Patient Proteomic image Pattern recognition Learning algorithm

  22. Biomarker 发现研究

  23. Biomarker 发现研究

  24. C C N N C Biomarker 发现研究

  25. Biomarker 发现研究

  26. Computation can help quickly narrow down the search space Biomarker 发现研究 Searching a needle in a haystack …

  27. 我们的工作 生物信息学

  28. 人员情况

  29. 软件系统 pFind1.0本地版

  30. 软件系统 pFind1.0网络版 (http://pfind.jdl.ac.cn)

  31. 软件系统 pLabel1.0

  32. Biomarker 发现研究 Health Cancer

  33. Biomarker 发现研究 方法：PCA+LDA

  34. Block n Test Block Block 2 Native Sequence (hidden) Native Sequence (hidden) Native Sequence (hidden) Homologous Sequence(s) Homologous Sequence(s) Others Others KDD Cup 2004 Protein Sequences Block 1 Native Sequence (hidden) • 蛋白质同源问题 同源 Homologous Sequence(s) Others

  35. Katharina Morik et al. (University of Dortmund): HM: Rank Last David Vogel et al. (MEDai Inc. / University of Central Florida): Tied for 1rd place overall, HM: Top1 Yan Fu et al. (Inst. of Comp. Tech., Chinese Academy of Sci.): Tied for 1st place overall, HM: Squared Error; Ave. Precision Bernhard Pfahringer (University of Waikato): 1st place overall

  36. 获奖证书

  37. 谢谢大家，请您指教！

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